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2006 年度 実績報告書

大腸菌genetic networkの解明

研究課題

研究課題/領域番号 18201038
研究機関奈良先端科学技術大学院大学

研究代表者

森 浩禎  奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 教授 (90182203)

キーワード大腸菌リソース / 遺伝的ネットワーク / ロバスト性 / 欠失株 / GFP融合株 / 単一細胞遺伝子発現解析
研究概要

本年度は、1、必須遺伝子欠失導入用ベクター開発、2、、アーカイブクローンから必須遺伝子解析ベクターへの遺伝子断片の組み換え、3、必須遺伝子の供給下でのWanner法による遺伝子欠失の導入、4、必須遺伝子欠失株における生育に関するIPTG濃度依存性の解析、5、ORFクローンのGateway化およびGateway entryライブラリーの構築、6、特定の配列を付加したバーコード方式の欠失株ライブラリー作製、7、接合による遺伝子欠失の移動の系の開発、そして8、合成致死遺伝子同定システムの自動化を目標に研究開発を進めてきた。上記目標を一通りすべて当初の目標とおり達成することができ、特に開発項目の6、においては、特定の配列を付加(bar code)のみならず、対象とする遺伝子の開始コドンにGFPを融合するように設計を変更し、対象遺伝子の細胞内の発現を、本来のプロモーターおよび翻訳シグナルを用いた、しかも単一細胞で測定可能にすることができた。これにより、今後はsingle cell levelで、しかもin vivoにおいて発現解析が可能になった。本欠失株は本年度に一通りの候補株取得を終了し、あとはbar codeの読み取りを含めた、ゲノム構造の確認作業を残すのみとなっている。さらに、既存の欠失株と新規の欠失株を接合を用いて欠失の2重化も効率よく行うことが可能となった。この成果により、ロバスト性、代謝経路の冗長性など、細胞内ネットワーク解明に大きな一歩を踏み出すことができたと言える。

  • 研究成果

    (9件)

すべて 2006

すべて 雑誌論文 (9件)

  • [雑誌論文] Large-scale identification of protein-protein interaction of Escherichia coli K-122006

    • 著者名/発表者名
      M.Arifuzzaman
    • 雑誌名

      Genome Res. 16

      ページ: 686-691

  • [雑誌論文] Construction of Escherichia coli K-12 in-frame, single-gene knockout mutants : the Keio collection2006

    • 著者名/発表者名
      T.Baba
    • 雑誌名

      Mol Syst Biol. 2

      ページ: 2006.0008

  • [雑誌論文] Genome-Wide Screening of Genes Required for Swarming Motility in Escherichia coli K-122006

    • 著者名/発表者名
      T.Inoue
    • 雑誌名

      J Bacteriol. 189

      ページ: 950-957

  • [雑誌論文] Experimental and computational assessment of conditionally essential genes in E. coli2006

    • 著者名/発表者名
      A.R.Joyce
    • 雑誌名

      J Bacteriol. 188

      ページ: 8259-71

  • [雑誌論文] Complete set of ORF clones of Escherichia coli ASKA library (A Complete Set of E. coli K-12 ORF Archive) : Unique Resources for Biological Research2006

    • 著者名/発表者名
      M.Kitagawa
    • 雑誌名

      DNA Res. 12

      ページ: 291-299

  • [雑誌論文] Genome-wide analysis of substrate specificities of the Escherichia coli haloacid dehalogenase-like phosphatase family2006

    • 著者名/発表者名
      E.Kuznetsova
    • 雑誌名

      J Biol Chem 281

      ページ: 36149-36161

  • [雑誌論文] Role of phosphoenolpyruvate in the NADP-isocitrate dehydrogenate and isocitrate lyase reaction in Escherichia coli2006

    • 著者名/発表者名
      T.Ogawa
    • 雑誌名

      J Bacteriol. 189

      ページ: 1176-1178

  • [雑誌論文] Escherichia coli K-12 : a cooperatively developed annotation anapshot--20052006

    • 著者名/発表者名
      M.Riley
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res 34

      ページ: 1-9

  • [雑誌論文] Metabolomics approach for enzyme discovery2006

    • 著者名/発表者名
      N.Saito
    • 雑誌名

      J Proteome Res. 5

      ページ: 1979-1987

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公開日: 2008-05-08   更新日: 2016-04-21  

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