2008 年度研究成果報告書

ILPに基づくたんぱく質一次構造からのフォールド予測

研究課題

研究課題/領域番号	18500120
研究種目	基盤研究(C)
配分区分	補助金
応募区分	一般
研究分野	知能情報学
研究機関	東京理科大学
研究代表者	大和田勇人東京理科大学, 理工学部・経営工学科, 教授 (30203954)
研究分担者	松井藤五郎東京理科大学, 理工学部・経営工学科, 助教 (90366443)
研究期間 (年度)	2006 – 2008
キーワード	帰納論理プログラミング / バイオインフォマティクス / たんぱく質 / フォールド予測 / ドメイン / 機械学習
研究概要	本研究ではプログラム細胞死に影響を与えるBcl-2ファミリーのたんぱく質を対象にして, シロイヌナズナの中から発見することを目的とした.たんぱく質の二次構造予測ツールを用いて二次構造を予測し, 帰納論理プログラミング(ILP)を用いて予測された二次構造に基づいた背景知識から仮説を構築した.それを, Bcl-2ファミリーたんぱく質のフォールド予測に適用した.実験の結果, 提案手法は予測精度, 特に再現率を向上させることが実証された.

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