研究課題
1.選択的スプライシングデータベースの更新:選択的スプライシングによって変化を受けるアミノ酸配列上の領域を収集したデータベース(AS-ALPS)のもととなるデータを更新し、より多くの派生アイソフォームについて立体構造との対応付けを行ったバージョンを一般に公開した。また、このバージョンのAS-ALPSについて塩生は台湾での国際会議で発表を行い、ポスター賞を受賞した。さらに、AS-ALPSに納められているアノテーションと同様のアノテーションをユーザーが新規に決定した転写産物データに対して行うことのできる機能を追加した(論文執筆中)。2.機能部位変化の検証:昨年度までに構築したタンパク質立体構造を加味したマルチプルアラインメント法を用いて、脂質代謝に関連する遺伝子から生じ、機能部位を含むモジュールを単位とした変化が起こる派生アイソフォームについてのホモロジーモデリングを行い、予測された構造情報にもとついて派生アイソフォームの機能推定を行った(論文投稿中)。また、選択的スプライシングと同様にmRNAの成熟過程においてゲノム情報の改変を行う現象であるRNA編集が、タンパク質立体構造、および、機能部位にどのような影響をもたらすのかについて調べることのできるデータベース(RESOPS)を構築し、一般に公開した(平成21年度発表論文)。3.選択的スプライシング産物の構造変化解析:糖鎖合成に関わる遺伝子から生じる派生アイソフォームについて、立体構造情報にもとづくアラインメント法を適用してホモロジーモデリングにより立体構造推定を行うことで、大きな欠失が生じる派生アイソフォームでも安定な立体構造を形成し得ることを示すことができた。さらに、予測された構造情報にもとづいて、派生アイソフォームの機能の違いを説明することができた(論文投稿中)。
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Plant and Cell Physiology 50
ページ: 1865-1873
生物物理 49
ページ: 244-245
http://as-alps.nagahama-i-bio.ac.jp/
http://cib.cf.ocha.ac.jp/RNAEDITING/
