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2008 年度 実績報告書

溶液内素過程の化学反応ダイナミックス

研究課題

研究課題/領域番号 18066008
研究機関京都大学

研究代表者

加藤 重樹  京都大学, 大学院・理学研究科, 教授 (20113425)

キーワード化学反応 / ダイナミックス / 溶液 / 励起状態 / 酵素反応
研究概要

平成20年度は、前年度に引き続き溶液、タンパク質内での化学反応とダイナミックスについての研究を行った。新しい課題として、ミオグロビン中での一酸化炭素分子の拡散過程の経路と自由エネルギー面の研究について纏め、論文として公表した。この研究を行うに際して、meta dynamics法による新しい自由エネルギー面の構築法の開発を行った。また、代表的な有機金属化合物であるGrignard試薬のエチルエーテル溶媒中での化学平衡とアセトンとの化学反応の機構について本研究課題で開発を行ったRISM-MP2法により研究を行った。結果、Grignard試薬の2量体について従来考えられてきた環状構造ではなく、線形の構造が安定であることを見いだし、この線形2量体が化学反応においても本質的な役割を果たすことを見いだした。本研究課題で提案している他の取り組み、例えば、MS-CASPT2法による円錐交差点の最適化法の開発などは順調に進んでいる。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2009 2008

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (1件)

  • [雑誌論文] Grignard reagents in solution : Theoretical study of the equilibria and the reaction with a carbonyl compound in diethyl ether solvent2009

    • 著者名/発表者名
      Mori,T. and Kato,S
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry A 113

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A search for ligand diffusion pathway in myoglobin using a metadynamics simulation.2008

    • 著者名/発表者名
      Nishihara, Y., Hayashi, S., and Kato, S.
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters 461

      ページ: 220-225

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A noncentrosymmetric crystal structure of a zwitterionic compound, pyridinium pyridinium 5,7-dihydro-5,7-dioxo-6H-cycloPenta[b]pyridin-6-ylide, realized by weak hydrogen bonds2008

    • 著者名/発表者名
      Tsutsumi, J. , Sasamori, T. Yoshida, H. , Tokitoh, N. Sato, N., Kato, S., Muzikante, I and Neilands, 0.
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Sructure 920

      ページ: 52-60

    • 査読あり
  • [学会発表] Free Energy Surfaces and Dynamics of Chemical Reactions in Solution and Biological Systems2009

    • 著者名/発表者名
      Shigeki Kato
    • 学会等名
      Thery, and Applications of Computational Chemistry 2008
    • 発表場所
      中国・上海
    • 年月日
      2009-09-29

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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