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2020 年度 実績報告書

水素結合ネットワーク構造に基づく蛋白質内プロトン移動の予測

研究課題

研究課題/領域番号 18H01186
研究機関東京大学

研究代表者

斉藤 圭亮  東京大学, 先端科学技術研究センター, 准教授 (20514516)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2022-03-31
キーワード水素結合 / プロトン移動 / QM/MM法 / 分子動力学法 / 光合成 / アクアポリン / 光化学系II
研究実績の概要

プロトン移動の実例を集めるため,植物や藻類の光合成において水を分解し酸素を発生する反応を触媒する蛋白質である光化学系IIに着目し,次のことを明らかにした.これらの成果はすべて国際誌に論文として発表済みである.
■1)酸素発生反応に伴って最初に放出されるプロトン放出機構を水輸送膜蛋白質アクアポリンと比較した.光化学系IIでは,蛋白質内部に結合している少数の水分子のゆらぎが他の水分子に比べて特異的に小さく,それらの水分子により高効率なプロトン輸送を可能にする経路が形成されていることがわかった.■2)酸素発生反応に伴って2,3番目に放出される2つのプロトン放出経路に関わる重要なアミノ残基の変異体について解析することで,プロトン放出機構を特定した.■3)光化学系IIで起こるプロトン共役電子移動過程について調べた.プロトン移動を促進すると指摘されている「低障壁水素結合」が,電子移動をも促進していることをはじめて示し,その機構も明らかにした.■4)触媒部位の錯体を構成するCa原子が①周辺の水素結合ネットワークの形状を保つ役割,②反応中のプロトン移動を促進する役割,③正常に電子移動するための電位を調整する役割,の3つを担っていることを明らかにした.■5)触媒部位の錯体を構成するMn原子に配位している水分子(W1, W2)とCaに配位している水分子(W3, W4)の酸解離定数(pKa)を算出した.蛋白質中では近くの酸性アミノ酸側鎖(D1-Asp61)により,W1が特異的に脱プロトン化,すなわちプロトン移動を起こしやすいことを明らかにした.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

具体的な蛋白質についてプロトン移動可能な経路とプロトン移動不可能な経路の特徴を明らかにすることができたため.

今後の研究の推進方策

主に光合成に関係する具体的な蛋白質について,様々なプロトン移動可能な経路とプロトン移動不可能な経路の特徴が明らかになった.プロトン移動を行う蛋白質は他にもあるので,今後は光合成以外の蛋白質についても,実例を調べ,得られた特徴を一般化できるかどうかを検討する予定である.

  • 研究成果

    (14件)

すべて 2021 2020

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 11件、 オープンアクセス 11件) 学会発表 (3件)

  • [雑誌論文] Proton transfer pathway from the oxygen-evolving complex in photosystem II substantiated by extensive mutagenesis2021

    • 著者名/発表者名
      Kuroda Hiroshi、Kawashima Keisuke、Ueda Kazuyo、Ikeda Takuya、Saito Keisuke、Ninomiya Ryo、Hida Chisato、Takahashi Yuichiro、Ishikita Hiroshi
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics

      巻: 1862 ページ: 148329~148329

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2020.148329

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Mechanism of absorption wavelength shifts in anion channelrhodopsin-1 mutants2021

    • 著者名/発表者名
      Tsujimura Masaki、Noji Tomoyasu、Saito Keisuke、Kojima Keiichi、Sudo Yuki、Ishikita Hiroshi
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics

      巻: 1862 ページ: 148349~148349

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2020.148349

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Nature of Asymmetric Electron Transfer in the Symmetric Pathways of Photosystem I2021

    • 著者名/発表者名
      Mitsuhashi Koji、Tamura Hiroyuki、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 125 ページ: 2879~2885

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.0c10885

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Two Distinct Oxygen-Radical Conformations in the X-ray Free Electron Laser Structures of Photosystem II2021

    • 著者名/発表者名
      Mandal Manoj、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 12 ページ: 4032~4037

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.1c00814

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Redox potentials along the redox-active low-barrier H-bonds in electron transfer pathways2020

    • 著者名/発表者名
      Saito Keisuke、Mandal Manoj、Ishikita Hiroshi
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 22 ページ: 25467~25473

    • DOI

      10.1039/D0CP04265J

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Energetics of Ionized Water Molecules in the H-Bond Network near the Ca<sup>2+</sup> and Cl<sup>?</sup> Binding Sites in Photosystem II2020

    • 著者名/発表者名
      Saito Keisuke、Mandal Manoj、Ishikita Hiroshi
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 59 ページ: 3216~3224

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.0c00177

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] pKa of the ligand water molecules in the oxygen-evolving Mn4CaO5 cluster in photosystem II2020

    • 著者名/発表者名
      Saito Keisuke、Nakagawa Minesato、Ishikita Hiroshi
    • 雑誌名

      Communications Chemistry

      巻: 3 ページ: 89

    • DOI

      10.1038/s42004-020-00336-7

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Acquirement of water-splitting ability and alteration of the charge-separation mechanism in photosynthetic reaction centers2020

    • 著者名/発表者名
      Tamura Hiroyuki、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 117 ページ: 16373~16382

    • DOI

      10.1073/pnas.2000895117

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Rigidly hydrogen-bonded water molecules facilitate proton transfer in photosystem II2020

    • 著者名/発表者名
      Sakashita Naoki、Ishikita Hiroshi、Saito Keisuke
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 22 ページ: 15831~15841

    • DOI

      10.1039/d0cp00295j

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Nature of the Short Oxygen?Oxygen Distance in the Mn<sub>4</sub>CaO<sub>6</sub> Complex of Photosystem II Crystals2020

    • 著者名/発表者名
      Mandal Manoj、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 11 ページ: 10262~10268

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.0c02868

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dependence of the chlorophyll wavelength on the orientation of a charged group: Why does the accessory chlorophyll have a low site energy in photosystem II?2020

    • 著者名/発表者名
      Saito Keisuke、Mitsuhashi Koji、Ishikita Hiroshi
    • 雑誌名

      Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry

      巻: 402 ページ: 112799~112799

    • DOI

      10.1016/j.jphotochem.2020.112799

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Effect of chlorophyll epimerization on the electron transfer in photosystem I reaction center2020

    • 著者名/発表者名
      三橋 孝司, 斉藤 圭亮, 石北 央
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Origin of exchange couplings of the Mn4CaO5 cluster in photosystem II2020

    • 著者名/発表者名
      西尾 俊哉, 斉藤 圭亮, 石北 央
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Mechanism of absorption wavelength shifts in anion channelrhodopsin mutants2020

    • 著者名/発表者名
      辻村 真樹, 野地 智康, 小島 慧一, 須藤 雄気, 石北 央
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会

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公開日: 2022-12-28  

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