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2006 年度 実績報告書

光応答型人工核酸を用いた高感度遺伝子解析システムの開発

研究課題

研究課題/領域番号 18685018
研究機関北陸先端科学技術大学院大学

研究代表者

藤本 健造  北陸先端科学技術大学院大学, マテリアルサイエンス研究科, 助教授 (90293894)

キーワード光応答性核酸 / DNA光連結 / 遺伝子解析
研究概要

'光応答型人工核酸を用いた高感度遺伝子解析システムの開発に向けて光応答型人工素子の開発を本年度は重点的に行なった。光応答性核酸5-ビニルデオキシウリジン誘導体を5'末端に含むオリゴヌクレオチドは鋳型鎖存在下366nmの光照射で連結相手となる配列の3'末端にあるピリミジン塩基との[2+2]光環化による連結が可能であり、加えて312nmの光照射で開裂するという機能を有している。更に、酵素を用いる場合に要求される至適なpH、塩濃度、温度のような規約条件が存在せず穏やかな条件下で反応が進行するという利点を有する。光応答性核酸誘導体の一つである5-カルボキシビニル-2'-デオキシウリジン(^<CV>U)はDNAやRNAの配列に対して特異的かつ高収率での光連結が可能であるが、二本鎖構造を形成する際は相補鎖例の塩基にアデニンを必要とする制約があった。そこで光連結法を多様な配列に適用する為に5-ビニル-2'-デオキシシチジン(^VC)が開発された。しかしながら、^<CV>Uと比較して90%以上の連結効率を得るには5-6倍の光照射時間(3時間)を要し、更にシトシンとの連結は不可能であった。今回、私は新規光応答性核酸5-カルボキシビニル-2'-デオキシシチジン(^<CV>U)の合成を行い20分間の光照射で連結体オリゴデオキシヌクレオチド(ODN)を97%の収率で得ることに成功し、またシトシンとの連結も可能にした。更に、ミスマッチを含む鋳型鎖を用いて^<CV>Uを含むオリゴデオキシリボヌクレオチド(ODN)が配列特異的な光連結能を有することを明らかにした。またRNAに対して同様の操作が可能であることも見出した。DNAチップ上でRNAを固定化できる事自体画期的な結果であると考えている。

  • 研究成果

    (5件)

すべて 2006

すべて 雑誌論文 (5件)

  • [雑誌論文] Highly selective and sensitive template-directed photoligation of DNA via 5-carbamoylvinyl-2-deoxyuridine2006

    • 著者名/発表者名
      Yoshinaga Yoshimura, Daisuke Okamura, Masayuki Ogino, Kenzo Fujimoto
    • 雑誌名

      Organic Letters 8・22

      ページ: 5049-5054

  • [雑誌論文] SNP Genotyping using Photochemical Ligation2006

    • 著者名/発表者名
      Shinzi Ogasawara, Kenzo Fujimoto
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie Int. Ed. 45

      ページ: 4512-4515

  • [雑誌論文] Fluorescence labeling of DNA based on photochemical ligation2006

    • 著者名/発表者名
      Takehiro Ami, Kenzo Fuiimoto
    • 雑誌名

      Science Technology of Advanced Materials 7

      ページ: 249-253

  • [雑誌論文] High selectivity detection of point mutation by DNA photochemical cross-linking2006

    • 著者名/発表者名
      Shinzi Ogasawara, Kenzo Fujimoto
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Symp. Series 50

      ページ: 173-174

  • [雑誌論文] Site-specific Transition of Cytosine to Uracil via Reversible DNA Photoligation2006

    • 著者名/発表者名
      Kenzo Fujimoto, Shigeo Matsuda, Yoshinaga Yoshimura, Takashi Matsumura, Masayuki Hayashi, Isao Saito
    • 雑誌名

      Chemical Communications 30

      ページ: 3223-3226

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公開日: 2008-05-08   更新日: 2016-04-21  

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