• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2007 年度 実績報告書

符号および遺伝子解析実験に共在する組合せ構造とアルゴリズムの研究

研究課題

研究課題/領域番号 18340024
研究機関名古屋大学

研究代表者

神保 雅一  名古屋大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (50103049)

研究分担者 間瀬 茂  東京工業大学, 情報理工学研究科, 教授 (70108190)
松本 裕行  名古屋大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (00190538)
太田 克弘  慶應義塾大学, 理工学研究科, 教授 (40213722)
栗木 進二  大阪府立大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00167389)
三嶋 美和子  岐阜大学, 工学部, 准教授 (00283284)
キーワード組合せデザイン / LDPC符号 / 遺伝子情報解析 / ベイジアンネットワーク / conflict-avoiding code
研究概要

本年度は、暗号の分野で研究されているfingerprinting codeの構成法と追跡アルゴリズムに注目し、グループテストを用いた新しい追跡アルゴリズムを提案した。このアルゴリズムはLDPC符号あるいはDNA library screeningにおけるpositive識別アルゴリズムと同様のアルゴリズムであり、fingerprint codeの長さが比較的短くても効率よく改ざん者を見つけることが可能である。本研究テーマは、平成20年度も継続し、LDPCなどと比較しながら、共通する組合せ構造を見出していく。
また、すでに得ているDNA library screeningのpositive識別アルゴリズムの良さを様々な観点からシミュレーションにより精査し、本年度、IEEE/ACM bioinformaticsに掲載可となった。これに関連して、現在、CCCPと呼ばれるアルゴリズムを用いたpositive識別アルゴリズムについてもその有効性を示し、論文として投稿中である。
今まで、LDPC符号とDNA library screenigの識別アルゴリズムの類似性に注目して研究をしてきたが、今年度、新たに、fingerprinting codeにも同様に共通する組合せ構造が内在することを見出した。今後、これらに共通する組合せ構造に注目し、グループテストが有用な場合の組合せ論的特徴を見出してゆきたい。

  • 研究成果

    (19件)

すべて 2008 2007

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件) 学会発表 (11件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] A positive detecting code and its decoding algorithm for DNA library screening2008

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Uehara
    • 雑誌名

      IEEE/ACM, Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (印刷中)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Further constructions for BIB designs with nested rows and columns2008

    • 著者名/発表者名
      Takaaki Hishida
    • 雑誌名

      Ars Combinatoria 86

      ページ: 239-256

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A construction of OA (s^t, t+1, s, t)s by nonlinear functions and some classification for s=42008

    • 著者名/発表者名
      Shintaro Yagi
    • 雑誌名

      J. Statistical Planning and Inference (印刷中)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Some constructions for block sequences for Steiner quadruple systems with error correcting consecutive unions.2008

    • 著者名/発表者名
      Koji Momihara
    • 雑誌名

      J. Combinatorial Designs (印刷中)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] On conflict-avoiding codes of length n=4m for three active users2007

    • 著者名/発表者名
      Masakazu Jimbo
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Information Theory 53

      ページ: 2732-2742

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Constant weight conflict-avoiding codes2007

    • 著者名/発表者名
      Koji Momihara
    • 雑誌名

      SLAM Journal on Discrete Mathematics 21

      ページ: 959-979

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Square Lattice Designs in Incomplete Split-plot Designs2007

    • 著者名/発表者名
      Shinji Kuriki
    • 雑誌名

      Journal of Statistical Theory and Practice 1

      ページ: 417-426

    • 査読あり
  • [学会発表] Cyclic Steiner Quadruple Systemの再帰的構成法について2007

    • 著者名/発表者名
      三嶋 美和子
    • 学会等名
      研究集会「実験計画法と統計的推測理論の展開」
    • 発表場所
      兵庫県豊岡市城崎町
    • 年月日
      2007-11-28
  • [学会発表] Random fingerprinting codeに対する確率的解析2007

    • 著者名/発表者名
      柴田 雄規
    • 学会等名
      研究集会「実験計画法と統計的推測理論の展開」
    • 発表場所
      兵庫県豊岡市城崎町
    • 年月日
      2007-11-27
  • [学会発表] Quantum jump codeと組合せデザイン2007

    • 著者名/発表者名
      神保雅一
    • 学会等名
      「計算代数統計学の展開」科研費研究集会
    • 発表場所
      豊橋
    • 年月日
      2007-10-26
  • [学会発表] Quantum jump codes derived from affine geometry and cyclic codes2007

    • 著者名/発表者名
      Masakazu Jimbo
    • 学会等名
      2007 COE Conf. Dev. Dyn. Math. High Func.
    • 発表場所
      Fukuoka
    • 年月日
      2007-10-02
  • [学会発表] Quantum jump codes derived from affine geometry and cyclic codes2007

    • 著者名/発表者名
      Masakazu Jimbo
    • 学会等名
      2007 COE Conf. Dev. Dyn. Math. High Func.
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2007-10-02
  • [学会発表] 組合せデザインとその情報通信への応用2007

    • 著者名/発表者名
      神保雅一
    • 学会等名
      組合せ論サマースクール
    • 発表場所
      沖縄宜野湾市
    • 年月日
      2007-09-03
  • [学会発表] 組合せデザインとその情報通信への応用2007

    • 著者名/発表者名
      神保 雅一
    • 学会等名
      組合せ論サマースクール2007
    • 発表場所
      沖縄県宜野湾市
    • 年月日
      2007-09-03
  • [学会発表] Bounds and constructions for optimal constant weight conflict-avoiding codes2007

    • 著者名/発表者名
      K. Momihara, M. Mueller, J. Satoh, M. Jimbo
    • 学会等名
      2007 IEEE International Symp. on Information Theory
    • 発表場所
      Nice, France
    • 年月日
      2007-06-25
  • [学会発表] Bounds and constructions for optimal constant weight conflict-avoiding codes2007

    • 著者名/発表者名
      Koji Momihara
    • 学会等名
      2007 IEEE Int. Symp. On Info. Th.
    • 発表場所
      Nice, France
    • 年月日
      2007-06-25
  • [学会発表] On conflict-avoiding codes of length n=4m for three active users2007

    • 著者名/発表者名
      Miwako Mishima
    • 学会等名
      International Workshop on Combinatorics 2007
    • 発表場所
      京都大学数理解析研究所
    • 年月日
      2007-06-12
  • [学会発表] ゲノム塩基配列識別アルゴリズムとベイジアンネットワーク2007

    • 著者名/発表者名
      神保雅一
    • 学会等名
      応用統計学会
    • 発表場所
      東工大
    • 年月日
      2007-05-24
  • [図書] Rプログラミングマニュアル2007

    • 著者名/発表者名
      間瀬 茂
    • 総ページ数
      335
    • 出版者
      数理工学社

URL: 

公開日: 2010-02-04   更新日: 2016-04-21  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi