大腸菌genetic networkの解明

2008 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 18201038
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 基礎ゲノム科学
• 研究機関: 奈良先端科学技術大学院大学
• 研究代表者: 森 浩禎 奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 教授 (90182203)
• 研究協力者: BARRY L. Wanner Purdue University, 教授
• 研究期間 (年度): 2006 – 2008
• キーワード: 遺伝的相互作用 / 遺伝的ネットワーク / geneticinteraction / 合成致死 / 大腸菌 / 接合 / バーコード

研究概要

網羅的に遺伝的ネットワークを解明することを目的に、2重欠失株作製の系の開発と解析の評価を行った. 2重欠失の為の既存の欠失株ライブラリーにさらにもう1種類の欠失株ライブラリーの構築、単一欠失の接合による2重化のツールの開発、2重化のhighthroughput化、解析システムのそれぞれの開発を行った. 新規欠失株ライブラリーには、20ntのbarcodeを挿入し、創薬等のhighthroughputスクリーニングへの道も開いた.

研究成果

• [雑誌論文] High-throughput (2008)
  • 著者名/発表者名: Typas, A., R.J. Nichols, D.A. Siegele, M.Shales, S.R. Collins, B. Lim, H. Braberg, N.Yamamoto, R. Takeuchi, B.L. Wanner, H. Mori, J.S. Weissman, N.J. Krogan, and C.A. Gross
  • 雑誌名: quantitative analyses of genetic interactions in E. coli. Nat Methods 5 ページ: 781-7
  • 査読あり
• [雑誌論文] J.F. Greenblatt, and A. Emili. eSGA : E (2008)
  • 著者名/発表者名: Butland, G., M. Babu, J.J. Diaz-Mejia, F.Bohdana, S. Phanse, B. Gold, W. Yang, J.Li, A.G. Gagarinova, O. Pogoutse, H. Mori, B . L . Wa n n e r , H.Lo, J.Wasniewski, C.Christopolous, M. Ali, P. Venn, A. Safavi-Naini, N. Sourour, S. Caron, J.Y. Choi, L. Laigle, A. Nazarians-Armavil, A. Deshpande, S. Joe, K.A. Datsenko, N. Yamamoto, B.J. Andrews,C. Boone, H. Ding, B. Sheikh, G. Moreno-Hagelseib
  • 雑誌名: coli synthetic genetic array analysis. Nat Methods 5 ページ: 789-95
  • 査読あり
• [学会発表] Systems Biology of E. coli, Institute of Biomedical Sciences (2007)
  • 著者名/発表者名: Mori Hirotda
  • 学会等名: Fudan Universityほか3件
  • 発表場所: Shanghai, Republic of China
  • 年月日: 2007-11-16
• [学会発表] Systems Approach Towards Understanding of E. coli Central Metabolism-Quantiatative Measerement of Transcription and Translation of Glycolytic and TCA Cycle Enzymes (2007)
  • 著者名/発表者名: Mori Hirotada
  • 学会等名: 2nd ASM Conference on Integrating Metabolism and Genomics(IMAGE2)ほか28件
  • 発表場所: Quebec, Canada
  • 年月日: 2007-05-03
• [学会発表] Datsenko K.A.&Wanner B.L., Systems approach towards understanding of E (2007)
  • 著者名/発表者名: Mori H., Dose H., Ikegami Y., Yamamotoya T.,Matsuno H., Narifusa Y., Nakahigashi K., Baba T.
  • 学会等名: coli central metabolism- Quantitative measurement of transcription and translation of glycolytic and TCA cycle enzymes, IMAGE2(30-03)
  • 発表場所: Quebec, Canada
  • 年月日: 2007-04-05
• [学会発表] 大腸菌のシステム生物学
  • 著者名/発表者名: 森浩禎
  • 学会等名: 21世紀大腸ほか28件
  • 発表場所: ポスター発表
• [図書] Single-Gene Knockout Mutant Collection in Escherichia coli K-12. Methods Mol Biol ; 416 (2008)
  • 著者名/発表者名: Baba, T. and H. Mori
  • 総ページ数: 171-81
  • 出版者: The Construction of Systematic In-Frame
• [図書] Single-Gene Knockout Mutant Collection of Escherichia coli K-12. Methods Mol Biol ; 416 (2008)
  • 著者名/発表者名: Baba, T., H.C. Huan, K. Datsenko, B.L. Wanner, and H. Mori
  • 総ページ数: 183-94
  • 出版者: The Applications of Systematic In-Frame
• [備考] データベース
  • URL: http://ecoli.naist.jp