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2006 年度 実績報告書

生理活性群に対する化学構造モチーフ知識ベースの作成

研究課題

研究課題/領域番号 18200010
研究機関関西学院大学

研究代表者

岡田 孝  関西学院大学, 理工学部, 教授 (00103135)

研究分担者 沼尾 正行  大阪大学, 産業科学研究所, 教授 (30198551)
鷲尾 隆  大阪大学, 産業科学研究所, 教授 (00192815)
高橋 由雅  豊橋技術科学大学, 工学部, 教授 (00144212)
キーワード構造活性相関 / 知識発見 / データマイニング / カスケードモデル / 医薬品
研究概要

研究第1年度の本年は,生理活性群に対する化学構造モチーフ知識ベースの作成を実施するために必要なソフトウェアの作成および環境整備を行うとともに,実際に構造モチーフ知識の蓄積を開始した.以下に,本年度遂行した研究の内容を項目に分けて示す.
1.ソフトウェアの作成については,(1)作成したフラグメント群からの属性選択システム,(2)ルール群のブラウジングシステム,(3)モチーフ構造最適化システムの改造,(4)カスケードモデルによるpython版マイニングシステムの開発,の各項目を実施した.最後の項目については,未だ実用には至っていないが,他のソフトウェアは期待通りの効果を上げている.特に,モチーフ構造最適化システムは,単に最適構造を導出するだけでなくその支持構造群を表示できるため,解析に当たる化学者からは非常に歓迎されている.得られた複数のモチーフを比較するための機能を付加し,本研究における中核的ソフトウェアに成長させることができた.
2.博士研究員1名と製薬会社の研究所を退職した医薬化学者3人が協力して,ドーパミンのアゴニストおよびアンタゴニスト活性に対するモチーフ化学構造の抽出が行えることを再確認した.この過程で,利用経験をふまえてソフトウェア開発にフィードバックを行っている.引き続きセロトニンに対するモチーフ構造の抽出をほぼ完了した.医薬化学者によると,いずれも各活性に特徴的でかつ合理的な部分構造であり,しかも今まで得られていない有意義な知見であると判断された.
3.モチーフ構造抽出に有効と考えられるGBI法や部分空間クラスタリングの方法を開発した.これらの方法は,活性が数値属性で表現される場合に有効と考えられ,今後さらなる開発を進行させた後,モチーフ構造抽出に活用する予定である.

  • 研究成果

    (11件)

すべて 2007 2006

すべて 雑誌論文 (10件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] A Correlation-Based Approach to Attribute Selection in Chemical Graph Mining2007

    • 著者名/発表者名
      Takashi OKADA
    • 雑誌名

      Post - Proceedings of the Workshop in Artificial Intelligence, JSAI2004, Springer - Verlag LNAI3609(in press)

  • [雑誌論文] データマイニングの基礎と医薬への応用 Introduction to Data Mining and its Application to Pharmaceauticals2007

    • 著者名/発表者名
      Takashi OKADA
    • 雑誌名

      FARUMASHIA, The Pharmaceutical Society of Japan Vol.43, No.2

      ページ: 133-138

  • [雑誌論文] 特徴的リード構造抽出のための部分構造精錬システムの開発2006

    • 著者名/発表者名
      藤島悟志
    • 雑誌名

      第34回構造活性相関シンポジウム 講演要旨集 K09

      ページ: 37-38

  • [雑誌論文] Analysis on a Relation between Enterprise Profit and Financial State by Using Data Mining Techniques2006

    • 著者名/発表者名
      Takashi Washio
    • 雑誌名

      Working Notes of RM2006, Workshop on Risk Mining, Data Mining for Detection, Analysis and Utilization of Risk Information, Collocated with The 20th National Meeting of JSAI2006

      ページ: 35-46

  • [雑誌論文] Graph Clustering Based on Structural Similarity of Fragments2006

    • 著者名/発表者名
      T.Yoshida
    • 雑誌名

      Proceedings of the International Workshop on Federation over the Web, Springer - Verlag LNAI 3847

      ページ: 97-114

  • [雑誌論文] 部分空間クラスタリングと相関規則に基づく分類学習手法2006

    • 著者名/発表者名
      中西 耕太郎
    • 雑誌名

      人工知能学会論文誌 Vol.21, No.6

      ページ: 526-536

  • [雑誌論文] 適応的密度基準に基づく部分空間クラスタリングを用いた定量的多頻度アイテム集合のマイニング2006

    • 著者名/発表者名
      光永 悠紀
    • 雑誌名

      人工知能学会論文誌 Vol.21, No.5

      ページ: 439-449

  • [雑誌論文] Constructing Decision Trees for Graph - Structured Data by Chunkingless Graph - Based Induction2006

    • 著者名/発表者名
      Phu Chien Nguyen
    • 雑誌名

      Proceedings of 10th Pacific - Asia Conference, PAKDD2006, Advances in Knowledge Discovery and Data Mining LNAI 3918

      ページ: 390-399

  • [雑誌論文] Mutagenicity Risk Analysis by Using Class Association Rules2006

    • 著者名/発表者名
      Takashi Washio
    • 雑誌名

      Post - Proceedings of Joint JSAI 2005 Workshop, New Frontiers in Artificial Intelligence, Series : Lecture Notes in Computer Science, Springer - Verlag LNAI4012

      ページ: 436-445

  • [雑誌論文] Extracting Discriminative Patterns from Graph Structured Data using Constrained Search, Advances in Knowledge Acquisition and Management2006

    • 著者名/発表者名
      Kiyoto Takabayashi
    • 雑誌名

      Pacific Rim Knowledge Acquisition Workshop, PKAW 2006, Revised Selected Papers LNAI 4303

      ページ: 64-74

  • [図書] Mining Graph Data2006

    • 著者名/発表者名
      Takashi Okada (D.J.Cook, L..B.Holder Ed.)
    • 総ページ数
      480
    • 出版者
      Wiley - Interscience A John Wiley & Sons, Inc., Publication

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公開日: 2008-05-08   更新日: 2016-04-21  

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