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2008 年度 実績報告書

符号および遺伝子解析実験に共在する組合せ構造とアルゴリズムの研究

研究課題

研究課題/領域番号 18340024
研究機関名古屋大学

研究代表者

神保 雅一  名古屋大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (50103049)

研究分担者 間瀬 茂  東京工業大学, 情報理工学研究科, 教授 (70108190)
金森 敬文  名古屋大学, 大学院・情報科学研究科, 准教授 (60334546)
栗木 進二  大阪府立大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00167389)
三嶋 美和子  岐阜大学, 工学部, 准教授 (00283284)
水島 洋  東京医科歯科大, 情報処理センター, 特任准教授 (50219630)
キーワード組合せデザイン / LDPC符号 / 遺伝子情報解析 / ベイジアンネットワー / Fingerprint code
研究概要

本年度は、DNA library screeningのためのCCCPアルゴリズムを完成させて論文として投稿しacceptされ掲載予定となった.また,昨年度までに構築した昨年度提案したfingerprinting codeの構成法と追跡アルゴリズムについて研究を継続し,Belief Propagaionによるグループテストの追跡アルゴリズムの有効性を調べた。このアルゴリズムはLDPC符号あるいはDNA library screeningにおけるpositive識別アルゴリズムと同様のアルゴリズムであるが,検索するitemの数に比べてテストするグループの数が多く,収束に関してLDPC符号やpositive識別アルゴリズムとは大きく違う様相を示すことがわかってきた.そのために21年度はBPではなくCCCPなどの代替アルゴリズムも検討する必要がある.
また,BPの収束性について情報幾何的アプローチを用いて,タナーグラフに長さが4の短いサイクルがないときその収束点の真の値からの偏りの最大剰余項を理論的に解析した.今後,論文として投稿するために準備中である.
一方,情報通信に用いられる組合せ符号の研究については,frequency hoppingのための新しいhopping最適系列の構成法を見出し,IEEE/ITに論文として掲載予定である.さらに光直交符号に利用可能なSteiner quadruple systemで剰余環の和だけでなく乗法群の作用についても不変なデザインを見出し,カナダとニュージーランドの国際会議でその成果を発表した.

  • 研究成果

    (22件)

すべて 2009 2008

すべて 雑誌論文 (15件) (うち査読あり 15件) 学会発表 (6件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] A construction of disjoint Steiner systems from isomorphic Golaycodes2009

    • 著者名/発表者名
      M. Jimbo, K. Shiromoto
    • 雑誌名

      J. Combinatorial Theory, Ser. A (掲載決定)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Sets of frequency hopping sequences : bounds and optimal constructions2009

    • 著者名/発表者名
      C. Ding, R. Fuji-Hara, Y. Fujiwara, M. Jimbo, M. Mishima
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Information Theory (掲載決定)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A positive detecting algorithm for DNA library screening based on CCCP2009

    • 著者名/発表者名
      H. Uehara, M. Jimbo
    • 雑誌名

      J. Japan Statist. Soc. (掲載決定)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A-optimal diallel cross experiments for estimating g. c. a. effects2009

    • 著者名/発表者名
      K. Ozawa, N. Tsushima, M. Jimbo
    • 雑誌名

      J. Statistics and Applications (掲載決定)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Square lattice designs in incomplete split-block designs2009

    • 著者名/発表者名
      Mejza, I., Mejza, S., Kuriki, S.
    • 雑誌名

      Journal of Statistics and Applications (掲載決定)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Repeated Youden Squares with subplot treatmentsin a group-divisible design2009

    • 著者名/発表者名
      Mejza, S., Kuriki, S., Kachlicka, D.
    • 雑誌名

      Journal of Statistics and Applications (掲載決定)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cyclic decomposition of 2-fold complete tripartite graphs and generalized pseudo-characteristic2009

    • 著者名/発表者名
      C. -C. Chou, C. -M. Fu, T. Minoura, M. Mishima
    • 雑誌名

      J. Statistics and Applications (掲載決定)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Optimal conflict avoiding codes of length n=0 (mod 16) and weight 3.2009

    • 著者名/発表者名
      M. Mishima, H. -L. Fu, S. Uruno
    • 雑誌名

      Designs, Codes and Cryptography (掲載決定)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Positive Detecting Code and its Decoding Algorithm for DNA Library Screening2008

    • 著者名/発表者名
      H. Uehara, M. Jimbo
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics Vol. 5 No. 6(電子版)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A construction of OA(s^t, t+1, s, t)by nonlinear functions and some class ification for s=42008

    • 著者名/発表者名
      S. Yagi, K. Mimura, M. Jimbo
    • 雑誌名

      Journal of Statistical Planning and Inference Vol. 138 No. 11

      ページ: 3309-3315

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Compatibility of BIB designs2008

    • 著者名/発表者名
      M. Sawa, S. Kageyama, M. Jimbo
    • 雑誌名

      Statistics and Applications Vol. 6 No. 1, 2

      ページ: 56-71

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Some constructions for block sequences for Steiner quadruple systems with error correcting consecutive unions2008

    • 著者名/発表者名
      K. Momihara, M. Jimbo
    • 雑誌名

      Journal of Combinatorial Designs Vol. 16

      ページ: 152-163

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Further constructions for BIB designs with nested rows and columns2008

    • 著者名/発表者名
      T. Hishida. M. Jimbo, M. Mishima, K. Ozawa, Y. Mutoh
    • 雑誌名

      Ars Combinatoria Vol. 86

      ページ: 239-256

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The spectrum of 1-rotational Steiner triple systems over a dicyclic group.2008

    • 著者名/発表者名
      M. Mishima
    • 雑誌名

      Discrete Math. Vol. 308

      ページ: 2617-2619

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of a Telediagnosis endoscopy system over secure Internet.2008

    • 著者名/発表者名
      M. Ohashi, N. Sakamoto, M. Watanabe, H. Mizushima. H. Tanaka
    • 雑誌名

      Methods Inf. Med. Vol. 47(2)

      ページ: 157-166

    • 査読あり
  • [学会発表] On a simulation of Gaussian random fields2009

    • 著者名/発表者名
      S. Mase, Y. Murayama
    • 学会等名
      Workshop on Models and lages of Porous Media
    • 発表場所
      Universite Paris Descartes
    • 年月日
      2009-01-15
  • [学会発表] A strictly cyclic Steiner quadruple system on Z_v admitting allunits as multipliers2008

    • 著者名/発表者名
      M. Jimbo, K. Momihara, S. Yoshikawa
    • 学会等名
      The 4th International Conference on Combinatorial Mathematics and Combinatorial Computing
    • 発表場所
      ニュージーランド、オークランド大学
    • 年月日
      2008-12-16
  • [学会発表] Prediction of surface distributions of seismic intensities using a hierarchical Bayes model2008

    • 著者名/発表者名
      間瀬茂, 山根翔太
    • 学会等名
      科研費シンポジウム「時空間現象データに対する統計科学モデルの構築および解析に関する組織的研究」
    • 発表場所
      沖縄県青年会館
    • 年月日
      2008-11-28
  • [学会発表] A Steiner quadruple systems on Z_p^m admitting all units asmultipliers2008

    • 著者名/発表者名
      M. Jimbo
    • 学会等名
      Combinatorial Design Theory, 招待講演
    • 発表場所
      カナダ、Banff, Int. Research Station
    • 年月日
      2008-11-13
  • [学会発表] Quantum jump codeと組合せデザイン2008

    • 著者名/発表者名
      神保雅一、城本啓介
    • 学会等名
      代数的符号理論と組合せデザイン
    • 発表場所
      京都大学、数理解析研
    • 年月日
      2008-10-15
  • [学会発表] Group testing algorithm for DNA library screening based on BP and CCCP2008

    • 著者名/発表者名
      H. Uehara, M. Jimbo
    • 学会等名
      Group testing in life science, 招待講演
    • 発表場所
      ドイツ、Dagsthul
    • 年月日
      2008-07-13
  • [図書] Bayesian Networks A Practical Guide to Applications : Chapter 15 Credit-rating of companies2008

    • 著者名/発表者名
      S. Masc
    • 総ページ数
      263-277
    • 出版者
      Wilcy

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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