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2009 年度 実績報告書

階層ベイズ推定に基づく安定した生命情報解析法の研究

研究課題

研究課題/領域番号 18079011
研究機関京都大学

研究代表者

石井 信  京都大学, 情報学研究科, 教授 (90294280)

キーワードベイズ推定 / 階層モデル推定 / バイオインフォマティックス / 統計力学 / 画像処理
研究概要

少ない量のデータから安定したバイオインフォマティクス解析を可能とする手法を情報統計力学に基づき開発した。具体的には、対象データに適切な階層型モデルを導入したベイズ推定法および多数の情報源を統合するための統計的学習法を開発した。
1. 遺伝子発現プロファイルおよびタンパク質活性時系列データの解析法
遺伝子発現(入力ベクトル)からの複数種類の癌(ラベル)の分類を可能とする判別分析法の開発を進めた。二値判別器の出力ラベル(二値ベクトル)から多値ラベルを復号するECOC手法であるBradley-Terryモデルの拡張を行い、一般のECOC符号表にも使えるようにした(Takenouchi and Ishii, submitted)。
最適発見手続き(ODP)を確率モデルが階層構造を持つ場合に拡張を行うことで、説明変数同士が相関を持つ場合に有効な統計量の導出を行い、また階層ベイズ推定との関係について理論的な結果を得た(Oba and Ishii, 2009, to appear)。
2. ベイズ画像処理に関する研究
単一フレームの画像から画素増大を行う手法を教師あり学習の枠組みで定式化した。RVMのベイズ推定により、最尤推定法よりも効率の良い画素増大が可能となることを示した(Kanemura, et al., to appear)。顕微鏡による観測
画像面内に蛍光分子が1つであるか2つであるかを評価する統計的推定法を開発したので、今後業績化を行う。また、X線CTにおける三次元再構成を統計学習の問題として定式化し、組織ごとの吸収率はある程度既知とした混合事前分布を用いた事後確率最大化推定およびベイズ推定は、データ数が少ないなどの悪条件において高精度の再構成を可能とすることを示した(Fukuda, et al., 2010)。

  • 研究成果

    (17件)

すべて 2010 2009

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (8件)

  • [雑誌論文] Bayesian image superresolution and hidden variable modeling2010

    • 著者名/発表者名
      A.Kanemura, S.Maeda, W.Fukuda, S.Ishii
    • 雑誌名

      Journal of Systems Science and Complexity 23(1)

      ページ: 116-136

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 複層マルコフ確率場を事前分布とする超解像法におけるハイパーパラメータ推定2009

    • 著者名/発表者名
      兼村厚範, 前田新一, 石井信
    • 雑誌名

      電子情報通信学会論文誌 J92-D(10)

  • [雑誌論文] Superresolution with compound Markov random fields via the variational EM algorithm2009

    • 著者名/発表者名
      A.Kanemura, S.Maeda, S.Ishii
    • 雑誌名

      Neural Networks 22(7)

      ページ: 1025-1034

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Learning a multidimensional companding function for lossy source coding2009

    • 著者名/発表者名
      S.Maeda, S.Ishii
    • 雑誌名

      Neural Networks 22(7)

      ページ: 998-1010

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Robust model selection for classification of microarrays2009

    • 著者名/発表者名
      I.Suzuki, T.Takenouchi, M.Ohira, S.Oba, S.Ishii
    • 雑誌名

      Cancer Informatics 7

      ページ: 141-157

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Optimal sufficient statistics for parametric and non-Parametric multiple simultaneous hypothesis testing2009

    • 著者名/発表者名
      S.Oba, S.Ishii
    • 雑誌名

      International Journal of Biostatistics 5(1)

      ページ: 20

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A multi-class classification method based on decoding of binary classifiers2009

    • 著者名/発表者名
      T.Takenouchi, S.Lshii.
    • 雑誌名

      Neural Computation 21(7)

      ページ: 2049-2081

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Optimal aggregation of binary classifiers for multi-class cancer diagnosis using gene expression profiles2009

    • 著者名/発表者名
      N.Yukinawa, S.Oba, K.Kato, S.Ishii
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 6(2)

      ページ: 333-343

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A probabilistic model for correlation-based cluster analysis of gene expression data2009

    • 著者名/発表者名
      N.Yukinawa, T.Yoshioka, K.Kobayashi, N.Ogasawara. S.Ishii
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Bioinformatics 2

      ページ: 47-62

    • 査読あり
  • [学会発表] Bayesian X-ray computed tomography using material class knowledge2010

    • 著者名/発表者名
      W.Fukuda, A.Kanemura, S.Maeda, S.Ishi i
    • 学会等名
      International Conference on Acoustics, Speech and Signal Processing
    • 発表場所
      Dallas, U.S.A
    • 年月日
      2010-03-18
  • [学会発表] X-ray computed tomography using material-class modelling by Markov random field energy minimization2010

    • 著者名/発表者名
      W.Fukuda, A.Kanemura, S.Maeda, S.Ishii
    • 学会等名
      International Symposium on Artificial Life and Robotics
    • 発表場所
      Beppu, Japan
    • 年月日
      2010-02-05
  • [学会発表] Robust approximation in decomposed reinforcement learning2009

    • 著者名/発表者名
      T.Mori, S.Ishii
    • 学会等名
      International Conference on Neural Information Processing
    • 発表場所
      Bangkok, Thailand
    • 年月日
      2009-12-04
  • [学会発表] Superresolution from occuluded scenes2009

    • 著者名/発表者名
      W.Fukuda, A.Kanemura, S.Maeda, S.Ishii
    • 学会等名
      International Conference on Neural Information rocessing
    • 発表場所
      Bangkok, Thailand
    • 年月日
      2009-12-03
  • [学会発表] Learning color image expansion filters.2009

    • 著者名/発表者名
      A.Kanemura, S.Maeda, S.Ishii
    • 学会等名
      IEEE International Conference on Image Processing
    • 発表場所
      Cairo, Egypt
    • 年月日
      2009-11-08
  • [学会発表] An additive reinforcement learning2009

    • 著者名/発表者名
      T.Mori, S.Ishii
    • 学会等名
      International Conference on Artificial Neural Networks
    • 発表場所
      Limassol, Cyprus
    • 年月日
      2009-09-14
  • [学会発表] Optimal online learning procedures for model-free policy evaluation2009

    • 著者名/発表者名
      T.Ueno, M.Kawanabe, S.Maeda, S.Ishii
    • 学会等名
      European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Datahases
    • 発表場所
      Bled, Slovenia
    • 年月日
      2009-08-10
  • [学会発表] Dynamic exponential family matrix factorization2009

    • 著者名/発表者名
      K.Hayashi, J.Hirayama, S.Ishii
    • 学会等名
      Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining
    • 発表場所
      Bangkok, Thailand
    • 年月日
      2009-04-30

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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