選択的スプライシングを受けたタンパク質の立体構造モデリングによる機能解析

2008 年度 自己評価報告書

• 研究課題/領域番号: 18370061
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生物物理学
• 研究機関: 長浜バイオ大学
• 研究代表者: 郷 通子 お茶の水女子大学, 学長 (70037290)
• 研究期間 (年度): 2006 – 2009
• キーワード: タンパク質立体構造 / 選択的スプライシング / ホモロジーモデリング / RNA編集 / 機能部位 / モジュール / 理論生物学 / バイオインフォマティクス

研究概要

ヒトゲノムにコードされている50%から90%程度の遺伝子では、mRNAの成熟過程において、あるエクソンをイントロンと見なして切り出す機構(選択的スプライシング。以下AS)により、情況に応じて2つ以上の異なる成熟mRNAを生み出していることがわかってきている。ASによる成熟mRNAの多様化で、ひとつの遺伝子からアミノ酸配列が部分的に異なるタンパク質が翻訳され、その結果として多様な機能をもつタンパク質が生み出されると期待される。タンパク質の機能は、立体構造を形成することで実現されていることより、ASによって生産されるアイソフォームに、立体構造上どのような違いがあるかを調べることが、ASがタンパク質の機能にどのような変化をもたらすのかを理解する基礎となる。そこで本申請研究では、ASによってできるタンパク質がどのような立体構造をとっているのかを計算生物学の手法で推定し、分子性機能および細胞性機能にどのような変化が起きるのかを推定することを目的とする。

研究成果

• [雑誌論文] Correlation between amino acid residues converted by RNA editing and functional residues in protein three- dimensional structures in plant organelles (2008)
  • 著者名/発表者名: Yura, K., Go, M
  • 雑誌名: BMC Plant Biology 8 ページ: 79
  • 査読あり
• [雑誌論文] The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts (2008)
  • 著者名/発表者名: Yamasaki, C., Murakami, K., Fujii, Y., Sato, Y., Harada, E., Yura, K. (66th), Shionyu, M. (101th), Go, M. (107th), Gojobori, T. (138th)
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 36 ページ: 793-799
  • 査読あり
• [雑誌論文] Contribution of computational biology and structural genomics to understand genome and transcriptome (2007)
  • 著者名/発表者名: Go M., Yura K., Shionyu M.
  • 雑誌名: Proceedings of the International Symposium on Frontiers of Computational Science 2005 (ISFCS2005), (eds. Kaneda, Y., Kawamura, H., Sasai, M.), Springer ページ: 75-80
  • 査読あり
• [雑誌論文] Alternative splicing in human transcriptome : functional and structural influence on proteins (2006)
  • 著者名/発表者名: Yura, K., Shionyu, M., Hagino, K., Hijikata, A., Hirashima, Y., Nakahara, T., Eguchi, T., Shinoda, K., Yamaguchi, A., Takahashi, K., Itoh, T., Imanishi, T., Gojobori, T., Go, M.
  • 雑誌名: Gene 380 ページ: 63-71
  • 査読あり
• [学会発表] Information flow from DNA sequence to protein function (2008)
  • 著者名/発表者名: Yura, K., Go, M.
  • 学会等名: Science in Japan Forum 2008 : Interaction of Physics and Biology
  • 発表場所: JSPS米国ワシントンDC
  • 年月日: 2008-06-20
• [備考]
  • URL: http://teapot.lib.ocha.ac.jp/ocha/
• [備考]
  • URL: http://cib.cf.ocha.ac.jp/~yura/present0.html