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2008 年度 自己評価報告書

溶液内反応のQM/MM-MCおよびMDミュレーション

研究課題

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研究課題/領域番号 18066012
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関広島大学

研究代表者

相田 美砂子  広島大学, 大学院理学研究科, 教授 (90175159)

研究期間 (年度) 2006 – 2009
キーワード分子軌道法 / 分子動力学法 / モンテカルロ法 / 溶媒効果 / シミュレーション / 生体高分子 / QM / MM / ONIOM
研究概要

多くの有機化学反応や生体内反応においては, 反応の進行に多くの因子が関与している。反応を予測あるいは制御し, さらにはその物質や生体高分子の機能を制御するためには, 活性中心にある分子に, そのまわりの因子がどのように関与しているのかについて明らかにする必要がある。本研究は, 有機化学反応や生体内反応の反応予測や反応制御をおこない, 物質や生体分子の機能制御をおこなうための方法論を確立することをめざしている。
溶質分子および反応に直接関与する溶媒分子を非経験的分子軌道法で取り扱い, その他の多くの溶媒分子を分子力場法で取り扱う計算法(QM/MM法)に, モンテカルロ(MC)法および分子動力学(MD)法計算を組み合わせる手法(QM/MM-MC法およびQM/MM-MD法)に基づくシミュレーションを発展させる。化学反応や酵素反応が進行する場を実在系として理論的に取扱う手法を開発することによって, 当該領域の推進に寄与する。

  • 研究成果

    (10件)

すべて 2009 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (2件) 備考 (4件)

  • [雑誌論文] Classification of OH Bonds and Infrared Spectra of the Topology-Distinct Protonated Wate Clusters H_3O^+(H_2O)_n-1 (n_^<7)2009

    • 著者名/発表者名
      Maihemutijiang Jieli, Misako Aida
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry A 113

      ページ: 1586-1594

    • 査読あり
  • [雑誌論文] An Insight into the Environmental Effects of the Pocket of the Active Site of the Enzyme. Ab initio ONIOM-Molecular Dynamics (MD) Study on Cytosine Deaminase2008

    • 著者名/発表者名
      Toshiaki Matsubara, Michel Dupuis, and Misako Aida
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry 29

      ページ: 458-465

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Two-dimensional free-energy surface on the exchange reaction of alkyl chloride/chloride using the QM/MM-MC method2008

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Ohisa, Hiroshi Yamataka, Michel Dupuis and Misako Aida
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics 10

      ページ: 844-849

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ab initio ONIOM-Molecular dynamics (MD) study on the deamination reaction by cytidine deaminase2007

    • 著者名/発表者名
      Toshiaki Matsubara, Michel Dupuis and Misako Aida
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry B 111

      ページ: 9965-9974

    • 査読あり
  • [学会発表] 計算化学の視点から・・・物理と生命のかけ橋2008

    • 著者名/発表者名
      相田美砂子
    • 学会等名
      第18回インテリジェント・システム・シンポジウム
    • 発表場所
      広島県情報プラザ
    • 年月日
      2008-10-23
  • [学会発表] 水溶液内反応の量子化学シミュレーション2007

    • 著者名/発表者名
      相田美砂子
    • 学会等名
      日本化学会第1回関東支部大会
    • 発表場所
      首都大学東京南大沢キャンパス
    • 年月日
      2007-09-27
  • [備考] 体験実験コーナー「コンピュータで遊ぼう」(「おもしろワクワク化学の世界'08広島化学展」)対象 : 小・中・高校生, 一般 ; 会期 : 2008年7月25日〜27日 ; 場所 : 広島市こども文化科学館))

  • [備考] 体験実験コーナー「リカだいすき!」)「おもしろワクワク化学の世界'08広島化学展」(対象 : 小・中・高校生, 一般 ; 会期 : 2008年7月25日〜27日 ; 場所 : 広島市こども文化科学館))

  • [備考] 実習「コンピュータで化学する」(「体験科学講座〜女子高生特別コース〜」(対象 : 高校生 ; 会期 : 2008年8月12日 ; 場所 : 広島大学理学部)

  • [備考] 個人ホームページ

    • URL

      http://home.hiroshima-u.ac.jp/maida/

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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