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2021 年度 実績報告書

生命科学におけるパターン形成の新しいモデルと数学的解析手法の確立

研究課題

研究課題/領域番号 18H01139
研究機関龍谷大学

研究代表者

森田 善久  龍谷大学, 先端理工学部, 教授 (10192783)

研究分担者 宮路 智行  京都大学, 理学研究科, 准教授 (20613342)
村川 秀樹  龍谷大学, 先端理工学部, 准教授 (40432116)
李 聖林  京都大学, 高等研究院, 教授 (50620069)
神保 秀一  北海道大学, 理学研究院, 特任教授 (80201565)
岩見 真吾  名古屋大学, 理学研究科, 教授 (90518119)
研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2022-03-31
キーワードパターン形成 / 反応拡散方程式 / チューリング不安定性 / 定在波 / 非局所効果 / 保存則 / 生物モデル / 非線形偏微分方程式
研究実績の概要

以下のような成果を上げた.1) 細胞膜が外部の物質を取り入れるときにできるひだ状の突起の生成とその運動メカニズムをモデル化した保存量を持つ反応拡散系について,森田は共同研究者とこの方程式系の定常解について研究し,保存する積分量の与え方によって,非定数な定常解が3種類に分類できることを示した.2) 森田と分担者の神保は,非有界な2つの星状グラフを線分でつないてできるメトリックグラフにおける反応拡散方程式のフロント波の伝播とブロッキングについて研究を行った.このようなグラフの持つ樹状構造は生体内でよく見受けられ,今回の研究は,今後生命現象に関連した問題に発展することが期待できる.3) 森田は共同研究者と星状グラフ上のLotka-Volterra拡散競合系モデルについて進行フロント波の伝播とブロッキングについて研究を行った.この研究は生物の棲み分けパターンの新しいメカニズムを明らかにした研究として位置付けることができる.4) 分担者の村川は細胞接着力と細胞膜の表面張力の関係について,数理と実験の両側面から研究した.単純な原理のみからなる微視的現象に対する数理モデル及び数値解法を構成し,上皮細胞の形態形成を例にその手法の有用性を確かめた.5)分担者の岩見はモデル駆動型とデータ駆動のアプローチを融合させたデータ解析手法を開発した.特に,異なる階層をまたいで創発する現象を齢構造をもつ偏微分方程式により定式化した.6)分担者の李は細胞の極性形成の現象に対して細胞の幾何学的性質とパターン形成の関係性を明らかにする数理モデルの構築を目指し,その細胞の配列のメカニズムを記述できる数理モデリング手法の開発に成功した.

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (25件)

すべて 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 4件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (15件) (うち国際学会 4件、 招待講演 12件)

  • [雑誌論文] Front propagation and blocking for the competition-diffusion system in a domain of half-lines with a junction2023

    • 著者名/発表者名
      Y. Morita, K. Nakamura and T. Ogiwara
    • 雑誌名

      Discrete Contim. Dyn. Syst. Series B

      巻: 未定 ページ: 未定

    • DOI

      10.3934/dcdsb.2022136

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Asymptotic behavior of the eigenfrequencies of a thin elastic rod with non-uniform cross-section of extremely oblate shape2023

    • 著者名/発表者名
      S. Jimbo, E. Ushikoshi, H. Yoshihara,
    • 雑誌名

      Calc. Var. PDE

      巻: 62 ページ: 未定

    • DOI

      10.1007/s00526-022-02325-1

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Standing waves of reaction-diffusion equations on an unbounded graph with two vertices2022

    • 著者名/発表者名
      S. Iwasaki, S. Jimbo, Y. Morita
    • 雑誌名

      SIAM J. Appl. Math.

      巻: 82 ページ: 1733-1763

    • DOI

      10.1137/21m1454572

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A numerical algorithm for modeling cellular rearrangements in tissue morphogenesis2022

    • 著者名/発表者名
      Rhudaina Z Mohammad, Hideki Murakawa, Karel Svadlenka, Hideru Togashi
    • 雑誌名

      Communications biology

      巻: 5(1) ページ: 239

    • DOI

      10.1142/S0218202520500487

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Antithetic effect of interferon-α on cell-free and cell-to-cell HIV-1 infection2022

    • 著者名/発表者名
      R. Kumata, S. Iwanami, K.B. Mar, Y. Kakizoe, N. Misawa, S. Nakaoka, Y. Koyanagi, A.S. Perelson, J.W. Schoggins, S. Iwami, K. Sato
    • 雑誌名

      PLOS Computational Biology

      巻: 18 ページ: e1010053

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1010053

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Maternal embryonic leucine zipper kinase (MELK) optimally regulates the HIV-1 uncoating process2022

    • 著者名/発表者名
      T. Nishiyama, T. Takada, H. Takeuchi, S. Iwami
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology

      巻: 545 ページ: 111152

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2022.111152

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Estimation of timing of infection from longitudinal SARS-CoV-2 viral load data: mathematical modelling study2022

    • 著者名/発表者名
      K. Ejima, K.S. Kim, A.I. Bento, S. Iwanami, Y. Fujita, K. Aihara, K. Shibuya, S. Iwami
    • 雑誌名

      BMC Infectious Diseases

      巻: 22 ページ: 656

    • DOI

      10.1186/s12879-022-07646-2

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Designing isolation guidelines for COVID-19 patients with rapid antigen tests2022

    • 著者名/発表者名
      Y.D. Jeong, K. Ejima, K.S. Kim, J. Woo, S. Iwanami, Y. Fujita, IH. Jung, K. Aihara, K. Shibuya, S. Iwami, A.I. Bento, M. Ajelli
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 ページ: 4910

    • DOI

      10.1038/s41467-022-32663-9

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The extra-embryonic space and the local contour are critical geometric constraints regulating cell arrangement2022

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin-Lee, K. Yamamoto, A. Kimura
    • 雑誌名

      Development

      巻: 149 ページ: dev200401

    • DOI

      10.1242/dev.200401

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 細胞選別の数理モデル : ミクロ的視点とマクロ的視点2021

    • 著者名/発表者名
      村川 秀樹
    • 雑誌名

      数理科学

      巻: 59(9) ページ: 30-36

  • [学会発表] Front propagation and blocking for reaction-diffusion equations on unbounded metric graphs2022

    • 著者名/発表者名
      Yoshihisa Morita
    • 学会等名
      NCTS Webinar on Nonlinear Evolutionary Dynamics
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] メトリックグラフ上の反応拡散モデル2022

    • 著者名/発表者名
      森田 善久
    • 学会等名
      非線形現象の数値シミュレーションと解析2022
    • 招待講演
  • [学会発表] メトリックグラフ上の Heat Kernel II2022

    • 著者名/発表者名
      神保 秀一
    • 学会等名
      非線形現象の数値シミュレーションと解析ミニ研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] 特異的領域変形と楕円型作用素の固有値の挙動2022

    • 著者名/発表者名
      神保 秀一
    • 学会等名
      第8回偏微分方程式レクチャーシリーズ
    • 招待講演
  • [学会発表] メトリックグラフ上の Heat Kernel2022

    • 著者名/発表者名
      神保 秀一
    • 学会等名
      非線形現象の数値シミュレーションと解析
    • 招待講演
  • [学会発表] Semilinear parabolic equation in a simple unbounded metric graph2022

    • 著者名/発表者名
      神保 秀一
    • 学会等名
      北東数学解析研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] 「市松模様を作る細胞」実験生物学と理論のDUOトーク2022

    • 著者名/発表者名
      村川秀樹
    • 学会等名
      生物多様性コロキウム (MACS共催)
    • 招待講演
  • [学会発表] Singular deformation of domains and several spectral problems2021

    • 著者名/発表者名
      Shuichi Jimbo
    • 学会等名
      Mini-courses in Mathematical Analysis 2021, Padova University
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Semilinear parabolic equations in a simple unbounded graph2021

    • 著者名/発表者名
      神保 秀一
    • 学会等名
      第17回非線型の諸問題
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞間接着の数理モデリング とその応用2021

    • 著者名/発表者名
      村川秀樹
    • 学会等名
      複雑系知能セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] Micro-and macroscopic models for cell sorting2021

    • 著者名/発表者名
      村川秀樹
    • 学会等名
      CREST 「現代の数理科学と連携するモデリング手法の構築」 成果報告公開シンポジウム 2021
  • [学会発表] 細胞選別の数理モデル:ミクロ的視点とマクロ的視点2021

    • 著者名/発表者名
      村川秀樹
    • 学会等名
      2021年度 日本数理生物学会年会
  • [学会発表] Mathematical models of cell sorting: micro- and macroscopic perspectives2021

    • 著者名/発表者名
      H. Murakawa
    • 学会等名
      54th Annual Meeting of Japan Society of Developmental Biologists
    • 国際学会
  • [学会発表] Dynamics of cells and polarity in early development2021

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin-Lee
    • 学会等名
      ReaDiNet 2021: An Online Conference on Recent Topics in Reaction-Diffusion System, Biology, Medicine and Chemistry
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Cell polarity, shape, and flow2021

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin-Lee
    • 学会等名
      RIMS workshop for Mathematical methods for the studies of flow, shape, and dynamics
    • 招待講演

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公開日: 2023-12-25  

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