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2007 年度 実績報告書

ケミカルゲノミクスのためのパスウェイ解析法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 18790088
研究機関京都大学

研究代表者

奥野 恭史  京都大学, 薬学研究科, 教授 (20283666)

キーワードケミカルゲノミクス / バイオインフォマティクス / パスウェイ / ケモインフォマティクス / ゲノム
研究概要

ポストゲノム時代と呼ばれる今日、ゲノムとタンパク質を中心とした莫大な生物学データが報告されるようになり、これら網羅的データを扱うバイオインフォマティクスが注目されている。しかしながら、今日私たちが目にする網羅的生物学研究はとかく遺伝子・タンパク質を中心に考えられがちであり、生体関連化学物質を網羅的に扱ったバイオインフォマティクス研究は未だ皆無に等しい。実際、エネルギー産生、代謝、生体系構成成分の合成・分解、生体反応系の調節・制御といった様々な生命活動には化学物質が重要な役割を果たしており、化学物質とゲノム・プロテオームとの関わり(ネットワーク)に焦点をしぼった研究の推進が、これからのポストゲノム時代のバイオインフォマティクスの一翼を担い、生命科学のさらなる発展と創薬・医療への深い貢献につながるものと予想される。そこで本研究では、ケミカルゲノミクスで集積される膨大な化合物とタンパク質との相互作用関係を情報科学的アプローチ(機械学習やパターン認識)により解析することにより、分子間相互作用ルールの包括的抽出とそれに基づく新たな分子設計手法の開発を目指してきた。具体的には、我々の独自開発手法である化合物探索計算法(相互作用マシンラーニング法)をKinaseファミリーに適用しその性能評価を行った。その結果、従来手法であるドッキング計算法や類似化合物探索手法とは比べ物にならないほどの驚異的な予測性能を示すことが証明された。

  • 研究成果

    (34件)

すべて 2009 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 11件) 学会発表 (18件) 図書 (3件) 備考 (1件) 産業財産権 (1件) (うち外国 1件)

  • [雑誌論文] Substructure mining of GPCR ligands reveals activity-class specific functional groups in an unbiased manner2009

    • 著者名/発表者名
      van der Horst, E., Okuno, Y., Bender, A., Ijzerman, A. P.
    • 雑誌名

      J. Chem. Inf. Model. 49

      ページ: 348-360

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characterization of gene expression profiles for different types of mast cells pooled from mouse stomach subregions by an RNA amplification method2009

    • 著者名/発表者名
      Tsuchiya, S., Tachida, Y., Segi-Nishida, E., Okuno, Y., Tamba, S., Tsujimoto, G., Tanaka, S., Sugimoto, Y.
    • 雑誌名

      BMC Genomics 10

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Global correlation analysis for micro-RNA and mRNA expression profiles in human cell lines2008

    • 著者名/発表者名
      Ruike, Y., Ichimura, A., Tsuchiya, S., Shimizu, K., Kunimoto, R., Okuno, Y., Tsujimoto, G.
    • 雑誌名

      J. Hum. Genet. 53

      ページ: 515-523

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Secreted CXCL1 is a potential mediator and marker of the tumor invasion of bladder cancer2008

    • 著者名/発表者名
      Kawanishi, H., Matsui, Y., Ito, M., Watanabe, J., Takahashi, T., Nishizawa, K., Nishiyama, H., Kamoto, T., Mikami, Y., Tanaka, Y., Jung, G., Akiyama, H., Nobumasa, H., Guilford, P., Reeve, A., Okuno, Y., Tsujimoto, G., Nakamura, E., Ogawa, O.
    • 雑誌名

      Clin. Cancer Res. 14

      ページ: 2579-2587

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Establishment of the culture model system that reflects the process of terminal differentiation of connective tissue-type mast cells2008

    • 著者名/発表者名
      Takano, H., Nakazawa, S., Okuno, Y., Shirata, N., Tsuchiya, S., Kainoh, T., Takamatsu, S., Furuta, K., Taketomi, Y., Naito, Y., Takematsu, H., Kozutsumi, Y., Tsujimoto, G., Murakami, M., Kudo, I., Ichikawa, A., Nakayama, K., Sugimoto, Y., Tanaka, S.
    • 雑誌名

      FEBS Lett. 582

      ページ: 1444-1450

    • 査読あり
  • [雑誌論文] GLIDA : GPCR-ligand database for chemical genomics drug discovery - Database and tools update2008

    • 著者名/発表者名
      Okuno, Y., Tamon, A., Yabuuchi, H., Niijima, S., Minowa, Y., Tonomura, K., Kunimto, R., Feng, C.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 36

      ページ: 907-912

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Compound-transporter interaction studies using canonical correlation analysis2007

    • 著者名/発表者名
      Kitajima, M., Minowa, Y., Matsuda, H., Okuno, Y.
    • 雑誌名

      Chem-Bio Inform. J. 7

      ページ: 24-34

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Correlation index-based responsible-enzyme gene screening (CIRES), a novel DNA microarray-based method for glycan biosynthesis enzyme gene2007

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto, H., Takematsu, H., Fujinawa, R., Naito, Y., Okuno, Y., Tsujimoto, G., Suzuki, A., Kozutsumi, Y.
    • 雑誌名

      PLoS ONE 2

      ページ: e1232

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Abnormal features in mutant cerebellar Purkinje cells lacking junctophilins2007

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, A., Miyazaki, T., Kakizawa, S., Okuno, Y., Tsuchiya, S., Myomoto, A., Saito, SY., Yamamoto, T., Yamazaki, T., Iino, M., Tsujimoto, G., Watanabe, M., Takeshima, H.
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun. 363

      ページ: 835-839

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Augmentation of drug-induced cell death by ER protein BRI3BP2007

    • 著者名/発表者名
      Yamazaki, T., Sasaki, N., Nishi, M., Yamazaki, D., Ikeda, A., Okuno, Y., Komazaki, S., Takeshima, H.
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun. 362

      ページ: 971-975

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Germinal center marker GL7 probes activation-dependent repression of N-glycolylneuraminic acid, a sialic acid species involved in the negative modulation of B cell activation2007

    • 著者名/発表者名
      Naito, Y., Takematsu, H., Koyama, S., Miyake, S., Yamamoto, H., Fujinawa, R., Sugai, M., Okuno, Y., Tsujimoto, G., Yamaji, T., Hashimoto, Y., Itohara, S., Kawasaki, T., Suzuki, A., Kozutsumi, Y.
    • 雑誌名

      Mol. Cell Biol 27

      ページ: 3008-3022

    • 査読あり
  • [学会発表] 数理的手法に基づく化合物-タンパク質間相互作用様式に関わる知識発見2009

    • 著者名/発表者名
      新島聡,藪内弘昭,藤井信孝,奥野恭史
    • 学会等名
      日本薬学会第129年会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2009-03-27
  • [学会発表] ケミカルゲノミクス情報を用いた標的タンパク質の予測法の開発2009

    • 著者名/発表者名
      藤田淳人,藪内弘昭,小川哲平,荒木通啓,大石真也,藤井信孝,中山和久,奥野恭史
    • 学会等名
      日本薬学会第129年会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2009-03-27
  • [学会発表] 統合型薬学情報ナビゲーションシステムの開発2009

    • 著者名/発表者名
      多門啓子,牧口大旭,荒木通啓,薮内弘昭,奥野恭史,金子周司
    • 学会等名
      日本薬学会第129年会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2009-03-27
  • [学会発表] 遺伝子発現プロファイルに基づいたマイクロアレイデータ検索システム(GEMTREND)2009

    • 著者名/発表者名
      馮春来,荒木通啓,国本亮,多門啓子,牧口大旭,新島聡,辻本豪三,奥野恭史
    • 学会等名
      日本薬学会第129年会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2009-03-27
  • [学会発表] 医薬品-疾病作用情報データベース2009

    • 著者名/発表者名
      荒木通啓,馮春来,多門啓子,薮内弘昭,奥野恭史
    • 学会等名
      日本薬学会第129年会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2009-03-27
  • [学会発表] 新規in silicoヌクリーニング手法CGBVSのためのGPCRカーネルの改良2009

    • 著者名/発表者名
      藪内弘昭,新島聡,奥野恭史
    • 学会等名
      日本薬学会第129年会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2009-03-26
  • [学会発表] Network analysis approach for elucidating the mechanism of drug toxicity using time- and dose-dependent microarray data2008

    • 著者名/発表者名
      Tonomura, K., Niijima, S., Tsujimoto, G., Fujii, N., Okuno, Y.
    • 学会等名
      2008 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008)
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2008-12-15
  • [学会発表] Evaluation of a chemical genomics-based virtual screening2008

    • 著者名/発表者名
      Yabuuchi, H., Niijima, S., Okuno, Y.
    • 学会等名
      CBI2008年大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-10-22
  • [学会発表] GLIDA:ケミカルゲノミクスに基づくドラッグ探索のためのGPCR-リガンド相互作用解析データベース2008

    • 著者名/発表者名
      多門啓子,藪内弘昭,新島聡,箕輪洋介,外村孝一郎,国本亮,馮 春来,奥野恭史
    • 学会等名
      日本薬学会第128年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2008-03-26
  • [学会発表] 化合物-タンパク質相互作用情報に基づく新規in silico化合物探索手法の開発2008

    • 著者名/発表者名
      小川哲平,北島正人,箕輪洋介,松田秀雄,藤井信孝,奥野恭史
    • 学会等名
      日本薬学会第128年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2008-03-26
  • [学会発表] GEM-TREND : a web tool for gene expression data mapping toward relevant network discovery2008

    • 著者名/発表者名
      馮 春来,多門啓子,牧口大旭,新島 聡,国本 亮,小川哲平,外村孝一郎,奥野恭史
    • 学会等名
      第5回バイオメディカル研究会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2008-02-13
  • [学会発表] Comprehensive analysis of time-course and dose-response toxicogenomics data2008

    • 著者名/発表者名
      新島聡,奥野恭史,藤井信孝
    • 学会等名
      第5回バイオメディカル研究会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2008-02-13
  • [学会発表] CCA空間モデルを用いた化合物-CYP相互作用予測モデルの構築2008

    • 著者名/発表者名
      小川哲平,箕輪洋介,足達哲也,馮 春来,新島聡,大石真也,藤井信孝,奥野恭史
    • 学会等名
      第5回バイオメディカル研究会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2008-02-13
  • [学会発表] GLIDA:ケミカルゲノミクスに基づく化合物探索を目的としたGPCR-リガンド相互作用解析データベース2008

    • 著者名/発表者名
      多門啓子,藪内弘昭,新島 聡,箕輪洋介,外村孝一郎,国本 亮,馮 春来,奥野恭史
    • 学会等名
      第5回バイオメディカル研究会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2008-02-13
  • [学会発表] Laplacian linear discriminant analysis approach to unsupervised feature selection2008

    • 著者名/発表者名
      Niijima, S. and Okuno, Y.
    • 学会等名
      6th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2008)
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2008-01-14
  • [学会発表] Matrix factorization approach to identify and interpret time- and dose-d ependent gene expression patterns2007

    • 著者名/発表者名
      Niijima, S., Okuno, Y., Fujii, N.
    • 学会等名
      2007 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2007)
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-12-17
  • [学会発表] Prediction of drug - Cytochrome P450 interaction using chemical-biological correlation space model2007

    • 著者名/発表者名
      Ogawa, T., Minowa, Y., Adachi, T., Feng, C., Niijima, S., Oishi, S., Eujii, N., Okuno, Y.
    • 学会等名
      CBI2007年大会
    • 発表場所
      広島
    • 年月日
      2007-10-03
  • [学会発表] ケミカルゲノミクス情報を利用したGPCRのin silicoリガンド探索手法の開発2007

    • 著者名/発表者名
      奥野恭史
    • 学会等名
      日本ケミカルバイオロジー研究会第2回年会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2007-05-10
  • [図書] Biogenesis and Function Mechanisms of Micro-RNAs and Their Role as Oncogenes and Tumor Suppressors, In Systems Biology - The Challenge of Complexity -2009

    • 著者名/発表者名
      Tsuchiya, S., Terasawa, K., Kunimoto, R., Okuno, Y., Sato, F., Shimizu, K. and Tsujimoto, G.
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      Springer Japan
  • [図書] MicroRNAs and Discovery of New Targets, In Genomics and Pharmacogenomics in Anticancer Drug Development and Clinical Response2008

    • 著者名/発表者名
      Tsuchiya, S., Okuno, Y. and Tsujimoto, G.
    • 総ページ数
      10
    • 出版者
      Humana Press
  • [図書] インシリコ創薬科学-ゲノム情報から創薬へ-2008

    • 著者名/発表者名
      (共著)奥野恭史, 他
    • 総ページ数
      43
    • 出版者
      京都廣川書店
  • [備考]

    • URL

      http://pharminfo.pharm.kyoto-u.ac.jp/index.html

  • [産業財産権] ESTIMATION OF PROTEIN-COMPOUND IN TERACTION AND RATIONAL DESIGN OF COMPOUND LIBRARY BASED ON CHEMICAL GENOMIC INFORMATION2008

    • 発明者名
      奥野恭史,種石 慶,辻本豪三
    • 権利者名
      国立大学法人京都大学
    • 産業財産権番号
      国際出願番号:PCT/JP2007/060736 公開番号WO2007/139037 A1 米国特許出願番号:12/274,744
    • 出願年月日
      2008-11-20
    • 外国

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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