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2019 年度 実績報告書

3Dドメインスワッピングに基づく蛋白質多量体の生体内形成と新規デザイン

研究課題

研究課題/領域番号 18H02088
研究機関奈良先端科学技術大学院大学

研究代表者

廣田 俊  奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 教授 (90283457)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2022-03-31
キーワードタンパク質 / 超分子 / 多量体 / 3Dドメインスワッピング / ヘムタンパク質 / 銅タンパク質 / タンパク質デザイン
研究実績の概要

正に帯電しているウマシトクロム(cyt)c及び好熱性水素細菌(HT)cyt c552は大腸菌内で多量体を形成したが、負に帯電している緑膿菌(PA)cyt c551及び深海由来好圧好冷性細菌(SV)cyt c5は大腸菌内で多量体を形成しなかった。ウマcyt c及びHT cyt c552の巻き戻り反応系に表面が負に帯電しているリポソームを添加すると得られるタンパク質多量体量が増大したが、PA cyt c551及びSV cyt c5の巻き戻り反応系に負に帯電しているリポソームを添加しても得られる多量体量は変化しなかった。これらの結果より、負に帯電している膜上で正に帯電しているc型cytが凝集し、c型cytの分子間相互作用が増えることにより多量体量が増大することが示唆された。
アルカリゲネスキシロソキシダンス由来アズリンのCu(I)型は、pH 5.0で2,2,2-トリフルオロエタノール5% (v/v)添加、凍結乾燥、pH 7.0で再溶解の操作により多量化した。アズリン2量体の可視領域での最大吸収波長は618 nmで、単量体の最大吸収波長(622 nm)から少しブルーシフトし、EPRスペクトルのA||値(5.85 mT)は単量体の値(5.95 mT)より若干小さく、ロンビック型スペクトル性が若干増大した。さらに、アズリン2量体の酸化還元電位は342±5 mV(vs NHE)で、単量体よりも50 mV高かった。X線結晶構造解析により、アズリン2量体では3つのβストランドを含むN末端領域がプロトマー間で交換され、ブルー銅タンパク質で3Dドメインスワッピングが起こることが初めて示された。また、アズリン2量体の銅配位構造は単量体と同様、歪んだ四面体構造を形成していたが、Cu-O(Gly45)結合長は2量体の方が長かった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

生体内での3Dドメインスワッピングに関して、負に帯電している膜上で正に帯電しているc型cytが凝集し、c型cytの分子間相互作用が増えることにより多量体量が増大することを提唱した。また、ブルー銅タンパク質で3Dドメインスワッピングが起こることを初めて示し、ドメインスワッピングしたアズリンの立体構造を明らかにした。

今後の研究の推進方策

大腸菌を用いたタンパク質発現系から、3Dドメインスワッピングによる安定なミオグロビン2量体が得られる変異体を作製する。さらに、ヘムタンパク質であるヘモグロビン、銅タンパク質であるプラストシアニンなど、他の金属タンパク質の多量化について検討する。また、12量体であるフェリチン類タンパク質Dpsの多量化についても調査する。

  • 研究成果

    (28件)

すべて 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 2件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (21件) (うち国際学会 7件、 招待講演 5件)

  • [国際共同研究] CNRS(フランス)

    • 国名
      フランス
    • 外国機関名
      CNRS
  • [国際共同研究] Jadavpur University(インド)

    • 国名
      インド
    • 外国機関名
      Jadavpur University
  • [国際共同研究] Gadjah Mada University(インドネシア)

    • 国名
      インドネシア
    • 外国機関名
      Gadjah Mada University
  • [雑誌論文] 3D Domain Swapping of Azurin from Alcaligenes xylosoxidans2020

    • 著者名/発表者名
      Robby Noor Cahyono, Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota
    • 雑誌名

      Metallomics

      巻: 12 ページ: 337-345

    • DOI

      10.1039/C9MT00255C

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Domain-Swapping Design by Polyproline Rod Insertion2019

    • 著者名/発表者名
      Shota Shiga Masaru Yamanaka, Wataru Fujiwara, Shun Hirota, Shuichiro Goda, Koki Makabe
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 20 ページ: 2454-2457

    • DOI

      10.1002/cbic.201900179

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Determination of Proton Concentration at Cardiolipin-Containing Membrane Interfaces and Its Relation with the Peroxidase Activity of Cytochrome c2019

    • 著者名/発表者名
      Partha Pratim Parui, Yeasmin Sarakar, Rini Majumder, Sanju Das, Hongxu Yang, Kazuma Yasuhara, Shun Hirota
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 10 ページ: 9140-9051

    • DOI

      10.1039/C9SC02993A

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Protein Surface Charge Effect on 3D Domain Swapping in Cells for c-Type Cytochromes2019

    • 著者名/発表者名
      Hongxu Yang, Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Kazuma Yasuhara, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics

      巻: 1867 ページ: 140265

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2019.140265

    • 査読あり
  • [学会発表] Reaction Mechanism Elucidation and Supramolecular Creation of Metalloproteins2020

    • 著者名/発表者名
      Shun Hirota
    • 学会等名
      The 100th Chemical Society of Japan Annual Meeting (中止)
    • 招待講演
  • [学会発表] Amino Acid Sequence Design of The Hinge Region in Domain Swapping for Construction of Protein Supramolecules2020

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Nagao, Ayaka Idomoto, Ayaka Suda, Hisashi Kobayashi, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota
    • 学会等名
      The 100th Chemical Society of Japan Annual Meeting (中止)
  • [学会発表] ポプラプラストシアニンの多量化と2量体の性質2020

    • 著者名/発表者名
      猪俣惇平、Le MOUEL Korantin、山中優、廣田俊
    • 学会等名
      日本化学会第100春季大会(中止)
  • [学会発表] ドメインスワップ構造を基に設計した融合タンパク質による可動型超分子の構築2020

    • 著者名/発表者名
      山中優、廣田俊
    • 学会等名
      日本化学会第100春季大会(中止)
  • [学会発表] The Design of Artificial Domain-Swapped Proteins by Polyproline-Rod Insertion2020

    • 著者名/発表者名
      Shota Shiga, Masaru Yamanaka, Wataru Hujiwara Shun Hirota, Shuichiro Goda, Koki Makabe
    • 学会等名
      The 100th Chemical Society of Japan Annual Meeting (中止)
  • [学会発表] NMR Characterization of Dynamic Properties of Cytochrome c bound to Membranes using Lipid Bicelles2019

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Nagao, Hisashi Kobayashi, Shun Hirota
    • 学会等名
      15th International Symposium on Applied Bioinorganic Chemistry (ISABC15)
    • 国際学会
  • [学会発表] Conferment of CO-Controlled Dimer-Monomer Transition Property to Thermostable Cytochrome c′ by Mutation in the Subunit Interface2019

    • 著者名/発表者名
      Masaru Yamanaka, Ryoko Nakayama, Sotaro Fujii, Satoshi Wakai, Yoshihiro Sambongi, Shun Hirota
    • 学会等名
      15th International Symposium on Applied Bioinorganic Chemistry (ISABC15)
    • 国際学会
  • [学会発表] Oxygen Activation by Cu-Amyloid-β Peptide: Models Relevant for Alzheimer’s Disease2019

    • 著者名/発表者名
      Leonie Berthonnaud, Charlene Esmieu, Shun Hirota, Christelle Hureau
    • 学会等名
      15th International Symposium on Applied Bioinorganic Chemistry (ISABC15)
    • 国際学会
  • [学会発表] NMR Characterization of Dynamic Properties of Cytochrome c Bound to Membranes Using Phospholipid Bicelles2019

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Nagao, Hisashi Kobayashi, Shun Hirota
    • 学会等名
      第19回蛋白質科学会年会
  • [学会発表] 金属結合部位を有するドメインスワップしたミオグロビン 2 量体のデザインと性質2019

    • 著者名/発表者名
      井戸本彩花、長尾聡、柴田直樹、樋口芳樹、廣田俊
    • 学会等名
      第19回蛋白質科学会年会
  • [学会発表] Construction of Protein Supramolecules Based on Domain Swapping2019

    • 著者名/発表者名
      Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Chunguang Ren, Mohan Zhang, Akiya Oda, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota
    • 学会等名
      第19回蛋白質科学会年会
  • [学会発表] Construction of Protein Supramolecules Based on Domain-Swapping Mechanism2019

    • 著者名/発表者名
      Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Chunguang Ren, Mohan Zhang, Akiya Oda, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota
    • 学会等名
      33rd Annual Symposium of the Protein Society
    • 国際学会
  • [学会発表] Oligomerization of Cytochrome c, Myoglobin, and Related Heme Proteins by 3D Domain Swapping2019

    • 著者名/発表者名
      Shun Hirota
    • 学会等名
      19th International Conference on Biological Inorganic Chemistry (ICBIC19)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Domain Swapping of Azurin from Alcaligenes xylosoxidans and Characterization of Its Dimer2019

    • 著者名/発表者名
      Rooby Noor Cahyono、山中優、長尾聡、柴田直樹、樋口芳樹、廣田俊
    • 学会等名
      第13回バイオ関連化学シンポジウム
  • [学会発表] フェリチンゲルの作製と金属吸着2019

    • 著者名/発表者名
      山中優、荻原理生、廣田俊
    • 学会等名
      第13回バイオ関連化学シンポジウム
  • [学会発表] ドメインスワッピングを利用したミオグロビンへの金属結合部位の導入2019

    • 著者名/発表者名
      井戸本彩花、長尾聡、柴田直樹、樋口芳樹、廣田俊
    • 学会等名
      第13回バイオ関連化学シンポジウム
  • [学会発表] Constructing Heme Protein Supramolecules by 3D Domain Swapping2019

    • 著者名/発表者名
      Shun Hirota
    • 学会等名
      2nd International Conference on Bioinformatics, Biotechnology, and Biomedical Engineering (BioMIC 2019)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 新規フェリチンゲルの作製と遷移金属捕捉等の活用2019

    • 著者名/発表者名
      廣田俊
    • 学会等名
      けいはんなビジネスメッセ2019
  • [学会発表] 金属結合部位を導入したドメインスワップミオグロビン2量体の構造と性質2019

    • 著者名/発表者名
      井戸本彩花、長尾聡、柴田直樹、樋口芳樹、廣田俊
    • 学会等名
      第9回CSJ化学フェスタ2019
  • [学会発表] Oligomerization of Heme Proteins by 3D Domain Swapping2019

    • 著者名/発表者名
      Shun Hirota
    • 学会等名
      The 6th National Conference on Biophysical Chemistry (NCBPC-6)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] シトクロムc:多量化と膜相互作用2019

    • 著者名/発表者名
      廣田俊
    • 学会等名
      日本薬学会東海支部特別講演会
    • 招待講演

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公開日: 2022-12-28  

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