• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2007 年度 実績報告書

バクテリオファージ頭部と尾部の結合に関わるネックの構造形成

研究課題

研究課題/領域番号 18570147
研究機関東京工業大学

研究代表者

有坂 文雄  東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 准教授 (80133768)

研究分担者 金丸 周司  東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 助教 (50376951)
キーワードバクテリオファージ / 分子集合 / 超遠心分析 / 静的多角度光散乱 / 蛋白質間相互作用 / ネック蛋白質 / X線結晶構造解析 / ウィルス
研究概要

T4ファージの分子集合においてDNAの頭殻へのパッケージングが終了すると、DNAの入った入り口をふさぐようにネックが構築される。ネックはgp13(gp はgene product)とgp14からなり、それぞれ309および256アミノ酸からなり、分子量はそれぞれ41,226および32,868である。ネックには後に尾部が結合する。本研究では、ネックの構造およびネックにおけるサブユニットの配置を明らかにするために、両蛋白質をコードする遺伝子をPCR法によりクローニングした後、大量発現系を構築し、IPTGにより発現を行った。精製には硫安分画、イオン交換クロマトグラフィー、ゲルろ過クロマトグラフィーを用い、SDS電気泳動で単一バンドに精製した。遠紫外円二色性スペクトルを測定した結果、gp13がαヘリックスの多い蛋白質であるのに対して、gp14はβシートに富む蛋白質であることが分かった。超遠心分析沈降速度法を行った結果、両蛋白質は溶液中で均一な単量体であり、沈降係数はそれぞれ2.80Sおよび2.00Sであった。摩擦比はそれぞれ1.22および1.73と求められ、gp14はgp13よりもやや細長い蛋白質であると考えられる。両蛋白質は生理的な条件下では相互作用しなかったが、0.8M硫安処理によって16.6Sの特異的な複合体を形成することが分かった。複合体の分子量497,000とSDS-PAGEの結果から、本蛋白質は(gp13)_<10>(gp14)_5のヘテロ15量体であると考えられる。この複合体は両蛋白質を共発現させたときに生じる複合体と同一のものと考えられる。電子顕微鏡観察によれば、本蛋白質は直径156Åのリングを形成し、これは電子顕微鏡画像からの三次元再構成像によるネックの電子密度と一致した。

  • 研究成果

    (25件)

すべて 2008 2007

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (14件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Molecular design of heteroprotein assemblies providing a bionanocup as a chemical reactor2008

    • 著者名/発表者名
      Koshiyama T, Ueno T, Kanamaru S, Nagano S, Shiro Y, Arisaka F, Watanabe Y
    • 雑誌名

      Small. 4

      ページ: 50-54

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Detection of structural changes in a cofactor binding protein by using a wheat germ cell-free protein synthesis system coupled with unnatural amino acid probing2007

    • 著者名/発表者名
      Abe M, Ohno S, Yokogawa T, Nakanishi T, Arisaka F, Hosoya T, Hiramatsu T, Suzuki M, Ogasawara T, Sawasaki T, Nishikawa K, Kitmura M, Hori H, Endo Y.
    • 雑誌名

      Proteins. 2007 May 15; 67

      ページ: 643-652

    • 査読あり
  • [雑誌論文] CHANGES IN GLYCOSYLATION OF VITRONECTIN MODULATE MULTIMERIZATION AND COLLAGEN BINDING DURING LIVER REGENERATION2007

    • 著者名/発表者名
      Sano K, Asanuma-Date K, Arisaka F, Hattori S, Ogawa H.
    • 雑誌名

      Glycobiology. 2007 17

      ページ: 784-794

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The neck of bacteriophage T4 is a ring-like structure formed by a hetero-oligomer of gp13 and gp14.2007

    • 著者名/発表者名
      Akhter, T., Zhao, L., Kohda, A., Mio, K., Kanamaru, S. & Arisaka, F.
    • 雑誌名

      Biochim Biophys Acta 1774

      ページ: 1036-1043

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Aggregation Aspects and Techniques for Assessment, Part 2Analytical2007

    • 著者名/発表者名
      Arakawa T, John S. Philo, Ejima D, Tsumoto K, and, Arisaka F.
    • 雑誌名

      Ultracentrifugation and Dynamic Light Scattering BioProcess International 5

      ページ: 36-50

    • 査読あり
  • [雑誌論文] An arthropod cuticular chitin-binding protein endows injured sites with transglutaminase-dependent mesh.2007

    • 著者名/発表者名
      Matsuda Y, Koshiba T, Osaki T, Suyama H, Arisaka F, Toh Y, Kawabata SI
    • 雑誌名

      J Biol Chem 282

      ページ: 37316-37324

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure Analysis of Activity-dependent Neurotrophic Factor9 by Circular Dichroism and Sedimentation Equilibrium.2007

    • 著者名/発表者名
      Arakawa T, Niikura T, Tajima H, Arisaka F, Kita Y.
    • 雑誌名

      J Mol Neurosci 33

      ページ: 262-267

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reversible and Irreversible Coiled Coils in the Stalk Domain of ncd Motor protein2007

    • 著者名/発表者名
      Makino T, Morii H, Shimizu T, Arisaka F, Kato Y, Nagata K, and Tanokura M
    • 雑誌名

      Biochemistry 46

      ページ: 9523-9532

    • 査読あり
  • [雑誌論文] ウイルスに見られる新しいβ構造モチーフ.2007

    • 著者名/発表者名
      金丸周司、有坂文雄
    • 雑誌名

      日本結晶学会誌 49

      ページ: 161-170

  • [雑誌論文] バクテリオファージの構造生物学2007

    • 著者名/発表者名
      金丸周司、有坂文雄
    • 雑誌名

      蛋白質 核酸 酵素 52

      ページ: 1069-1074

  • [学会発表] Foldon fusion to the C-terminal-truncated mutant proteins of gp34, the proximal half tail fiber of bacteriophage T4 to facilitate trimer formation.2007

    • 著者名/発表者名
      Donny Sunanda、金丸周司、有坂文雄
    • 学会等名
      特定領域研究「生体超分子構造」第4回公開シンポジウム
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      20071218-19
  • [学会発表] T4ファージ基盤構成蛋白質gp7,gp10,gp11の相互作用部位の同定2007

    • 著者名/発表者名
      中尾朋子、長尾達也、金丸周司、有坂文雄
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会、第80回日本生化学会大会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      20071211-15
  • [学会発表] T4ファージ基盤終結蛋白質gp48,gp54の大量発現系の構築と性状解析2007

    • 著者名/発表者名
      伊藤麻紗子、金丸周司、有坂文雄
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会、第80回日本生化学会大会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      20071211-15
  • [学会発表] T4ファージ基盤終結蛋白質gp48、gp54の大量発現系の構築と性状解析2007

    • 著者名/発表者名
      伊藤麻紗子、金丸周司、有坂文雄
    • 学会等名
      第3回「生体超分子構造」ワークショップ
    • 発表場所
      熱海
    • 年月日
      20070711-13
  • [学会発表] Crystallization of the C-terminal-truncated mutant proteins of gp34, the proximal half tail fiber of bacteriophage T42007

    • 著者名/発表者名
      Donny Sunanda、金丸周司、有坂文雄
    • 学会等名
      第3回「生体超分子構造」ワークショップ.
    • 発表場所
      熱海
    • 年月日
      20070711-13
  • [学会発表] T4類縁ファージのgp5ホモログ蛋白質の性状解析と結晶化2007

    • 著者名/発表者名
      根本舞、油井孔兵、金丸周司、有坂文雄
    • 学会等名
      第3回「生体超分子構造」ワークショップ.
    • 発表場所
      熱海
    • 年月日
      20070711-13
  • [学会発表] バクテリオファージT4尾部の膜貫通機構2007

    • 著者名/発表者名
      二島渉、金丸周司、有坂文雄、北尾彰朗
    • 学会等名
      第7回日本蛋白質科学会年会.
    • 発表場所
      仙台国際センター
    • 年月日
      20070524-26
  • [学会発表] Consruction and purification of N terminal of the proximal long tail fiber, gp34, of Bacteriophage T42007

    • 著者名/発表者名
      Donny Sunanda、金丸周司, 有坂文雄
    • 学会等名
      第7回日本蛋白質科学会年会.
    • 発表場所
      仙台国際センター
    • 年月日
      20070524-26
  • [学会発表] T4ファージ基盤構成蛋白質群のドメイン構造と相互作用部位の同定2007

    • 著者名/発表者名
      中尾朋子、長尾達也、金丸周司、有坂文雄
    • 学会等名
      第7回日本蛋白質科学会年会.
    • 発表場所
      仙台国際センター
    • 年月日
      20070524-26
  • [学会発表] 長さ・太さの制御可能な三本鎖βヘリックスタンパク質の作製2007

    • 著者名/発表者名
      寺内允、金丸周司、有坂文雄
    • 学会等名
      特定領域研究「生体超分子構造」第4回公開シンポジウム
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2007-12-18
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [学会発表] T4ファージ基盤蛋白質gp48の可溶化と性状解析2007

    • 著者名/発表者名
      伊藤麻紗子、金丸周司、有坂文雄
    • 学会等名
      特定領域研究「生体超分子構造」第4回公開シンポジウム
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2007-12-18
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [学会発表] PP01ファージの尾繊維タンパク質gp38,gp37の解析2007

    • 著者名/発表者名
      堀越祐介、金丸周司、有坂文雄
    • 学会等名
      特定領域研究「生体超分子構造」第4回公開シンポジウム
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2007-12-18
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [学会発表] T4ファージ基盤蛋白質群の断片化複合体の結晶化の試み2007

    • 著者名/発表者名
      中尾朋子、長尾達也、金丸周司, 有坂文雄
    • 学会等名
      第3回「生体超分子構造」ワークショップ.
    • 発表場所
      熱海
    • 年月日
      2007-07-11
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [学会発表] 可変長人工βヘリックス構造の性状解析2007

    • 著者名/発表者名
      寺内允、金丸周司、有坂文雄
    • 学会等名
      第3回「生体超分子構造」ワークショップ.
    • 発表場所
      熱海
    • 年月日
      2007-07-11
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [図書] 日刊工業新聞社2007

    • 著者名/発表者名
      有坂文雄
    • 総ページ数
      12
    • 出版者
      東京工業大学大学院生命理工学研究科編「トコトンやさしいタンパク質の本」

URL: 

公開日: 2010-02-04   更新日: 2016-04-21  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi