生体超分子系の精密シミュレーションに向けての高速多重極・反作用場計算の開発と評価

2008 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 18500226
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 鳥取大学
• 研究代表者: 網崎 孝志 鳥取大学, 医学部, 教授 (20231996)
• 研究分担者: 藤原 伸一 鳥取大学, 医学部, 助教 (00362880)
• 研究期間 (年度): 2006 – 2008
• キーワード: コンピュータシミュレーション / 分子動力学

研究概要

コンピュータ上での分子シミュレーションは、生命現象の分子レベルでの研究において、ひとつの科学実験の手段として認識されつつある。生理現象の根幹的役割を担う分子機械は、蛋白質や生体膜の集合体である。このため、現在主流の計算法では、周期的境界条件に起因するアーチファクトの悪影響が危惧される。本研究では、遠くの領域を平均化して三次元の繰り返しによる影響を排除した計算方法を考案し、実際の生体分子に対して適用した。

研究成果

• [雑誌論文] Identification of high affinity fatty acid binding sites on human serum albumin by MM-PBSA method (2008)
  • 著者名/発表者名: S. Fujiwara and T. Amisaki
  • 雑誌名: Biophys. J. 94 ページ: 95-103
  • 査読あり
• [雑誌論文] Implementation and Evaluation of Multiple GridRPC Services for Molecular Dynamics Simulations of Proteins (2006)
  • 著者名/発表者名: T. Amisaki and S. Fujiwara
  • 雑誌名: IPSJ Transactions on Advanced Computing Systems 47 ページ: 182-192
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular dynamics study of conformational changes in human serum albumin by binding of fatty acids (2006)
  • 著者名/発表者名: S. Fujiwara and T. Amisaki
  • 雑誌名: Proteins 64 ページ: 730-739
  • 査読あり
• [学会発表] 分子動力学シミュレーションによるhMTH1-8-oxo-dGMP 間相互作用の解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 藤原伸一、石飛文規、片倉和哉、網崎孝志、山縣ゆり子
  • 学会等名: 日本薬学会第128年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜会議センター
  • 年月日: 2008-03-27
• [学会発表] MM-PBSA 法によるヒト血清アルブミンの脂肪酸強結合部位の同定 (2007)
  • 著者名/発表者名: 藤原伸一、網崎孝志
  • 学会等名: 日本生物物理学会第45回年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜会議センター
  • 年月日: 2007-12-22
• [学会発表] MM-PBSA 法によるヒト血清アルブミンの脂肪酸強結合部位の同定 (2007)
  • 著者名/発表者名: 藤原伸一、網崎孝志
  • 学会等名: 日本薬学会第127 年会
  • 発表場所: 富山
  • 年月日: 2007-03-29
• [学会発表] 酸化ヌクレオチド分解酵素ヒトMTH1の分子動力学シミュレーションによるダイナミクス解析 (2006)
  • 著者名/発表者名: 石飛文規、片倉和哉、藤原伸一、網崎孝志、山縣ゆり子
  • 学会等名: 第20回分子シミュレーション討論
  • 発表場所: 仙台国際センター
  • 年月日: 2006-11-28