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2007 年度 実績報告書

実験動物ラット・マウス遺伝子の単体・複合体タンパク質立体モデルデータベースの構築

研究課題

研究課題/領域番号 18310139
研究機関北里大学

研究代表者

梅山 秀明  北里大学, 薬学部, 教授 (20050619)

研究分担者 竹田 真由子 (志鷹 真由子)  北里大学, 薬学部, 准教授 (70265718)
岩館 満雄  北里大学, 薬学部, 講師 (10327447)
寺師 玄記  北里大学, 薬学部, 助教 (40383658)
加納 和彦  北里大学, 薬学部, 助教 (00383654)
キーワードタンパク質 / データベース / ラット / マウス
研究概要

タンパク質の機能を推定するためには、その立体構造情報は必要不可欠である。特にヒトの医薬品の創製のために重要であると考えられる、実験動物であるラット・マウスを対象とし、そのゲノムにコードされた全タンパク質を対象にしたタンパク質立体構造の高精度モデルデータベースの構築を行った。
まず、全自動ホモロジーモデリングシステムFAMSおよびタンパク質複合体の全自動ホモロジーモデリングシステムFAMS Complexの改良を行った。これらは、タンパク質立体構造予測の国際コンテスト CASP7,タンパク質相互作用予測の国際コンテスト CAPRI において優秀な成績を示すことができた。これにより、さらに高精度のタンパク質予測立体構造の構築が可能となった。さらに、配列アライメントの作成およびその優先順位付けの技術、ならびに構築された立体構造の精度を評価する技術を確立した。これにより、タンパク質予測立体構造をデータベース化するに際し、単なる構造データのみの提供だけでなく、その信頼性といったデータベースを使用する上で有用な情報を提供することが可能となった。以上の改良と技術を用い、ラット・マウスのアミノ酸配列情報を元に大規模なタンパク質予測立体構造データベースを構築しRIKEN FAMSBASE においてその成果をインターネットを通じて全世界に公開した。

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Bioinformatics based ligand-docking and in-silico screening2008

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Takaya, Mayuko Taked a-Shitaka, Genki Terashi, Kazuhiko Kanou, Mitsuo Iwadate and Hideaki Umeyama
    • 雑誌名

      Chem.Pharm.Bull 56(5)(In press)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamic interaction among the platform domain and two membrane-proximal immunoglobulin-like domains of class I major histocompatibility complex: normal mode analysis2008

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Nojima, Mayuko Taked a-Shitaka, Kazuhiko Kanou, Kenshu Kamiya, Hideaki Umeyama
    • 雑誌名

      Chem.Pharm.Bull. 565)(In press)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The SKE-DOCK server and human teams based on a combined method of shape complementarity and free energy estimation2007

    • 著者名/発表者名
      Genki Terashi, Mayuko Takeda-Shitaka, Kazuhiko Kanou, Mitsuo Iwadate, Daisuke Takaya, Hideaki Umeyama.
    • 雑誌名

      Proteins 69(4)

      ページ: 866-872

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fams-ace:a combined method to select the best model after remodeling all server models2007

    • 著者名/発表者名
      Terashi G, Takeda-Shitaka M, Kanou K, Iwadate M, Takaya D, Hosoi A, Ohta K, Umeyama H
    • 雑誌名

      Proteins 69

      ページ: 98-107

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 計算科学によるタンパク質問相互作用解析2007

    • 著者名/発表者名
      竹田-志鷹 真由子, 寺師 玄記, 梅山 秀明
    • 雑誌名

      生命の科学 58(5)

      ページ: 338-341

  • [学会発表] タンパク質モデリングと生物分子設計2007

    • 著者名/発表者名
      岩舘 満雄、加納 和彦、寺師 玄記、高谷 大輔、竹田-志鷹 真由子、梅山 秀明
    • 学会等名
      BMB2007第30回日本分子生物学会年会、第80回日本生化学会大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-15
  • [学会発表]2007

    • 著者名/発表者名
      竹田-志鷹 真由子、寺師 玄記、加納 和彦、岩舘 満雄、高谷 大輔、酒井 博子、梅山 秀明
    • 学会等名
      第35回構造活性相関シンポジウム
    • 発表場所
      京都大学百周年記念ホール
    • 年月日
      2007-11-16
  • [備考]

    • URL

      http://famshelp.gsc.riken.jp/famsbase/

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公開日: 2010-02-04   更新日: 2016-04-21  

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