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2008 年度 実績報告書

海洋中深層における非極限性古細菌の分子生態学的研究

研究課題

研究課題/領域番号 18201003
研究機関東京大学

研究代表者

木暮 一啓  東京大学, 海洋研究所, 教授 (10161895)

研究分担者 小川 浩史  東京大学, 海洋研究所, 准教授 (50260518)
砂村 倫成  東京大学, 大学院・理学系研究科, 助教 (90360867)
河原林 裕  独立行政法人産業技術総合研究所, セルエンジニアリング研究部門, 主任研究員 (90195165)
濱崎 恒二  東京大学, 海洋研究所, 准教授 (80277871)
常田 聡  早稲田大学, 先進理工学部, 教授 (30281645)
キーワード海洋中深層 / 古細菌 / ゲノム解析 / 窒素代謝 / 有機物代謝
研究概要

海洋性古細菌の研究を展開するために、いくつかの基礎的要素を確認し、それらをつめる研究を行ってきた。細菌群集が利用する有機物の性状を明らかにしていく研究(小川)。遺伝子構造を知るための方法論的展開(常田)、さらに海洋細菌の群集構造を解明する手法の開発(木暮、浜崎)、海洋細菌の分離培養に関する検討(砂村)、遺伝子解析技術の検討(河原林)などを行ってきた。本研究に最も重要な展開は、海洋深層および飼育槽からの好塩性古細菌の分離、培養である。海洋深層にはいわゆる非極限性古細菌がかなりの数分布しており、その群集構造や栄養特性の解明は本プロジェクトの重要課題である。このため、古細菌の分離培養を試みてきたが、その結果、深層水から好塩性の古細菌が分離されてきた。これは我々の想定していなかったことであるが、この分離株の系統的位置を確認したところ、おそらく新属を形成するであろうことが分かった。好塩性である以上、極限性の細菌と位置づけるのが妥当と思われるが、これは極限性から非極限性への移行過程の細菌とも考えられる。無論塩田周辺を徐けば、海洋からの好塩菌の分離例は初である。現在、新種の登録と併せ、その詳細な解析を行っている。本研究に最も重要な展開は、海洋深層および飼育槽からの好塩性古細菌の分離、培養である。海洋深層にはいわゆる非極限性古細菌がかなりの数分布しており、その群集構造や栄養特性の解明は本プロジェクトの重要課題である。このため、古細菌の分離培養を試みてきたが、その結果、深層水から好塩性の古細菌が分離されてきた。これは我々の想定していなかったことであるが、この分離株の系統的位置を確認したところ、おそらく新属を形成するであろうことが分かった。好塩性である以上、極限性の細菌と位置づけるのが妥当と思われるが、これは極限性から非極限性への移行過程の細菌とも考えられる。無論塩田周辺を徐けば、海洋からの好塩菌の分離例は初である。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2008

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 7件) 学会発表 (4件)

  • [雑誌論文] Automatic counting of FISH-labeled microbes by a LED illuminated detecting apparatus/2008

    • 著者名/発表者名
      Nishimura N, Shimakita T, Matsuzaki T, Tashiro Y, Kogure K.
    • 雑誌名

      Fisheried Science 74

      ページ: 405-410

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Microbial activity and accumulation of organic matter in the burrow of the mud shrimp, Upogebia major (Crustancea:Thalassinidea)2008

    • 著者名/発表者名
      Kinishita K, Wada M, Kogure K, Furuta T
    • 雑誌名

      Marine Biology 153

      ページ: 277-283

    • 査読あり
  • [雑誌論文] First cultivation and ecological investigation of a bacterium affiliated with the candidate phylum OP5 from hot springs2008

    • 著者名/発表者名
      Mori K, Sunamura M, others
    • 雑誌名

      Applied and Environmental Microbiology 74

      ページ: 6223-6229

    • 査読あり
  • [雑誌論文] New Methodologies for Isolation and Cultivation of Unculturable Microorganisms:Hollow Fiber Membrane Chamber and Microbial Cell Chromatiguraphy2008

    • 著者名/発表者名
      Aoi Y, Kaneko Y, Obotaka H, Kinoshita T, Hata T, Tsuneda S
    • 雑誌名

      Abstracts of the General Meeting of the American Society for Microbiology 108

      ページ: 338-339

  • [雑誌論文] Identification of the bacterial community involved in methae-dependent denitrification in activated slung using DNA stable-isotope probing2008

    • 著者名/発表者名
      Osaka T, Ebie Y, Tsuneda S, Inamori Y
    • 雑誌名

      FEMS Microbiology Ecology 64

      ページ: 494-506

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Retrieval of entire genes from environmental DNA by inverse PCR with pre-amplification of Target genes using primers cintaining locked nucleic acids2008

    • 著者名/発表者名
      Yamada K, Terahara T, Kimata S, Yokomaku T, Tsuneda S, Harayama S
    • 雑誌名

      Environmental Microbiology 10

      ページ: 978-987

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Community structures of actively growing bacteria shift along a north-south transect in the western North Pacific2008

    • 著者名/発表者名
      Taniguchi A, hamasaki K
    • 雑誌名

      Environmental Microbiology 10

      ページ: 1007-1017

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Production of dissolved and particulate organic matter by the reef-building corals Porites cylindrics and Acropora pulchra2008

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Y, Miyajima T, Koike I, hayashibara T, Ogawa H
    • 雑誌名

      Bulletin of marine Science 82

      ページ: 237-245

    • 査読あり
  • [学会発表] Biogeography, a case for microbes in marine environments2008

    • 著者名/発表者名
      小暮啓一
    • 学会等名
      Evolutionary Biology and Biodiversity Conservation
    • 発表場所
      サンパウロ、ブラジル
    • 年月日
      2008-11-10
  • [学会発表] Biogeography, a case for microbes in marine environments2008

    • 著者名/発表者名
      小暮啓一
    • 学会等名
      第12回国際微生物生態学シンポジウム
    • 発表場所
      ケアンズ、オーストラリア
    • 年月日
      2008-08-19
  • [学会発表] Biogeography, a case for microbes in marine environments2008

    • 著者名/発表者名
      小暮啓一
    • 学会等名
      海洋微生物センサス[ICOMM(International Census of marine Microbes)]
    • 発表場所
      アムステルダム、オランダ
    • 年月日
      2008-05-27
  • [学会発表] Biogeography, a case for microbes in marine environments2008

    • 著者名/発表者名
      小暮啓一
    • 学会等名
      第48回韓国微生物学会総会および2008年度微生物国際シンポジウム
    • 発表場所
      Daejeon、韓国
    • 年月日
      2008-05-16

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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