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2008 年度 実績報告書

還元系金属酵素の有機金属・クラスター化学

研究課題

研究課題/領域番号 18GS0207
研究機関名古屋大学

研究代表者

巽 和行  名古屋大学, 物質科学国際研究センター, 教授 (10155096)

研究分担者 川口 博之  東京工業大学, 大学院・理工学研究科, 教授 (20262850)
吉澤 一成  九州大学, 先導物質化学研究所, 教授 (30273486)
キーワード金属硫黄クラスター / ヒドロゲナーゼ / ニトロゲナーゼ / 還元系金属酵素 / 小分子活性化 / アセチルCoA合成酵素 / COデヒドロゲナーゼ / 有機金属化学
研究概要

本研究の成果のうち、代表してアセチルCoA合成酵素(ACS)活性部位モデルの合成とモデルによる酵素反応の解析について以下に概要を述べる。
ACSは炭素固定サイクルの一端を担い、COデヒドロゲナーゼで生成したCOとコバラミン由来のメチル基を基質として、チオールであるCoAのアセチル化を触媒する。ACSの活性中心は[Fe_4S_4]クラスターとニッケル二核錯体からなり、CoAからアセチルCoAへの変換反応はニッケル二核錯体によって触媒されると考えられている。本研究では錯体化学の観点から、ACSの活性サイトに存在するニッケル二核部位に着目し、その構造を再現する錯体を合成して反応性を詳細に検討することによって、ACSの酵素機構に新たな示唆を与える重要な成果を得た。
ACS活性中心のニッケル二核部位にあるCys-Gly-Cys配列を模倣する[N_2S_2]配位子と適切なニッケル前駆体から合成したカチオン性Ni(II)-Ni(II)二核錯体は、メチル基およびチオラートと反応し、メチル/チオラート二核錯体を与えた。この錯体に室温でCOを作用させたところ、Ni-CH_3結合にCOが挿入してアセチル/チオラート二核錯体となり、さらにアセチル基とチオラート配位子が還元的に脱離してチオエステルとNi(II)-Ni(O)二核錯体が生成した。このNi(II)-Ni(O)錯体は、メチルコバラミンに類似したCo(III)メチル錯体およびチオラートと順次反応してメチル/チオラート二核錯体を再生した。この反応系は、アセチルCoA合成酵素の反応サイクルを再現している。つまり、ACSの酵素反応がNi(II)〓Ni(O)のサイクルを利用した有機金属反応として理解できることを、実験化学的に初めて証明するものである。これは、還元系金属酵素の機能と有機金属化学の接点を明らかにした重要な成果である。

  • 研究成果

    (60件)

すべて 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (28件) (うち査読あり 28件) 学会発表 (31件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Structural Models for the Active Site of Acetyl-CoA Synthase: Synthesis of Dinuclear Nickel Complexes Having Thiolate, Isocyanide, and Thiourea on the Ni_p Site2009

    • 著者名/発表者名
      M. Ito, M. Kotera, Y. Song, T. Matsumoto, K. Tatsumi
    • 雑誌名

      Inorg. Chem. 48

      ページ: 1250-1256

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Synthesis and Reactions of Mono- and Dinuclear Ni(I) Thiolate Complexes2009

    • 著者名/発表者名
      M. Ito, T. Matsumoto, K. Tatsumi
    • 雑誌名

      Inorg. Chem. 48

      ページ: 2215-2223

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cationic and Anionic Dinuclear Nickel Complexes [Ni(N_2S_2)Ni(dtc)]^n (n- -1, +1) Modeling the Active Site of Acetyl-CoA Synthase2009

    • 著者名/発表者名
      Y. Song, M. Ito, M. Kotera, T. Matsumoto, K. Tatsumi
    • 雑誌名

      Chem. Lett. 38

      ページ: 184-185

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Dithiolate-Bridged (CN)_2(CO)Fe-Ni Complex Reproducing the IR Spectrum of [NiFe] Hy drogenase2009

    • 著者名/発表者名
      S. Tanino, Z. Li, Y. Ohki, K. Tatsumi
    • 雑誌名

      Inorg. Chem. 48

      ページ: 2358-2360

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reductive Coupling of Six Carbon Monoxides by a Ditantalum Hydride Complex2009

    • 著者名/発表者名
      T. Watanabe, Y. Ishida, T. Matsuo, H. Kawaguchi
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc. 131

      ページ: 3474-3475

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Strategic Roles of Axial Histidines in Structure Formation and Redox Regulation of Tetraheme Cytochrome c_32009

    • 著者名/発表者名
      Y. Takayama, N. D. Werbeck, H. Komori, K. Morita, K. Ozawa, Y. Higuchi, H. Akutsu
    • 雑誌名

      Biochemistry 47

      ページ: 9405-9415

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comparison of the Reactivity of Bis(μ-oxo)Cu^<II> Cun^<III> and Cu^<III> Cu^<III> Species to Methane2009

    • 著者名/発表者名
      Y. Shiota, K. Yoshizawa
    • 雑誌名

      Inorg. Chem. 48

      ページ: 838-845

    • 査読あり
  • [雑誌論文] DFT Study on Chemical N_2 Fixation by Using a Cubane-Type RuIr_3S_4 Cluster: Energy Profile for Binding and Reduction of N_2 to Ammonia via Ru-N-NH_x (x=1-3) Intermediates with Unique Structures2008

    • 著者名/発表者名
      H. Tanaka, H. Mori, H. Seino, M. Hidai, Y. Mizobe, K. Yoshizawa
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc. 130

      ページ: 9037-9047

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molybdenum Trisulfido-Chlorido Anion [MoClS_3]: A Versatile Precursor for Thiomolybdate Derivatives2008

    • 著者名/発表者名
      J. Ito, Y. Ohki, M. Iwata, K. Tatsumi
    • 雑誌名

      Inorg. Chem. 47

      ページ: 3763-3771

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Thiolate-bridged dinuclear iron(tris-carbonyl)-nickel complexes relevant to the active site of [NiFe] hydroeenase2008

    • 著者名/発表者名
      Y. Ohki, K. Yasumura, K. Kuge, S. Tanino, M. Ando, Z. Li, K. Tatsumi
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 105

      ページ: 7652-7657

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reactions at the Ru-S Bonds of Coordinatively Unsaturated Ruthenium Complexes Having Tethered 2, 6-Dimesitylphenyl Thiolate2008

    • 著者名/発表者名
      Y. Ohki, Y. Takikawa, H. Sadohara, C. Kesenheimer, B. Engendahl, E. Kapatsina, K. Tatsumi
    • 雑誌名

      Chem. Asian J. 3

      ページ: 1625-1635

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Heterolytic Cleavage of Dihydrogen by Frustrated Lewis Pairs Derived from α-(Dimesitylph ospino)ferrocenes and B(C_6F_5)_32008

    • 著者名/発表者名
      D. P. Huber, G. Kehr, K. Bergander, R. Frolich, G. Erker, S. Tanino, Y. Ohki, K. Tatsumi
    • 雑誌名

      Organometallics 27

      ページ: 5279-5284

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reversible Heterolysis of H_2 Mediated by an M-S(thiolate) Bond (M=Rh, Ir): A Mechanistic Implication for [NiFe] Hydroeenase2008

    • 著者名/発表者名
      Y. Ohki, M. Sakamoto, K. Tatsumi
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc. 130

      ページ: 11610-11611

    • 査読あり
  • [雑誌論文] C-H Bond Activation of Heteroarenes Mediated by a Half-Sandwich Iron Complex of N-He terocyclic Carbene2008

    • 著者名/発表者名
      Y. Ohki, T. Hatanaka, K. Tatsumi
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc. 130

      ページ: 17174-17186

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Modulation of Third-Order Nonlinear Optical Properties by Backbone Modification of Poly meric Pillared-Layer Heterometallic Clusters2008

    • 著者名/発表者名
      C. Zhang, Y. Cao, J. Zhang, S. Meng, T. Matsumoto, Y. Song, J. Ma, Z. Chen, K. Tatsumi, M. G. Humphrey
    • 雑誌名

      Adv. Mater. 20

      ページ: 1970-1875

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Metalation of Expanded Porphyrins: A Chemical Trigger Used To Produce Molecular Twisting and Mobius Aromaticity2008

    • 著者名/発表者名
      Y. Tanaka, S. Saito, S. Mori, N. Aratani, H. Shinokubo, N. Shibata, Y. Higuchi, Z. S. Yoon, K. S. Kim, S. B. Noh, J. K. Park, D. Kim, A. Osuka
    • 雑誌名

      Angew. Chem. Int. Ed. 47

      ページ: 681-684

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hydrogen Bonds of DsrD Protein Revealed by Neutron Crystallography2008

    • 著者名/発表者名
      T. Chatake, Y. Higuchi, N. Mizuno, I. Tanaka, N. Niimura, Y. Morimoto
    • 雑誌名

      J. Synchrotron Rad. 15

      ページ: 277-280

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of a Class II Release Factor RF3 from a Sulfate-reducing Bacterium2008

    • 著者名/発表者名
      K. Kihira, S. Numata, M. Kitamura, J. Kondo, S. Terawaki, Y. Shomura, H. Komori, N. Shibata, Y. Higuchi
    • 雑誌名

      Acta crystallogr. F64

      ページ: 622-624

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and Preliminary X-ray Crystallographic Study of Flavoredoxin from Desulfovi brio vulgaris Miyazaki F2008

    • 著者名/発表者名
      Y. Ueda, N. Shibata, D. Takeuchi, M. Kitamura, Y. Higuchi
    • 雑誌名

      Acta crystallogr. F64

      ページ: 851-853

    • 査読あり
  • [雑誌論文] pH-Dependent Isotope Exchange and Hydrogenation Catalysed by Water-soluble NiRu Complexes as Functional Models for [NiFe] hydrogenases2008

    • 著者名/発表者名
      B. Kure, T. Matsumoto, K. Ichikawa, S. Fukuzumi, Y. Higuchi, T. Yasi, S. Ogo
    • 雑誌名

      Dalton Trans.

      ページ: 4747-4755

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Orbital Views of the Electron Transport in Molecular Devices2008

    • 著者名/発表者名
      K. Yoshizawa, T. Tada, A. Staykov
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc. 130

      ページ: 9406-9413

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical Analysis of the Reaction Mechanism of Biotin Carboxylase2008

    • 著者名/発表者名
      Y. Ito, H. Kondo, Y. Shiota, K. Yoshizawa
    • 雑誌名

      J. Chem. Theor. Comput. 4

      ページ: 366-374

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rutenium-Catalyzed Selective and Efficient Oxygenation of Hydrocarbons with Water as an Oxygen Source2008

    • 著者名/発表者名
      Y. Hirata, T. Kojima, Y. Mizutani, Y. Shiota, K. Yoshizawa, S. Fukuzumi
    • 雑誌名

      Angew. Chem. Int. Ed 47

      ページ: 5772-5776

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mechanism and Kinetics of Cyanide Destruction by Ferrate2008

    • 著者名/発表者名
      T. Kamachi, T. Nakayama, K. Yoshizawa
    • 雑誌名

      Bull. Chem. Soc. Jpn. 81

      ページ: 1212-1218

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical Study of Long-Ranged Electron Transport in Molecular Junctions2008

    • 著者名/発表者名
      D. Nozaki, Y. Girard, K. Yoshizawa
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. C. 112

      ページ: 17408-17415

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Combined Experimental and Theoretical Approach to Understand the Reactivity of a Monon uclear Cu(II)-Hydroperoxo Complex in Oxgenation Reactions2008

    • 著者名/発表者名
      T. Kamachi, Y. -M. Lee, T. Nishimi, J. Cho, K. Yoshizawa, W. Nam
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. A. 112

      ページ: 13102-13108

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quantum Chemical Approach to the Mechanism for the Biological Conversion of Tyrosine to Dopaquinone2008

    • 著者名/発表者名
      T. Inoue, Y. Shiota, K. Yoshizawa
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc. 130

      ページ: 16890-16897

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical Study of the Direct Synthesis of H_2O_2 on Pd and Pd/Au Surfaces2008

    • 著者名/発表者名
      A. Staykov, T. Kamachi, T. Ishihara, K. Yoshizawa
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. C. 112

      ページ: 19501-19505

    • 査読あり
  • [学会発表] ニトロゲナーゼおよびヒドロゲナーゼ活性部位の人工構築2009

    • 著者名/発表者名
      大木靖弘
    • 学会等名
      日本化学会第89春季年会
    • 発表場所
      船橋
    • 年月日
      20090327-20090330
  • [学会発表] カルコゲン架橋複核錯体を利用した小分子活性化2009

    • 著者名/発表者名
      松本剛
    • 学会等名
      日本化学会第89春季年会
    • 発表場所
      船橋
    • 年月日
      20090327-20090330
  • [学会発表] 鉄錯体による芳香族C-H結合活性化反応の開発2009

    • 著者名/発表者名
      大木靖弘
    • 学会等名
      第5回有機元素化学セミナー
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      20090219-20090220
  • [学会発表] 量子輸送現象における軌道理論2009

    • 著者名/発表者名
      吉澤一成
    • 学会等名
      大学間連携事業シンポジウム
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      20090123-20090124
  • [学会発表] Synthesis of Iron-Sulfur Clusters Relevant to the Active Sites of Nitrogenase2009

    • 著者名/発表者名
      K. Tatsumi, Y. Ohki
    • 学会等名
      International Symposium on Chemistry of Reductases II
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      20090115-20090116
  • [学会発表] Activation of Small Molecules by Niobium and Tantalum Complexes Bearing Phenoxide Ligands2009

    • 著者名/発表者名
      H. Kawaguchi
    • 学会等名
      International Symposium on Chemistry of Reductases II
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      20090115-20090116
  • [学会発表] ニトロゲナーゼの活性中心を模倣する鉄-硫黄クラスターの合成2009

    • 著者名/発表者名
      大木靖弘
    • 学会等名
      特定領域研究「元素相乗系の化合物の化学」第4回シンポジウム
    • 発表場所
      広島
    • 年月日
      20090109-20090110
  • [学会発表] Activation of H_2 by S-donor/O-donor-bridged Heterodunuclear Complexes relevant to the Function of [NiFe] Hydrogenase2009

    • 著者名/発表者名
      K. Tatsumi, T. Matsumoto, Y. Ohki
    • 学会等名
      International Conference on Hydrogen and Hydrogen Storage: Methods and Materials
    • 発表場所
      Bangalore (India)
    • 年月日
      20090103-20090106
  • [学会発表] 酵素の進化:構造と活性2009

    • 著者名/発表者名
      樋口芳樹
    • 学会等名
      第34回生命の起源および進化学会学術講演会シンポジウム
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2009-03-18
  • [学会発表] 還元系金属酵素:化学の新たな挑戦2008

    • 著者名/発表者名
      巽和行
    • 学会等名
      特定領域研究「実在系の分子理論」シンポジウム
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      20081216-20081218
  • [学会発表] Quantum Chemical Study on the Biological Conversion of Tyrosine to Dopaquinone2008

    • 著者名/発表者名
      K. Yoshizawa
    • 学会等名
      The IUMRS International Conference in Asia 2008
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      20081209-20081213
  • [学会発表] QM/MM Study of the Catalytic Mechanism of Tyrosinase2008

    • 著者名/発表者名
      K. Yoshizawa
    • 学会等名
      The Fourth Asian Biological Inorganic Chemistry Conference (AsBIC IV)
    • 発表場所
      Jeju (Korea)
    • 年月日
      20081110-20081113
  • [学会発表] S(O)-Bridged Heteridinuclear Complexes Modeling the Active Site Structure and Function of [NiFe] Hydrogenase2008

    • 著者名/発表者名
      K. Tatsumi, T. Matsumoto, Y. Ohki
    • 学会等名
      7^<th> Japan-China Joint Symposium on Metal Cluster Compounds
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      20081021-20081023
  • [学会発表] Chalcogenide-Bridged Ru-Ge Dinuclear Complexes: Protonation Effects upon Structure and Reactions2008

    • 著者名/発表者名
      T. Matsumoto
    • 学会等名
      The 6th joint seminar University of Munster-Nagoya University
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      20081002-20081003
  • [学会発表] 量子輸送現象における軌道理論2008

    • 著者名/発表者名
      吉澤一成
    • 学会等名
      分子科学討論会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      20080914-20080927
  • [学会発表] Computational Mutation Analysis of Coenzyme B_<12>-Dependent Diol Dehy dratase2008

    • 著者名/発表者名
      K. Yoshizawa
    • 学会等名
      The Eighth Triennial Congress of the World Asso ciation of Theoretical and Computational Chemists (WATOC 2008)
    • 発表場所
      Sydney (Australia)
    • 年月日
      20080914-20080919
  • [学会発表] A New Synthetic Route to Iron-Sulfide Clusters Modeling the Active Site of Nitrogenase2008

    • 著者名/発表者名
      K. Tatsumi, Y. Ohki
    • 学会等名
      The 21^<st> Congress of the International Union of Crystallography
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      20080823-20080831
  • [学会発表] Quantum Chemical Approach to Bioinorganic Chemistry: Structure-Reactivity Relationship in Enzymatic Reactions2008

    • 著者名/発表者名
      K. Yoshizawa
    • 学会等名
      The 2nd International Symposium on "Molecular Theory for Real Systems"
    • 発表場所
      岡崎
    • 年月日
      20080804-20080806
  • [学会発表] ニトロゲナーゼ活性中心の人工構築に向けた鉄-硫黄クラスター合成反応の制御2008

    • 著者名/発表者名
      大木靖弘
    • 学会等名
      第21回生物無機化学夏季セミナー
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      20080802-20080804
  • [学会発表] [NiFe]ヒドロゲナーゼ活性中心の人工構築:有機金属錯体と金属酵素の接点に迫る2008

    • 著者名/発表者名
      大木靖弘
    • 学会等名
      第41回有機金属若手の会夏の学校
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      20080707-20080709
  • [学会発表] New Synthetic Routes to Fe-S Clusters2008

    • 著者名/発表者名
      K. Tatsumi
    • 学会等名
      Gordon Research Conference on Iron-Sulfur Enzymes
    • 発表場所
      New London (USA)
    • 年月日
      20080608-20080613
  • [学会発表] Dihydrogen Activation by Dinuclear Ge-Ru Complexes Modeling [NiFe] Hydrogenase2008

    • 著者名/発表者名
      T. Matsumoto
    • 学会等名
      The 2nd International Symposium on Concerto Catalysis
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      20080418-20080419
  • [学会発表] DIXドメインの構造と機能2008

    • 著者名/発表者名
      樋口芳樹
    • 学会等名
      第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会シンポジウム
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2008-12-11
  • [学会発表] 金属元素が操る生体酵素機能:ヒドロゲナーゼの化学2008

    • 著者名/発表者名
      巽和行
    • 学会等名
      元素戦略・ナノクラスター連続研究会
    • 発表場所
      岡崎
    • 年月日
      2008-12-10
  • [学会発表] Wnt/β-cateninシグナル伝達系で働くDIXドメインの構造と機能2008

    • 著者名/発表者名
      樋口芳樹
    • 学会等名
      第62回日本癌学会学術総会シンポジウム
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2008-10-30
  • [学会発表] Thiolate-Bridged Dinuclear Fe-Ni Complexes Relevant to the Active Site of [NiFe] Hydrogenase2008

    • 著者名/発表者名
      Y. Ohki
    • 学会等名
      China-Japan Joint Workshop on Organometallic Chemistry
    • 発表場所
      北京
    • 年月日
      2008-10-09
  • [学会発表] フェノキシド多座配位子を用いた多核錯体反応場の構築と反応2008

    • 著者名/発表者名
      川口博之
    • 学会等名
      第58回錯体化学討論会
    • 発表場所
      金沢
    • 年月日
      2008-09-20
  • [学会発表] 遷移金属ヒドリド錯体による小分子活性化-配位子の効果-2008

    • 著者名/発表者名
      川口博之
    • 学会等名
      分子研研究会「配位子場制御に基づく機能性錯体の創成と応用〜生体から触媒およびデバイスまで〜」
    • 発表場所
      岡崎
    • 年月日
      2008-07-19
  • [学会発表] New Synthetic Routes to Iron-Sulfur Clusters: Challenge to Model the Active Sites of Reductases2008

    • 著者名/発表者名
      K. Tatsumi
    • 学会等名
      分子研研究会「配位子場制御に基づく機能性錯体の創成と応用-生体から触媒およびデバイスまで-」
    • 発表場所
      岡崎
    • 年月日
      2008-07-18
  • [学会発表] 日独共同大学院プログラム-大学院教育国際化の取り組み2008

    • 著者名/発表者名
      巽和行
    • 学会等名
      分子研研究会「教育・研究環境のあるべき姿」
    • 発表場所
      岡崎
    • 年月日
      2008-05-07
  • [学会発表] 量子化学計算による酵素化学反応へのアプローチ2008

    • 著者名/発表者名
      吉澤一成
    • 学会等名
      九州大学情報基盤センターセミナー
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2008-04-25
  • [備考]

    • URL

      http://www.chem.nagoya-u.acjp/~ic/grant/index.html

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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