| 研究課題/領域番号 |
18H02234
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| 研究機関 | 新潟大学 |
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研究代表者 |
森口 喜成 新潟大学, 自然科学系, 准教授 (60644804)
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| 研究分担者 |
Worth James 国立研究開発法人森林研究・整備機構, 森林総合研究所, 主任研究員 等 (30770771)
松本 麻子 国立研究開発法人森林研究・整備機構, 森林総合研究所, 主任研究員 等 (90353862)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| キーワード | 連鎖解析 |
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| 研究実績の概要 |
昨年度に得られた遺伝子型データに基づき、ヒノキの連鎖地図を作製したところ、染色体数と同じ11個のグループには収束しなかった。このことから、解析に用いるマーカー数を増やす必要があると考えられた。そこで、ヒノキRAD-Seqを行った。ヒノキの交配家系（中7号ｘ中10号）の153個体および交配親2個体のDNAを使用してRAD-Seq法のライブラリーを構築した。ライブラリーをHiSeqXによりシーケンスを行い総計248Gbの配列データを得た。交配親の配列データの5.8Gbをアセンブルして7838本の参照配列（総計2.4Mb）を構築し、これらの配列に家系の各個体のリード配列をマッピングした。その結果、3549本の参照配列から9465個のSNVを検出した。
一方、ヒバでは、まず、スギ・ヒノキオルソログにOrthologousなヒバのSNPマーカーの開発を行った。前年度に開発したヒノキのSNPマーカーは、スギの連鎖地図に座乗するマーカー遺伝子とreciprocal best hit (RBH)によるオルソログである。上記RNA-Seq法により得られたヒバの191470本のコンティグ配列とスギ・ヒノキオルソログにOrthologousなヒバのコンティグ配列をRBHにより探索した結果、16891本のContig配列が選択された。これらの配列に上記RNA-Seq法で得られたリードをマッピングし、SNVの検出を行い、240個のSNV候補についてGenotyping用のプライマーセットの設計を行った。
また、ヒバの連鎖地図のフレームを作成するためのEST-SSRマーカーの開発を行った。ヒバの交配家系の種子親（8-3）および花粉親（10-2）のそれぞれの針葉からRNAの抽出を行い、RNA-Seq法により、それぞれ13.7Gbおよび7.1Gbの配列データを収集した。配列データをTrinityでアセンブルした結果、191470本のContig配列が得られ、そのうち3167本の配列がマイクロサテライト（SSR)を含んでいた。これらのSSRを連鎖解析に使用するため、127個のSSRについてPCRプライマーの設計を行った。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
ヒノキ連鎖地図で染色体数と同じ連鎖グループに収束しなかったことからRADseqを行い、連鎖地図に用いるマーカー数を増加する必要がでてきた。ヒバでも同じことが起こると考えられることから、当初予定していた４種のうち３種に絞って解析を行う方針とした。
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| 今後の研究の推進方策 |
当初予定していた４種のうち３種に絞って解析を行う方針とした。
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