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2007 年度 実績報告書

蛋白質表面における膜相互作用部位の決定方法とその応用

研究課題

研究課題/領域番号 18689002
研究機関富山大学

研究代表者

水口 峰之  富山大学, 大学院・医学薬学研究部, 准教授 (30332662)

キーワードタンパク質 / 膜 / 相互作用 / NMR / 光CIDNP / MAP-LC3 / GABARAP
研究概要

本研究では、蛋白質と膜との間の弱い相互作用を検出する新しい手法を開発し、その手法を用いて細胞内の物質輸送蛋白質に応用し小胞輸送を分子レベルで解明する。
オートファゴソームに結合するMAP-LC3とdodecylphosphocholine(DPC)ミセルの相互作用を光CIDNP法を用いて研究した。MAP-LC3とDPCが共存する系で脂溶性色素を用いて光CIDNP実験を行うと、His86のε1プロトン、His86のδ2プロトン、およびTyr38のε1,2プロトンの位置で光CIDNP効果が認められた。その他には、His57のε1のシグナルについても弱い光CIDNP信号が観測された。それに対して、DPCが存在しない系では、His57,His86,Tyr38の信号に加えて、His27のε1とHis57のδ2に由来する光CIDNPシグナルも観測された。これらの結果から、MAP-LC3はHis86とTyr38の近傍でDPCミセルに結合していると予想された。また、NMRによる立体構造解析の結果、これらの二つの残基は立体構造上隣接していることもわかった。さらに、DPC結合状態でのMAP-LCについてもNMRによる立体構造解析を行い、90%以上のNMRシグナルを帰属することができた。
前年度に引き続き、MAP-LC3のホモログであるGABARAP蛋白質についてNMRシグナルの帰属を行い、従来の方法を用いて立体構造計算を行った。さらに、GABARAPとDPCの相互作用をHSQCによって追跡し、GABARAPのDPC結合表面を予測した。また、MAP-LC3と同様にGABARAPについても光CIDNP実験を行ったところ、N末端領域に位置するTyr残基の光CIDNPシグナルがMAP-LC3と異なっていた。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2007

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (2件)

  • [雑誌論文] Structure of a novel insect peptide explains its Ca^<2+> channel blocking and antifungal activities.2007

    • 著者名/発表者名
      Kouno, T., et. al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 46

      ページ: 13733-13741

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The solution structure of horseshoe crab antimicrobial peptide tachystatin B with an inhibitory systine-knot motif.2007

    • 著者名/発表者名
      Fujitani, N., et. al.
    • 雑誌名

      Journal of Peptide Science 13

      ページ: 269-279

    • 査読あり
  • [学会発表] タキプレシンIのDPCおよびLPSとの相互作用解析2007

    • 著者名/発表者名
      杉田圭太郎, 神谷昌克, 大久保知行, 上島達郎, 島本怜史, 多々見文恵, 相沢智康, 水口峰之, 川端俊一郎, 出村誠, 河野敬一.
    • 学会等名
      第46回NMR討論会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(札幌市)
    • 年月日
      2007-09-13
  • [学会発表] Polyglutamine tract-binding protein-1由来天然変性領域の標的分子認識機構2007

    • 著者名/発表者名
      高橋真樹, 水口峰之, 河野隆英, 岡澤均, 森佳洋, 篠田裕之, 河野敬一.
    • 学会等名
      第7回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      仙台国際センター(仙台市)
    • 年月日
      2007-05-24

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公開日: 2010-02-04   更新日: 2016-04-21  

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