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これまでの研究で、SAMP6とSAMP2を交配させて作出されたコンジェニック系統及びサブコンジェニック系統の表現系の分析から、候補遺伝子の存在する範囲がおよそ10.0Mbpの範囲に絞られる事がわかった。さらに詳細に表現系を解析した結果、作出したサブコンジェニック系統が2種類の表現系のみをとることから、候補遺伝子はこの範囲に-つだけ存在する可能性が非常に高く、その場合にはさらに候補遺伝子領域が狭くなる事が明らかとなった。まずこめ候補遺伝子領域のすべての遺伝子に関して、エクソンの配列をDNAシークエンシング法で同定し、SAMP2とSAMP6間で差異がないか検証したところ、すべての候補遺伝子のエクソン配列に差異がみられなかった。次に、すべての候補遺伝子の発現解析をReal-time RT-PCR法を用いて骨組織及び腎臓を用いて行ったところ、Cacng4遺伝子の発現量が、骨形態の異なるサブコンジェニック系統に比較してSAMP6で優位に高発現であった。発現の異なる遺伝子が他にみられなかったため、同遺伝子の5'上流領域を5000bpにわたりSAMP2とSAMP6間で比較した。一部の配列は非常にGC richであり同定できない所があったが、4872bp上流にA/GのSNP、4323bp上流にやはりA/GのSNPが同定された。これらの2つのSNPに関して、周囲の配列を転写因子配列予測ツールなどで解析したが、これまでのところ、既知の転写因子の結合配列とは一致していない。今回発現の差がみられた遺伝子の上流にSNPが確認できたことから、このSNPを用いたプロモーター解析が可能であり、骨形態の遺伝的背景に関する今後の研究のための非常に重要なステップであると考えている。
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