複合尤度を用いた巨大分子系統樹推定技術の開発

2008 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 18570217
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 進化生物学
• 研究機関: 首都大学東京
• 研究代表者: 田村 浩一郎 首都大学東京, 大学院・理工学研究科, 教授 (00254144)
• 研究期間 (年度): 2006 – 2008
• キーワード: 複合尤度 / 最尤法 / 系統解析 / 分子系統樹 / 分子進化 / 進化距離 / 近隣結合法

研究概要

分子系統樹の推定は生命科学の様々な分野で利用される基本的な操作であるが、その方法は理論的側面に長ける最尤法と計算効率に長ける近隣結合法に二分される。そこで、新たに開発した最大複合尤度法を利用し、両者の優れた点を合わせることを試みた。効果はコンピュータ・シミュレーションによって評価した。その結果、最大複合尤度法の適用により、近隣結合法、最尤法のいずれにおいても推定精度、計算時間の改良に成功した

研究成果

• [雑誌論文] MEGA : A biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences (2008)
  • 著者名/発表者名: Kumar S, Nei M, Dudley J, Tamura K.
  • 雑誌名: Brief Bioinform 9 ページ: 299-306
  • 査読あり
• [雑誌論文] MEGA4 : Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) Software Version 4.0 (2007)
  • 著者名/発表者名: Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S.
  • 雑誌名: Mol. Biol. Evol 24 ページ: 1596-1599
  • 査読あり
• [学会発表] MEGA4 による分子系統解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 田村浩一郎
  • 学会等名: 日本進化学会第10 回大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-08-24
• [学会発表] 巨大系統樹推定のための最尤法の適用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 田村浩一郎
  • 学会等名: 日本進化学会第10 回大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-08-22
• [学会発表] Application of Maximum Likelihood Methods for Large Phylogeny (2008)
  • 著者名/発表者名: Koichiro Tamura
  • 学会等名: The international symposium " New Insight of Genome Evolution into Fundamental Activities of Life "
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-03-28
• [学会発表] Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0 (2006)
  • 著者名/発表者名: Tamura K.
  • 学会等名: Annual Meeting for the Society for Molecular Biology and Evolution
  • 発表場所: Arizona
  • 年月日: 2006-06-01
• [備考]
  • URL: http://evolgen.biol.metro-u.ac.jp/MEGA/
• [備考]
  • URL: http://www.megasoftware.net/