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2020 年度 実績報告書

生命科学におけるパターン形成の新しいモデルと数学的解析手法の確立

研究課題

研究課題/領域番号 18H01139
研究機関龍谷大学

研究代表者

森田 善久  龍谷大学, 先端理工学部, 教授 (10192783)

研究分担者 宮路 智行  京都大学, 理学研究科, 准教授 (20613342)
村川 秀樹  龍谷大学, 先端理工学部, 准教授 (40432116)
李 聖林  京都大学, 高等研究院, 教授 (50620069)
神保 秀一  北海道大学, 理学研究院, 教授 (80201565)
岩見 真吾  名古屋大学, 理学研究科, 教授 (90518119)
研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2022-03-31
キーワード細胞極性モデル / 反応拡散方程式系 / パターン形成 / フロント波の伝播 / 細胞接着モデル / ウィルス感染モデル / 安定性解析 / 特異極限
研究実績の概要

以下のような成果を上げた.1) 非対称細胞分裂は特徴的なタンパク質が局在化によって起こることが知られており,細胞膜と細胞質との物質のやりとりを記述する通常の反応拡散系によるモデルと,細胞質と細胞膜での物質の拡散をそれぞれ記述したバルク表面拡散モデルが提案されている.代表者の森田と分担者の李は,これらの2つのモデルが数学的に共通の構造を持っていることを明らかにし,極性が発現し安定な局在領域が存在するパラメータの条件を与えた.その議論の過程で新しいタイプの非局所項を持つ方程式系を導出した.2) 森田と分担者の神保は,非有界な星状領域において反応拡散方程式のフロント波の伝播を特徴付ける全域解の研究を行った.ジャンクションの影響で伝播がブロックされる現象がこれまでの研究で知られていたが,ジャンクションから遠く離れると,フロント波の形状に復元することを証明した.この研究は,複雑な領域におけるフロント伝播を研究する成果として位置づけることができ,今後生物現象に関連した問題にも応用できることが期待できる.3) 森田は共同研究者と,旧石器時代の狩猟採取社会の人口分布の変遷を記述する反応拡散系のモデルについて研究し,特異極限でモデル方程式を単純化する近似が数学的に正当化されることを証明した.この手法は他の反応拡散系のモデルの解析にも応用できる成果である.4) 分担者の村川は拡散方程式系の急速反応極限の特異極限問題の研究で新しい定理を証明した.5)分担者の宮路は,モデル方程式の力学系について,数値近似の位相計算によってモース分解を調べる方法を提案した.6)分担者の岩見は,分子生物学者と共同で,細胞のウィルス感染した場合に観測される特異なタンパク質の発現のメカニズムについて数理的な観点から検証する方法を発展させた.この研究は,感染モデルの改良につながる成果として期待できる.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

研究課題の具体的な問題として設定していた細胞極性モデルのパターン形成に関する数学解析が進んだ.反応拡散系の特異極限の問題でも成果が得られている.星状領域における反応拡散方程式のフロント波の伝播の研究も進み,さらに複雑な領域での研究につながる成果が得られている.このように,多数の結果が成果として得られており,順調に研究は進んでいる.

今後の研究の推進方策

複雑な領域における反応拡散モデルのフロントパターンの伝播に関する研究を進め,この方面の解析的な手法を発展させることで,生物モデルのパターンの伝播に関する理解を深める.また,細胞極性モデルにおいてさらに数学解析を発展させる.ウィルス感染の研究では,感染が空間的に伝播する現象に取り組む.効果的な研究打合せと,セミナーや研究会を通して情報交換と議論を進めていく.また,成果の公表にも積極的に取り組む.

  • 研究成果

    (32件)

すべて 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (16件) (うち国際共著 2件、 査読あり 14件、 オープンアクセス 9件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 4件、 招待講演 9件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] University of Graz(オーストリア)

    • 国名
      オーストリア
    • 外国機関名
      University of Graz
  • [国際共同研究] Univ. Paris-Sud(フランス)

    • 国名
      フランス
    • 外国機関名
      Univ. Paris-Sud
  • [雑誌論文] Asymptotic behavior of entire solutions to reaction-diffusion equations in an infinite star graph2021

    • 著者名/発表者名
      S. Jimbo, Y. Morita
    • 雑誌名

      Discrete and Contin. Dyn. Syst.

      巻: 41(9) ページ: 4013-4039

    • DOI

      10.3934/dcds.2020160_

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Long time behavior and stable patterns in high-dimensional polarity models of asymmetric cell division2021

    • 著者名/発表者名
      Y. Morita, S. Seirin-Lee
    • 雑誌名

      J. Math. Biol.

      巻: 82,66 ページ: -

    • DOI

      10.1007/s00285-021-01619-w

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Singular limit for a reaction-diffusion-ODE system in a neolithic transition model2021

    • 著者名/発表者名
      J. Elias, D. Hilhorst, M. Mimura, Y. Morita
    • 雑誌名

      J. Differential Equations

      巻: 295 ページ: 39-69

    • DOI

      10.1016/j.jde.2021.05.044

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The role of cytoplasmic MEX-5/6 polarity in asymmetric cell division2021

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin-Lee
    • 雑誌名

      Bull. Math. Biol.

      巻: 83,29 ページ: 29

    • DOI

      10.1007/s11538-021-00860-0

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Fast reaction limit of reaction-diffusion systems2021

    • 著者名/発表者名
      H. Murakawa
    • 雑誌名

      Discrete Contin. Dyn. Syst. Ser. S

      巻: 14 ページ: 1047-1062

    • DOI

      10.3934/dcdss.2020405

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Computing Morse decomposition of ODEs via Runge-Kutta method2021

    • 著者名/発表者名
      Y. Chiba, T. Miyaji, T. Ogawa
    • 雑誌名

      JSIAM Letters

      巻: 13 ページ: 40-43

    • DOI

      10.14495/jsiaml.13.40

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A quantitative model used to compare within-host SARS-CoV-2, MERS-CoV and SARS-CoV dynamics provides insights into the pathogenesis and treatment of SARS-CoV-22021

    • 著者名/発表者名
      K.S. Kim, K. Ejima, S. Iwanami, Y. Fujita, H. Ohashi, Y. Koizumi, Y. Asai, S. Nakaoka, K. Watashi, K. Aihara, R.N. Thompson, R. Ke, A.S. Perelson, S. Iwami
    • 雑誌名

      PLOS Biology

      巻: 19(3):e3001128 ページ: -

    • DOI

      10.1371/journal.pbio.3001128

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Quantifying antiviral effects against simian/human immunodeficiency virus induced by host immune response2021

    • 著者名/発表者名
      T. Oda, K.S. Kim, Y. Fujita, Y. Ito, T. Miura, S. Iwami
    • 雑誌名

      J. Theor. Biol.

      巻: 509:110493 ページ: -

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2020.110493

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Required concentration index quantifies effective drug combinations against hepatitis C virus infection2021

    • 著者名/発表者名
      Y. Kakizoe, Y. Koizumi, Y. Ikoma, H. Ohashi, T. Wakita, S. Iwami, K. Watashi
    • 雑誌名

      Theoretical Biology and Medical Modelling

      巻: 18(1):4 ページ: -

    • DOI

      10.1186/s12976-020-00135-6

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Convergence of a Fully Discrete and Energy-Dissipating Finite-Volume Scheme for Aggregation-Diffusion Equations and nonlinear cross-diffusion systems2020

    • 著者名/発表者名
      R. Bailo, J.A. Carrillo, H. Murakawa, M. Schmidtchen
    • 雑誌名

      Math. Models Methods Appl. Sci.

      巻: 30 ページ: 2487-2522

    • DOI

      10.1142/S0218202520500487

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] 細胞接着パターンの数理解析に向けて2020

    • 著者名/発表者名
      村川秀樹
    • 雑誌名

      数理解析研究所講究録

      巻: 2166 ページ: 17-21

  • [雑誌論文] 細胞間接着の数理モデルとその応用2020

    • 著者名/発表者名
      村川秀樹
    • 雑誌名

      数理解析研究所講究録

      巻: 2165 ページ: 100-104

  • [雑誌論文] Modeling Borna disease virus in vitro spread reveals the mode of antiviral effect conferred by an endogenous bornavirus-like element2020

    • 著者名/発表者名
      K.S. Kim, Y. Yamamoto, S. Nakaoka, K. Tomonaga, S. Iwami, T. Honda
    • 雑誌名

      Journal of Virology

      巻: 94:e01204-20 ページ: -

    • DOI

      10.1128/JVI.01204-20

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Modeling the efficiency of filovirus entry into cells in vitro: Effects of SNP mutations in the receptor molecule2020

    • 著者名/発表者名
      K.S. Kim, T. Kondoh, Y. Asai, A. Takada, S. Iwami
    • 雑誌名

      PLOS Computational Biology

      巻: 16(9):e1007612 ページ: -

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1007612

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Quantifying the antiviral effect of APOBEC3 on HIV-1 infection in humanized mouse model2020

    • 著者名/発表者名
      T. Kurusu, KS. Kim, Y. Koizumi, S. Nakaoka, K. Ejima, N. Misawa, Y. Koyanagi, K. Sato, S. Iwami.
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology

      巻: 498:110295 ページ: -

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2020.110295

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Should a viral genome stay in the host cell or leave? A quantitative dynamics study of how hepatitis C virus deals with this dilemma2020

    • 著者名/発表者名
      S. Iwanami, K. Kitagawa, H. Ohashi, Y. Asai, K. Shionoya, W. Saso, K. Nishioka, H. Inaba, S. Nakaoka, T. Wakita, O. Diekmann, S. Iwami, K. Watashi
    • 雑誌名

      PLOS Biology

      巻: 18:e3000562 ページ: -

    • DOI

      10.1371/journal.pbio.3000562

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 反応拡散系とパターン形成 -制約によって見える新たな解構造-2021

    • 著者名/発表者名
      森田善久
    • 学会等名
      日本数学会2021年度年会 企画特別講演
    • 招待講演
  • [学会発表] 無限星状グラフにおける反応拡散方程式のフロント波の伝播とブロッキング2021

    • 著者名/発表者名
      森田善久
    • 学会等名
      北陸応用数理2021
    • 招待講演
  • [学会発表] Singular deformation of domains and several spectral problems2021

    • 著者名/発表者名
      S. Jimbo
    • 学会等名
      Mini-courses in Mathematical Analysis (Padova University)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 上皮組織形成の数理モデルと数値解法2021

    • 著者名/発表者名
      村川秀樹
    • 学会等名
      日本数学会2021年度年会
  • [学会発表] Segregation pattern in a mathematical model of cell polarity2020

    • 著者名/発表者名
      Y.Morita
    • 学会等名
      The Eighth Pacific Rim Conference in Mathematics
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Phase separation model for chromatin reorganization of eukaryotic cell nuclei2020

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin-Lee
    • 学会等名
      JSPS core-to-core program conference for Establishing International Research Network of Mathematical Oncology, Fusion of Mathematics and Biology
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] How the cell uses mathematics for asymmetry2020

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      日本分子生物学会
    • 招待講演
  • [学会発表] 感覚器におけるモザイク様細胞パターン形成の数理モデルと数値解法2020

    • 著者名/発表者名
      村川秀樹
    • 学会等名
      2020年度応用数学合同研究集会
  • [学会発表] 細胞選別現象の解明に向けた数理モデリングとその解析2020

    • 著者名/発表者名
      村川秀樹
    • 学会等名
      楕円型・放物型微分方程式研究集会
    • 招待講演
  • [学会発表] Mathematical models of cell-cell adhesion: macro- and microscopic perspectives2020

    • 著者名/発表者名
      H. Murakawa
    • 学会等名
      Micro-to-Macro Modelling in Developmental Biology
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 非線形非局所Fokker-Planck型方程式に対するエネルギー散逸有限体積スキーム2020

    • 著者名/発表者名
      村川秀樹
    • 学会等名
      2020年度秋季総合分科会
  • [学会発表] 力学系に対する位相的計算法とその応用2020

    • 著者名/発表者名
      宮路智行
    • 学会等名
      大阪大学MMDモデリング部門主催ワークショップ 工学と数学の接点を求めて
    • 招待講演
  • [学会発表] Runge-Kutta法によるMorse分解の近似計算2020

    • 著者名/発表者名
      宮路智行
    • 学会等名
      日本応用数理学会2020年度年会
  • [備考] 森田善久の個人ページ

    • URL

      https://www.math.ryukoku.ac.jp/~morita/index_research.html

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公開日: 2022-12-28  

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