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2008 年度 実績報告書

ダイズ形質遺伝子座領域の物理地図作製と塩基配列解析

研究課題

研究課題/領域番号 18208001
研究機関独立行政法人農業生物資源研究所

研究代表者

原田 久也  独立行政法人農業生物資源研究所, ダイズゲノム研究チーム, チーム長 (70011913)

研究分担者 佐藤 修正  かずさDNA研究所, 植物遺伝子研究部, 主任研究員 (70370921)
キーワードダイズ / 遺伝子座 / QTL解析 / BACクローン / コンティグ / ホモロジー検索 / 遺伝子予測 / マイクロシンテニー
研究概要

1.根粒着生制御遺伝子Nts1とホモロジーの高いGmCLV1Aを含む約250kbのコンティグの塩基配列を解読して27の遺伝子を見出した。Nts1領域と比較するとシンテニーがあるが、遺伝子の向きは逆であった。
2.フィトクロームA遺伝子GmphyA1を含む約239kbのコンティグの塩基配列を解読して12の遺伝子と5つのトランスポゾンを見出した。GmphyA1のパラログであるGmphyA2遺伝子を含む約194kbのBACクローン塩基配列には16の遺伝子と6つのトランスポゾンがあり、遺伝子密度は低いがGmphyA1を含む領域とシンテニーがあった。
3.開花期関連遺伝子FT1の存在領域を絞り込むため、FT1座だけが分離する集団の13,500個体から両端のDNAマーカー間で組換えを起こした11系統をスクリーニングした。これらの組換え系統の開花期、熟期の調査と15のDNAマーカーを用いた遺伝子型の解析を行った。その結果FT1座は17kbの領域に絞り込まれ、そこにひとつの候補遺伝子を見出した。
4.7Sグロブリン欠失性遺伝子座Scg-1の領域には、2つのαサブユニット遺伝子、1つのβサブユニット遺伝子、偽遺伝子化した1つのαサブユニット遺伝子が見いだされた。これらのうち2つのαサブユニット遺伝子は逆向き反復配列となっていた。野生型ではこの2つの配列の終始コドン間は3.9kbあったが、欠失性系統では0.8kbに短縮されていた。そのため遺伝子が転写されるときにリードスルーが起こり、ヘアピン構造による転写後発現抑制が生じることが予想された。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2009 2008

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (2件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] A novel manual pooling system for preparing three-dimensional pools of a deep coverage soybean bacterial artificial chromosome library2009

    • 著者名/発表者名
      Xia, Z., et al.
    • 雑誌名

      Molecular Ecology Resources 9

      ページ: 516-524

    • 査読あり
  • [学会発表] 7Sグロブリン欠失性遺伝子座領域の構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      坪倉康隆・羽鹿牧太・金森裕之・片寄裕一・原田久也
    • 学会等名
      第29回種子生理生化学研究会年会
    • 発表場所
      マリンヒルホテル小樽
    • 年月日
      2008-10-23
  • [学会発表] ダイズ開花期関連遺伝子座FT3のマップベースクローニング2008

    • 著者名/発表者名
      渡辺啓史, ら
    • 学会等名
      日本育種学会第114回講演会
    • 発表場所
      滋賀県立大学
    • 年月日
      2008-10-12
  • [図書] 種子の科学とバイオテクノロジー2009

    • 著者名/発表者名
      相田光宏, 等著, 原田久也, 監修
    • 総ページ数
      379
    • 出版者
      学会出版センター

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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