• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2007 年度 実績報告書

状態空間モデルに基づく高次元時系列データ解析の理論と方法論の研究

研究課題

研究課題/領域番号 18700268
研究機関統計数理研究所

研究代表者

吉田 亮  統計数理研究所, モデリング研究系, 助教 (70401263)

キーワードバイオインフォマティクス / 時系列解析 / 状態空間モデル / 遺伝子発見解析 / 生体内パスウェイ
研究概要

近年様々な研究分野や社会領域で膨大な時系列データが集積されている中,データ測定技術の革新や情報技術の高度化に伴い,データベクトルめ高次元化が著しく進行している.その一方で,研究体制の未整備や社会的費用に関する諸問題が原因で,データベクトルの次元(p)に比べて,集積可能なサンプル数(n)が極端に少ない時系列データが顕在化している.例えば,DNAマイクロアレイデータでは,データベクトルの次元は解析対象遺伝子の個数,サンプル数はマイクロアレイ実験の回数によって決まる.通常の解析では,対象遺伝子数は数千から数万のオーダーであるのに対して,マイクロアレイ作成に要する費用的制約,あるいはサンプル収集に関する医療体制上の限界から,使用可能なマイクロアレイ数は高々数十程度である.このようなデータの次元とサンプル数の極端な不均衡は統計科学において「n<<p問題」と呼ばれ,従来の統計理論の多くがその有効性を失うことから,現時点で確立された統計解析技術は未整備のままである.本課題では,時系列データの「n<<p問題」に焦点を絞り研究を実施した.特に,「状態空間モデルに基づく正則化自己回帰モデリングの方法と理論の構築」を行い,遺伝子発現プロファイルの時系列データ(DNAマイクロアレイデータ)を利用して転写モジュールの相互作用ネットワークを同定するためのデータ解析技術の開発を実施した.開発手法に関してはソフトウェア化を実施し,無償配布を行っている(http://daweb.ism.ac.jp/~yoshidar/software/ssm/

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Statistical inference of transcriptional module-based gene net works from time course gene expression profiles by using state space models2008

    • 著者名/発表者名
      O. Hirose and R. Yoshida, et. al.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 24

      ページ: 932-942

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Clustering with time course gene expression profiles and the mixture of state space models2007

    • 著者名/発表者名
      O. Hirose and R. Yoshida, et. al.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 18

      ページ: 258-266

    • 査読あり
  • [学会発表] Clustering with time course gene expression profiles and the mixture of state space models2007

    • 著者名/発表者名
      O. Hirose
    • 学会等名
      The Seventh Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB2007)
    • 発表場所
      東京大学 医科学研究所
    • 年月日
      20070700
  • [備考]

    • URL

      http://daweb.ism.ac.jp/~yoshidar/

URL: 

公開日: 2010-02-04   更新日: 2016-04-21  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi