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2008 年度 自己評価報告書

符号および遺伝子解析実験に共在する組合せ構造とアルゴリズムの研究

研究課題

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研究課題/領域番号 18340024
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 数学一般(含確率論・統計数学)
研究機関名古屋大学

研究代表者

神保 雅一  名古屋大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (50103049)

研究期間 (年度) 2006 – 2009
キーワードpooling experiment / グループテスト / positive detecting algorithm / 確率伝搬法 / BP / CCCP / LDPC
研究概要

本研究では,遺伝子解析のためのpooling experimentに用いられるグループテストの組合せ構造とpositive識別アルゴリズムが,情報通信におけるLDPC符号のパリティ検査行列の組合せ構造や復号アルゴリズムに類似していることに注目し,それらに共通する組合せ構造やアルゴリズムの数理的性質を解明することを目的としている.そのために,これらのいずれにも有効な組合せ構造の特徴を見出し,その特徴を有する組合せデザインを構成し,同時にLDPC符号の復号アルゴリズムと類似のアルゴリズムがpooling experimentのpositive識別アルゴリズムにも用いられることを示す.
さらに,これらのグループテストの手法および組合せ構造を情報通信,暗号・セキュリティの分野にも応用することを試みる.

  • 研究成果

    (17件)

すべて 2009 2008 2007

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 10件) 学会発表 (7件)

  • [雑誌論文] A positive detecting algorithm for DNA library screening based on CCCP.2009

    • 著者名/発表者名
      H. Uehara and M. Jimbo
    • 雑誌名

      J. Japan Statist. Soc. (印刷中)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cycle Decomposition of 2-fold complete tripartite graphs and generalized pseudo-characteristic2009

    • 著者名/発表者名
      C.-C. Chou, C.-M. Fu, T. Minoura and M. Mishima
    • 雑誌名

      to appear in Journal of Statistics and Applications (印刷中)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Repeated Youden Squares with subplot treatments in a group-divisible design2009

    • 著者名/発表者名
      Mejza, S., Kuriki, S. and Kachlicka, D.
    • 雑誌名

      Journal of Statistics and Applications 2009 (印刷中)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Optimal conflict-avoiding codes of length n=0 (mod 16) and weight 3, to appear in Designs2009

    • 著者名/発表者名
      M. Mishima, H.-L. Fu and S. Uruno
    • 雑誌名

      Codes and Cryptography (DOI : 0.1007/s10623-009-9282-2)(印刷中)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Sets of frequency hopping sequences2009

    • 著者名/発表者名
      C. Ding, R. Fuji-Hara, Y. Fujiwara, M. Jimbo and M. Mishima
    • 雑誌名

      bounds and optimal constructions, to appear in IEEE Transactions on Information Theory (印刷中)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Square lattice designs in incomplete split-block designs2008

    • 著者名/発表者名
      Mejza, I., Mejza, S. and Kuriki, S.
    • 雑誌名

      Journal of Statistics and Applications 2009 (印刷中)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Positive Detecting Code and its Decoding Algorithm for DNA Library Screening2008

    • 著者名/発表者名
      H. Uhehara and M. Jimbo
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics Vol.5, No.6(DOI : 10.1109/TCBB.2007.70266)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A construction of OA(s^t, t+1, s, t) by nonlinear functions and some classification for s=42008

    • 著者名/発表者名
      S. Yagi, K. Mimura, M. Jimbo
    • 雑誌名

      Journal of Statistical Planning and Inference Vol.138

      ページ: 3309-3315

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Some constructions for block sequences for Steiner quadruple systems with error correcting consecutive unions2008

    • 著者名/発表者名
      K. Momihara, M. Jimbo
    • 雑誌名

      Journal of Combinatorial Designs Vol.16

      ページ: 152-163

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The spectrum of 1-rotational Steiner triple systems over a dicyclic group2008

    • 著者名/発表者名
      M. Mishima
    • 雑誌名

      Discrete Mathematics vol.308, no.12

      ページ: 2617-2619

    • 査読あり
  • [学会発表] A strictly cyclic Steiner quadruple system on Z_v admitting all units as multipliers2008

    • 著者名/発表者名
      M. Jimbo, K. Momihara, S. Yoshikawa
    • 学会等名
      The 4th International Conference on Combinatorial Mathematics and Combinatorial Computing
    • 発表場所
      ニュージーランド、オークランド大学
    • 年月日
      2008-12-16
  • [学会発表] A Steiner quadruple systems on Z_p^m admitting all units as multipliers2008

    • 著者名/発表者名
      M. Jimbo
    • 学会等名
      Combinatorial Design Theory
    • 発表場所
      カナダ、Banff International Research Station招待講演
    • 年月日
      2008-11-13
  • [学会発表] Group testing algorithm for DNA library screening based on BP and CCCP2008

    • 著者名/発表者名
      H. Uehara, M. Jimbo
    • 学会等名
      Group testing in life science
    • 発表場所
      ドイツ, Dagsthul,招待講演
    • 年月日
      2008-07-13
  • [学会発表] Cyclic Steiner Quadruple System の再帰的構成法について,研究集会2007

    • 著者名/発表者名
      三嶋美和子, 神保雅一
    • 学会等名
      実験計画法と統計的推測理論の展開
    • 発表場所
      城崎
    • 年月日
      2007-11-28
  • [学会発表] Random fingerprinting codeに対する確率的解析,研究集会2007

    • 著者名/発表者名
      柴田雄規, 神保雅一
    • 学会等名
      実験計画法と統計的推測理論の展開
    • 発表場所
      城崎
    • 年月日
      2007-11-27
  • [学会発表] Bounds and constructions for optimal constant weight conflict-avoiding codes2007

    • 著者名/発表者名
      K. Momihara, M. Mueller, J. Satoh, M. Jimbo
    • 学会等名
      2007 IEEE International Symp. on Information Theory
    • 発表場所
      Nice, France
    • 年月日
      2007-06-25
  • [学会発表] ゲノム塩基配列識別アルゴリズムとベイジアンネットワーク2007

    • 著者名/発表者名
      神保雅一, 上原啓明
    • 学会等名
      応用統計学会
    • 発表場所
      東工大,特別講演
    • 年月日
      2007-05-24

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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