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2018 年度 実績報告書

3Dドメインスワッピングに基づく蛋白質多量体の生体内形成と新規デザイン

研究課題

研究課題/領域番号 18H02088
研究機関奈良先端科学技術大学院大学

研究代表者

廣田 俊  奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 教授 (90283457)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2022-03-31
キーワードタンパク質 / 超分子 / 多量体 / 3Dドメインスワッピング / ヘムタンパク質 / タンパク質デザイン
研究実績の概要

ウマシトクロムc、好熱菌シトクロムc552、緑膿菌シトクロムc551などのc型シトクロムの生体内での多量体形成を調査するため、各タンパク質にヒスチジンタグを付加させた。好熱菌シトクロムc552に、タンパク質合成と同時にタンパク質をサイトプラズムからペリプラズムへ輸送するシグナルペプチドDsbAssを付加させた時とタンパク質合成の完了後にタンパク質をペリプラズムへ輸送するシグナルぺプチドPhoAssを付加させた時で、大腸菌の発現系から得られるタンパク質多量体量は大きく変化しなかったことより、シトクロムc552はシグナルペプチドの種類に依存せず多量体を形成することが明らかとなった。常温菌シトクロムc′は5配位ヘムを有し、酸化型ではホモ2量体を形成するが、還元型へのCO結合により単量体へ解離する。一方、常温菌シトクロムc′と相動性が高い好熱菌由来シトクロムc′は、酸化型及び飽和CO溶液中での還元型の両状態でホモ2量体を形成する。常温菌シトクロムc′の2量体の構造安定性に寄与するPhe11とThr18を常温菌シトクロムc′の相当する残基Thr11とPhe18に置換した変異体は、CO結合により単量体へ解離した。CO依存的2量体-単量体遷移特性を示す安定なタンパク質が構築できたことより、3Dドメインスワッピングを利用した高次タンパク質構造体の構築が期待される。さらに、シトクロムc、ミオグロビン及び関連するヘムタンパク質のドメインスワッピングに関する総説を執筆した。総説では、ヘムタンパク質のドメインスワッピングがタンパク質フォールディングの初期段階で起こることを示し、ナノリング、ケージ、異なる活性部位を有するヘテロダイマー、リガンド結合による可逆的単量体-多量体平衡を示すタンパク質など、ドメインスワッピンを利用した、様々なヘムタンパク質構造体の構築について紹介した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

ウマシトクロムc、好熱菌シトクロムc552、緑膿菌シトクロムc551にヒスチジンタグを付加させることに成功し、生体内での多量体形成量を定量することが可能となった。また、シトクロムc552の生体内での多量化はシグナルペプチドの種類に大きく依存しないことが明らかとなった。さらに、ヘムタンパク質の3Dドメインスワッピングに関する総説を執筆した。

今後の研究の推進方策

ヒスチジンタグを付加した、正に帯電したウマシトクロムc、好熱菌シトクロムc552、負に帯電した緑膿菌シトクロムc551を用いて、タンパク質の表面電荷が生体内での多量化に与える影響を調べる。さらに、銅タンパク質アズリンなど、他の金属タンパク質の多量化について検討する。また、金属タンパク質ではない24量体フェリチンの多量化についても検討する。

  • 研究成果

    (20件)

すべて 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (16件) (うち国際学会 2件、 招待講演 4件)

  • [国際共同研究] Sun Yat-Sen University(中国)

    • 国名
      中国
    • 外国機関名
      Sun Yat-Sen University
  • [国際共同研究] National Chiao Tung University(台湾)

    • 国名
      台湾
    • 外国機関名
      National Chiao Tung University
  • [雑誌論文] Conferment of CO-Controlled Dimer-Monomer Transition Property to Thermostable Cytochrome c′ by Mutation in the Subunit-Subunit Interface2019

    • 著者名/発表者名
      Masaru Yamanaka, Ryoko Nakayama, Sotaro Fujii, Satoshi Wakai, Yoshihiro Sambongi, Shun Hirota
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 93 ページ: 702-709

    • DOI

      10.1246/bcsj.20180311

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Oligomerization of Cytochrome c, Myoglobin, and Related Heme Proteins by 3D Domain Swapping2019

    • 著者名/発表者名
      Shun Hirota
    • 雑誌名

      Journal of Inorganic Biochemistry

      巻: 194 ページ: 170-179

    • DOI

      10.1016/j.jinorgbio.2019.03.002

    • 査読あり
  • [学会発表] Construction of a Two-Dimensional Protein Array Utilizing a Cytochrome c555-Based Protein2019

    • 著者名/発表者名
      Cheng Xie, Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota
    • 学会等名
      99th Chemical Society of Japan Annual Meeting
  • [学会発表] Oligomerization of Azurin from Alcaligenes xylosoxidans and Characterization of Its Dimer2019

    • 著者名/発表者名
      Robby Noor Cahyono, Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Shun Hirota
    • 学会等名
      99th Chemical Society of Japan Annual Meeting
  • [学会発表] Design of Stable Domain-Swapped Myoglobin Oligomers2019

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Nagao, Ayaka Suda, Hisashi Kobayashi, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota
    • 学会等名
      99th Chemical Society of Japan Annual Meeting
  • [学会発表] 耐熱性シトクロムcのサブユニット界面変異によるCO応答性2量体-単量体変換特性の付与2019

    • 著者名/発表者名
      山中優、中山諒子、若井暁、藤井創太郎、三本木至宏、廣田俊
    • 学会等名
      日本化学会第99春季大会
  • [学会発表] 金属結合性を有するドメインスワップしたミオグロビン2量体のデザインと性質2019

    • 著者名/発表者名
      井戸本彩花、長尾聡、柴田直樹、樋口芳樹、廣田俊
    • 学会等名
      日本化学会第99春季大会
  • [学会発表] Supramolecular Assemblies of c-Type Cytochromes Based on 3D Domain Swapping2018

    • 著者名/発表者名
      Shun Hirota
    • 学会等名
      233rd ECS Meeting
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Construction of Protein Supramolecules by 3D Domain Swapping2018

    • 著者名/発表者名
      Shun Hirota
    • 学会等名
      The 18th Annual Meeting of the Protein Science Society of Japan (Workshop: 35th Anniversary of Protein Engineering since 1983)
    • 招待講演
  • [学会発表] 球状蛋白質のドメインスワッピングを実現するループのリデザイン2018

    • 著者名/発表者名
      志賀翔多、山中優、廣田俊、真壁幸樹
    • 学会等名
      第18回蛋白質科学会年会
  • [学会発表] NMR Study on Dynamic Properties of Cytochrome c Bound to Lipid Bicelles2018

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Nagao, Hisashi Kobayashi, Shun Hirota
    • 学会等名
      The 18th Annual Meeting of the Protein Science Society of Japan
  • [学会発表] Domain Swapping-Based Assemblies of c-Type Cytochromes2018

    • 著者名/発表者名
      Shun Hirota, Satoshi Nagao, Masaru Yamanaka, Yoshiki Higuchi
    • 学会等名
      Tenth International Conference on Porphyrins and Phthalocyanines (ICPP-10)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] バイセルと溶液NMRを組合せた手法で可能になるシトクロムcと脂質膜の相互作用の高分解能解析2018

    • 著者名/発表者名
      長尾聡、小林紀、廣田俊
    • 学会等名
      第12回バイオ関連化学シンポジウム
  • [学会発表] サブユニット界面変異による耐熱性シトクロムc′へのCo依存的2量体-単量体遷移特性の付与2018

    • 著者名/発表者名
      山中優、中山諒子、藤井創太郎、岩井暁、三本木至宏、廣田俊
    • 学会等名
      第12回バイオ関連化学シンポジウム
  • [学会発表] シトクロムcの多量体形成におけるアニオンの影響に関する理論的研究2018

    • 著者名/発表者名
      根木秀佳、吉田紀生、廣田俊、東雅大
    • 学会等名
      第12回分子科学討論会
  • [学会発表] Picobiology of Metalloproteins: Vibrational Spectroscopic Studies of Cytochrome c and Hydrogenase2018

    • 著者名/発表者名
      廣田俊、太虎林、樋口芳樹、柳澤幸子、小倉尚志
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会(シンポジウム:ピコバイオロジーが目指すもの)
    • 招待講演
  • [学会発表] 脂質バイセルに結合したシトクロムcの動的性質のNMR研究2018

    • 著者名/発表者名
      長尾聡、小林紀、廣田俊
    • 学会等名
      第57回NMR討論会
  • [学会発表] Activation/Inactivation Mechanism between the Ni-SIr and Ni-SIa States of [NiFe] Hydrogenase Studied by Utilizing Ni-SIr-to-Ni-SIa Photoactivation2018

    • 著者名/発表者名
      Hulin Tai, Shun Hirota, Koji Nishikawa, Yoshiki Higuchi, Liang-nian Ji, Zong-wan Mao
    • 学会等名
      中国化学会第十四回全国生物無機化学学術会議

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公開日: 2021-12-27  

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