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本研究は、複数の標的分子、特に疾病マーカーとなる蛋白質に対して、特異的に結合するDNAアプタマーを同時に探索する方法を開発することを目的とした。結果として、アプタマーブロッティングを用いたスクリーニング法を開発した。本方法では、複数の標的蛋白質をニトロセルロース膜等に固定化し、これに標識一本鎖DNAライブラリーを添加、膜に固定化された蛋白質とアプタマーの複合体を、標識化合物により可視化し、複合体の形成された部分のみを膜ごと回収し、アプタマーを抽出し、PCRなどで増幅し、次世代のライブラリーを調製する。この操作を繰り返すことにより、標的蛋白質に特異的に結合するアプタマーを取得できる。
本方法により、神経変性疾患で重要な役割を果たすと考えられる、Tau蛋白質に結合するDNAアプタマーを取得することができた。また重要な検出用酵素であるルシフェラーゼに結合するDNAアプタマーの取得にも成功し、本手法の汎用性を確認することができた。また、ニワトリ筋肉中に存在する未同定蛋白質に結合するDNAアプタマーを発見し、これが結合する蛋白質を同定したところ、ニワトリのゲノム中に挿入されたトランズポゾンに関連する蛋白質であることがわかった。本結果は未同定蛋白質に対してアプタマーを取得した最初の例であり、今研究により開発された、アプタマーブロッティング法を用いたスクリーニング法が、有用なアプタマーを得る為の極めて有効な方法であることが確認された。
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