| 研究概要 |
ゲノムレベルから蛋白レベルまでのアレイ技術を集約したシステムの構築により、主に食道扁平上皮癌をモデルに「ゲノム一次構造異常」ならびに「エピゲノム異常」の詳細な探索を起点にとした「癌の個別化医療」に必要十分な診断のマーカーあるいは治療標的となりうる癌関連遺伝子を網羅的・体系的かつ迅速に同定することを目的に研究を進め以下の成果を得た。
1.CGHアレイ法による癌のゲノムコピー異常の解析
食道扁平上皮癌細胞株ならびにマイクロダイセクションにより特異的に癌細胞だけを採取した臨床検体を対象に、自作のBACアレイを用いたアレイCGH解析を施行し、ゲノムコピー数異常と臨床・病理学的データとの関連の解析ならびに全ゲノムにわたる詳細な高度の増幅ならびに欠失領域のマッピングを行なった。
2.ゲノムコピー数異常領域からの標的遺伝子候補の同定と臨床病理学的並びに生物学的意義の解明
個々のゲノムコピー数異常が確認された領域について、標的遺伝子候補の解析を進めた。食道癌以外にもモデルとして肺非小細胞癌、胃癌、甲状腺癌、神経膠腫、など様々な癌において同様のアプローチを行なった。その結果、増幅の標的癌遺伝子あるいはホモ欠失あるいはプロモータ領域のメチル化により高頻度に発現消失が起こる癌抑制遺伝子候補を同定した(Imoto et al.,2006;Takada et al.,2006,Saigusa et al.,2007;Yu et al.,2007など)。リアルタイムPCRや発現アレイによる発現解析ならびに組織アレイの導入によるシステム整備を行い、研究の効率化を図った。
2.エピゲノム異常を標的とした癌抑制遺伝子候補の同定と臨床病理学的並びに生物学的意義の解明
BACアレイプラットフォーム上で異常メチル化領域を検出するBAMCA(BAC-array based methylated CpG island amplification)法を用いて、メチル化により発現抑制を受ける食道癌抑制遺伝子候補の同定を試みた。既に複数の遺伝子を同定し詳細な解析を行なった(Tanaka et al.,投稿中)。
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