相補性に依存しない機能性RNAの研究

2010 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 18107005
• 研究種目: 基盤研究(S)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生物物理学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 中村 義一 東京大学, 医科学研究所, 教授 (40114590)
• 研究期間 (年度): 2006 – 2010
• キーワード: 核酸の構造 / ノンコーディングRNA / アプタマー / 分子擬態

研究概要

本研究は、RNAのポテンシャルを明らかにすることを究極の目標として、これまで注目されることがなかったRNAの「造形力」について、「作る」((1)人工RNAアプタマーの機能特性研究開発)、「見つける」((2)天然RNAアプタマーの探索研究)、という二つの視点から研究を実施して、その学術基盤の確立に寄与した。

研究成果

• [雑誌論文] Antagonistic RNA aptamer specific to a heterodimeric form of human interleukin-17A/F. (2011)
  • 著者名/発表者名: Adachi, H., Ishiguro, A., Hamada, M., Sakota, E., Asai, K., Nakamura, Y.
  • 雑誌名: Biochimie in press
• [雑誌論文] Aptamer : Biology to Applications. Advances in Polymer Science, Review Volume (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Y.
  • 雑誌名: Nucleic Acid Drugs In Press
• [雑誌論文] Therapeutic potential of anti-interleukin-17A aptamer : suppression of IL-17A signaling and attenuation of autoimmunity in mouse models. (2011)
  • 著者名/発表者名: Ishiguro, A., Akiyama, T., Adachi, H., Inoue, J., Nakamura, Y.
  • 雑誌名: Arthritis Rheum. 63 ページ: 455-466
• [雑誌論文] tRNA mimicry in translation termination and beyond. (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Y., Ito, K.
  • 雑誌名: WIREs RNA in press
• [雑誌論文] [PSI^+] aggregate enlargement in rnq1 non-prion domain mutants, leading to a loss-of-prion in yeast. (2011)
  • 著者名/発表者名: Kurahashi, H., Pack, C., Shibata, S., Oishi, K., Sako, Y., Nakamura, Y.
  • 雑誌名: Genes Cells 16 ページ: 576-589
• [雑誌論文] A binary Cy3 aptamer probe composed of folded modules. (2010)
  • 著者名/発表者名: Endo, K., Nakamura, Y.
  • 雑誌名: Anal.Biochem. 400 ページ: 103-109
• [雑誌論文] A novel class of bacterial translation factor RF3 mutations suggests specific structural domains for premature peptidyl-tRNA drop-off. (2010)
  • 著者名/発表者名: Watanabe, Y., Nakamura, Y., Ito, K.
  • 雑誌名: FEBS Lett. 584 ページ: 790-794
• [雑誌論文] Conformational plasticity of RNA for target recognition as revealed by the 2.15A crystal structure of a human IgG-aptamer complex. (2010)
  • 著者名/発表者名: Nomura, Y., Sugiyama, S., Sakamoto, T., Miyakawa, S., Adachi, H., Takano, K., Murakami, S., Inoue, T., Mori, Y., Nakamura, Y., Matsumura, H. (co-correspondence)
  • 雑誌名: Nucl.Acids Res. 38 ページ: 7822-7829
• [雑誌論文] RNA aptamer-based optical nanostructured sensor for highly sensitive and label-free detection of antigen-antibody reactions. (2010)
  • 著者名/発表者名: Hiep, H.M., Saito, M., Nakamura, Y., Tamiya, E.
  • 雑誌名: Anal.Bioanal.Chem. 396 ページ: 2575-2581
• [雑誌論文] AG-protein γ subunit mimic is a general antagonist of prion propagation in Saccharomyces cerevisiae. (2009)
  • 著者名/発表者名: Ishiwata, M., Kurahashi, H., Nakamura, Y.
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad, Sci.USA 106 ページ: 791-796
• [雑誌論文] Selfish prion of Rnq1 mutant in yeast. (2009)
  • 著者名/発表者名: Kurahashi, H., Shibata, S., Ishiwata, M., Nakamura, Y.
  • 雑誌名: Genes to Cells 14 ページ: 659-668
• [雑誌論文] Aptamer-based biosensor for mammalian initiation factor eIF4A. (2009)
  • 著者名/発表者名: Oguro, A., Ohtsu, T., Nakamura, Y.
  • 雑誌名: Anal.Biochem 388 ページ: 102-107
• [雑誌論文] Structural insights into eRF3 and stop codon recognition by eRF1. (2009)
  • 著者名/発表者名: Cheng, Z., Saito, K., Pisarev, A.V., Wada, M., Pisareva, V.P., Pestova, T.V.. Gajda, M., Round, A., Kong, C., Lim, M., Nakamura, Y., Svergun, D.I., Ito, K., Song, H.
  • 雑誌名: Genes Dev. 23 ページ: 1106-1118
• [雑誌論文] RNA Aptamers to Translational Components. Translational Control in Health and Disease. (2009)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Y., Endo, K., Adachi, H., Ishiguro, A.
  • 雑誌名: Progress in Molecular Biology and Translational Science(Hershey JWB, ed.) 90 ページ: 369-395
• [雑誌論文] Localization of prion-destabilizing mutations in the N-terminal non-prion domain of Rnq1 in Saccharomyces cerevisiae. (2009)
  • 著者名/発表者名: Shibata, S., Kurahashi, H, Nakamura, Y.
  • 雑誌名: Prion 3 ページ: 1-9
• [雑誌論文] Inhibition of midkine alleviates experimental autoimmune encephalomyelitis through the expansion of regulatory T cell population. (2008)
  • 著者名/発表者名: Wang, J., Takeuchi, H., Jin S., Sonobe Y., Shijie, J., Mizuno, T., Miyakawa, S., Fujiwara, M., Nakamura, Y., Kato, T., Muramatsu, H., Muramatsu, T., Suzumura, A.
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.Sci.USA 105 ページ: 3915-3920
• [雑誌論文] Selection of a novel class of RNA-RNA interaction motifs based on the ligase ribozyme with defined modular architecture. (2008)
  • 著者名/発表者名: Ohuchi, S.P., Ikawa, Y., Nakamura, Y.
  • 雑誌名: Nucl.Acids Res 36 ページ: 3600-3607
• [雑誌論文] Structural and molecular basis for hyperspecificity of RNA aptamer to human immunoglobulin G. (2008)
  • 著者名/発表者名: Miyakawa, S., Nomura, Y., Sakamoto, T., Yamaguchi, Y., Kato, K., Yamazaki, S., Nakamura, Y.
  • 雑誌名: RNA 14 ページ: 1154-1163
• [雑誌論文] A regulatory role of the Rnq1 non-prion domain for prion propagation and polyglutamine aggregates. (2008)
  • 著者名/発表者名: Kurahashi, H., Ishiwata, M., Shibata, S., Nakamura, Y.
  • 雑誌名: Mol.Cell.Biol. 28 ページ: 3313-3323
• [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of an RNA aptamer in complex with the human IgG Fc fragment (2008)
  • 著者名/発表者名: Sugiyama, S., Nomura, Y., Sakamoto, T., Kitatani, T., Kobayashi, A., Miyakawa, S., Takahashi, Y., Adachi, H., Takano, K., Murakami, S., Inoue, T., Mori, Y., Nakamura, Y., Matsumura, H.
  • 雑誌名: Acta Crystallographica F64 ページ: 942-944
• [雑誌論文] Translation termination, the prion [PSI^+], and ribosome recycling. (2007)
  • 著者名/発表者名: Ehrenberg, M., Hauryliuk V., Crist C.G., Nakamura, Y.
  • 雑誌名: Translational Control in Biology and Medicine.(Sonenberg N, Hershey JWB, Mathews MB, eds.)(Cold Spring Harbor, New York : Cold Spring Harbor Laboratory Press) ページ: 173-196
• [雑誌論文] RNA aptamers targeting the C-terminal of KRAS oncoprotein generated by an improved SELEX with isothermal RNA amplification. (2007)
  • 著者名/発表者名: Tanaka, Y., Akagi, K., Nakamura, Y., Kozu, T
  • 雑誌名: Oligonucleotides 17 ページ: 12-21
• [雑誌論文] Human and mouse protein non-coding snoRNA host genes with dissimilar nucleotide sequences show chromosomal synteny. (2007)
  • 著者名/発表者名: Tanaka-Fujita, R., Soeno, Y., Satoh, H., Nakamura, Y., Mori, S.
  • 雑誌名: RNA 13 ページ: 811-816
• [雑誌論文] Reduced activity or expression of polypeptide release factors induces mRNA cleavage and tmRNA tagging at stop codons in E. (2007)
  • 著者名/発表者名: Li, X., Yokota, T., Ito, K., Nakamura, Y., Aiba, H.
  • 雑誌名: coli.Mol.Micro. 63 ページ: 116-126
• [雑誌論文] Channel mutations in Hsp104 hexamer distinctively affect thermotolerance and prion-specific propagation. (2007)
  • 著者名/発表者名: Kurahashi, H., Nakamura, Y.
  • 雑誌名: Mol.Microbiol. 63 ページ: 1669-1683
• [雑誌論文] The role of N-terminal domain of translational release factor eRF3 for the control of functionality and stability in S. (2007)
  • 著者名/発表者名: Kodama, H., Ito, K., Nakamura, Y.
  • 雑誌名: cerevisiae. Genes Cells 12 ページ: 639-650
• [雑誌論文] A systematic evaluation of the function of the protein-remodeling factor Hsp104 in [PSI^+] prion propagation in S. (2007)
  • 著者名/発表者名: Takahashi, A., Hara, H., Kurahashi, H., Nakamura, Y.
  • 雑誌名: cerevisiae by comprehensive chromosomal mutations. Prion 1 ページ: 69-77
• [雑誌論文] Slight sequence modifications unexpectedly alter the metal dependency of a kissing-loop interaction. (2007)
  • 著者名/発表者名: Ohuchi, S.P., Nakamura, Y.
  • 雑誌名: Nucl.Acids Symp.Series 51 ページ: 395-396
• [雑誌論文] Conformation preserved in a weak-to-strong or strong-to-weak [PSI^+] conversion during transmission to Sup35 prion variants. (2006)
  • 著者名/発表者名: Crist, C.G., Kurahashi, H., Nakayashiki, T., Nakamura, Y.
  • 雑誌名: Biochimie 88 ページ: 485-496
• [雑誌論文] Ribosomal protein L11 mutations in two functional domains equally affect release factor 1 and 2 activity. (2006)
  • 著者名/発表者名: Sato, H., Ito, K., Nakamura, Y.
  • 雑誌名: Mol.Microbiol. 60 ページ: 108-120
• [雑誌論文] RNA aptamers to mammalian initiation factor 4G inhibit cap-dependent translation by blocking the formation of initiation factor complexes. (2006)
  • 著者名/発表者名: Miyakawa, S., Oguro, A., Ohtsu, T., Imataka, H., Sonenberg, N., Nakamura, Y.
  • 雑誌名: RNA 12 ページ: 1825-1834
• [雑誌論文] Selection of RNA aptamers against recombinant transforming growth factor-beta type III receptor displayed on cell surface. (2006)
  • 著者名/発表者名: Ohuchi, S.P., Ohtsu, T., Nakamura, Y.
  • 雑誌名: Biochimie 88 ページ: 897-904
• [雑誌論文] Cross-talk between RNA and prions. (2006)
  • 著者名/発表者名: Crist, C.G., Nakamura, Y.
  • 雑誌名: J.Biochem. (Tokyo) 140 ページ: 167-173
• [学会発表] RNA-protein mimicry and RNA aptamer therapeutics (2010)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Y.
  • 学会等名: FEBS Advanced Lecture Course, "Analysis and Engineering of Biomolecular Systems"
  • 発表場所: Spetses, Greece, Organized
  • 年月日: 20100911-20100917
• [学会発表] RNAの造形力を利用した創薬 (2010)
  • 著者名/発表者名: 中村義一
  • 学会等名: 日本薬学会第130回年会シンポジウム
  • 発表場所: 岡山
  • 年月日: 20100328-20100330
• [学会発表] Conformational Plasticity of RNA and Therapeutic Aptamers to Midlkine and Interleukin 17 (2010)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Y.
  • 学会等名: POSTEC International Sympojium on "Aptamer as an emerging technology for biomedical application"
  • 発表場所: Pohang
  • 年月日: 2010-12-01
• [学会発表] RNAの造形力と創薬 (2010)
  • 著者名/発表者名: 中村義一
  • 学会等名: CBI学会第307回研究講演会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2010-04-12
• [学会発表] RNA Plasticity and Aptamer Therapeutics (2009)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Y.
  • 学会等名: Joint Symposium of the 5^<th> Annual Meeting of the Oligonucleotide Therapeutics Society and the 19^<th> Antisense Symposium
  • 発表場所: Fukuoka
  • 年月日: 20091103-20091106
• [学会発表] RNA Plasticity and Biomedical Applications of Aptamers (2009)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Y.
  • 学会等名: BBSRC Conference on Evolution and Design of Biomolecular Systems
  • 発表場所: Mallorca, Spain, Organized
  • 年月日: 20091018-20091021
• [学会発表] RNA plasticity and aptamer therapeutics (2009)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Y.
  • 学会等名: AIMECS09
  • 発表場所: Cairns
  • 年月日: 20090823-20090828
• [学会発表] Novel view of RNA 'Omics'. (2009)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Y.
  • 学会等名: 3^<rd> Regional Conference on Molecular Medicine.
  • 発表場所: Kota Bharu, Malaysia
  • 年月日: 20090502-20090504
• [学会発表] RNA : Biology to Therapeutics. (2009)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Y.
  • 学会等名: IBC's 1^<st> Annual Asia TIDES
  • 発表場所: Tokyo
  • 年月日: 20090223-20090225
• [学会発表] RNA-protein mimicry and RNA aptamer therapeutics (2008)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Y.
  • 学会等名: FEBS Advanced Lecture Course, "New Developments in Quantitative Molecular Bioscience"
  • 発表場所: Spetses, Greece, Organized
  • 年月日: 20080910-20080918
• [学会発表] RNA科学と創薬 (2008)
  • 著者名/発表者名: 中村義一
  • 学会等名: 第15回日本遺伝子診療学会大会
  • 発表場所: 仙台
  • 年月日: 20080731-20080802
• [学会発表] 「かたち」を創るRNAの新展開 (2008)
  • 著者名/発表者名: 中村義一
  • 学会等名: 第24回日本DDS学会年会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20080629-20080630
• [学会発表] アプタマー、「かたち」を創るRNA (2008)
  • 著者名/発表者名: 中村義一
  • 学会等名: 第18回日本サイトメトリー学会術集会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-06-29
• [学会発表] アプタマーRNA医薬 (2008)
  • 著者名/発表者名: 中村義一
  • 学会等名: 第16回日本臨床化学会関東支部総会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-06-28
• [学会発表] RNA aptamer : fundamentals to therapeutics. (2008)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Y
  • 学会等名: Avison Biomedical Symposium 2008
  • 発表場所: Yonsei University College of Medicine, Seoul
  • 年月日: 2008-01-17
• [学会発表] 分子擬態からRNA創薬へ(シンポジウム講演) (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村義一
  • 学会等名: BMB2007(第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会合同大会)
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 20071211-20071215
• [学会発表] 「かたち」を創るRNA:基礎から創薬へ (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村義一
  • 学会等名: 放射線影響学会第50回大会(招待講演)
  • 発表場所: 幕張
  • 年月日: 20071111-20071114
• [学会発表] RNA as a structure-creating material : fundamentals to therapeutics. (2007)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Y.
  • 学会等名: Second International Conference on Development of Biomedical Engineering in Vietnam 2007
  • 発表場所: Hanoi
  • 年月日: 20070725-20070728
• [学会発表] Aptamer as RNA-made super-antibody for therapeutics. (2007)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Y.
  • 学会等名: A-IMBN Delivery Symposium on Genomics
  • 発表場所: Kathmandu
  • 年月日: 20070305-20070306
• [学会発表] アプタマーRNA医薬の基礎、現状、将来 (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村義一
  • 学会等名: 第9回癌治療増感研究シンポジウム
  • 発表場所: 奈良
  • 年月日: 20070210-20070211
• [学会発表] RNAは化ける:基礎から創薬へ (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村義一
  • 学会等名: 第23回Wakoワークシップ(招待講演)
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2007-11-16
• [学会発表] 「かたち」を創るRNA:基礎から創薬へ (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村義一
  • 学会等名: 水谷糖質科学振興財団設立15周年記念講演会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2007-10-29
• [学会発表] 「かたち」を創るRNA～基礎から創薬へ～ (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村義一
  • 学会等名: 国際バイオEXPO&フォーラム特別講演
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2007-06-21
• [学会発表] 多目的RNAナノセンサー・モジュレーターの開発 (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村義一
  • 学会等名: 第57回医用高分子研究会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2007-03-07
• [学会発表] RNAと創薬 (2006)
  • 著者名/発表者名: 中村義一
  • 学会等名: 第65回日本癌学会学術総会シンポジウム
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 20060928-20060930
• [学会発表] Aptamer as RNA-made super-antibody for therapeutics. (2006)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Y.
  • 学会等名: 9th Inernational Conference "Drug and Gene-based Therapeutics"
  • 発表場所: Crete
  • 年月日: 20060902-20060908
• [学会発表] Aptamer as RNA-made super-antibody : basics and therapeutic potential. (2006)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Y.
  • 学会等名: The 8th International Engelhardt Conference on Molecular Biology "RNA-Protein Interaction"
  • 発表場所: Moscow Region
  • 年月日: 20060819-20061824
• [学会発表] Antibody equivalent RNA. (2006)
  • 著者名/発表者名: 中村義一
  • 学会等名: 第11回慶応医学賞受賞記念シンポジウム
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2006-11-02
• [学会発表] Aptamer as RNA-made super antibody for basic and therapeutic applications. (2006)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Y.
  • 学会等名: Manchester Interdisciplinary Biocentre Symposium
  • 発表場所: Manchester
  • 年月日: 2006-10-26
• [図書] RNAルネッサンスー遺伝子新革命 (2006)
  • 著者名/発表者名: 田原総一朗、中村義一
  • 出版者: 医薬経済社
• [備考] ホームページ等
  • URL: http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/molbiol/H0.html
• [産業財産権] FGF2に対するアプタマー及びその使用 (2011)
  • 発明者名: 中村義一・石黒亮・坂本真衣子
  • 権利者名: 東京大学
  • 産業財産権番号: 発明・PCT/JP2011/052925
  • 出願年月日: 2011-02-10
• [産業財産権] TGF-βII型受容体に結合する核酸およびその使用 (2010)
  • 発明者名: 中村義一・山村康子
  • 権利者名: 東京大学
  • 産業財産権番号: 発明・PCT/JP2010/064612
  • 出願年月日: 2010-08-27
• [産業財産権] キマーゼに対するアプタマー及びその使用 (2010)
  • 発明者名: 中村義一・山崎聡子・池田寿子・
  • 権利者名: 株式会社リボミック(含東大権利譲渡分)・大塚製薬株式会社
  • 産業財産権番号: 発明・PCT/JP2010/059953
  • 出願年月日: 2010-06-11
• [産業財産権] NGFに対するアプタマー及びその使用 (2009)
  • 発明者名: 中村義一・宮川伸・藤原将寿・平松久尚
  • 権利者名: 株式会社リボミック(含東大権利譲渡分)・塩野義製薬株式会社
  • 産業財産権番号: 発明・PCT/JP2009/66457
  • 出願年月日: 2009-09-18
• [産業財産権] IL-17に対するアプタマー及びその使用 (2009)
  • 発明者名: 中村義一・石黒亮・大内将司
  • 権利者名: 東京大学
  • 産業財産権番号: 発明・PCT/JP2009/062764
  • 出願年月日: 2009-07-14
• [産業財産権] 疎水性物質付加核酸及びその使用 (2008)
  • 発明者名: 中村義一・宮川伸・藤原将寿
  • 権利者名: 株式会社リボミック(含東大権利譲渡分)
  • 産業財産権番号: 発明・PCT/JP2008/070822
  • 出願年月日: 2008-11-14
• [産業財産権] 翻訳開始因子に特異的に結合する核酸リガンド (2008)
  • 発明者名: 中村義一・大津敬・小黒明広
  • 権利者名: 株式会社リボミック
  • 産業財産権番号: 発明・特許,第4167403号
  • 取得年月日: 2008-08-08
• [産業財産権] ミッドカインに対するアプタマー及びその使用 (2007)
  • 発明者名: 宮川伸・藤原将寿・中村義一・松井隆・佐久間貞俊
  • 権利者名: 株式会社リボミック(含東大権利譲渡分)
  • 産業財産権番号: 発明・PCT/JP2007/072099
  • 出願年月日: 2007-11-14
• [産業財産権] 翻訳開始因子eIF4Eに結合するリガンド (2007)
  • 発明者名: 中村義一・小黒明広・大津敬・望月潔隆
  • 権利者名: 株式会社リボミック(含東大権利譲渡分)
  • 産業財産権番号: 発明・特許,第3940097号
  • 取得年月日: 2007-04-06
• [産業財産権] 調節性T細胞の機能異常に基づく疾患の治療方法及び予防治療 (2006)
  • 発明者名: 錫村明生・王金岩・中村義一・宮川伸・藤原将寿・松井隆・佐久間貞俊
  • 権利者名: 株式会社リボミック(含東大・名大権利譲渡分)
  • 産業財産権番号: 発明・PCT/JP2006/322659
  • 出願年月日: 2006-11-14
• [産業財産権] 免疫グロブリンGに結合する核酸とその利用法 (2006)
  • 発明者名: 中村義一・宮川伸
  • 権利者名: 株式会社リボミック(含東大権利譲渡分)
  • 産業財産権番号: 発明・PCT/JP2006/313811
  • 出願年月日: 2006-07-05