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2020 年度 実績報告書

多核固体NMRによる光受容膜タンパク質のイオン結合・輸送機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 18H02387
研究機関横浜国立大学

研究代表者

川村 出  横浜国立大学, 大学院工学研究院, 准教授 (20452047)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
キーワード固体NMR / レチナール / 膜タンパク質 / ロドプシン / 多核NMR
研究実績の概要

本研究課題ではレチナールを発色団としてもつ微生物型ロドプシンのイオン結合状態における固体核磁気共鳴分光法(固体NMR)による構造解析を進めている。
(1)13Cおよび15N標識したシゾロドプシン、ヘリオロドプシン (HeR)、ミドルロドプシンなどの微生物型ロドプシンの固体マジック角回転NMRによる構造解析を行い、15Nプロトン化シッフ塩基の信号を観測した。これによってプロトン化シッフ塩基と対イオンとの相互作用や極大吸収波長に対するシッフ塩基の信号の関係性を示すことに成功した。また、レチナールの炭素信号についても化学シフト値の変化をまとめた。
(2)脂質膜中にHeRタンパク質を再構成し、膜貫通領域のアミノ酸残基の信号帰属をさらに進めた。さらに光誘起-水素/重水素交換実験をHeRに適用した。光反応サイクル中に水分子がコンタクトしたアミノ酸残基を特定し、光反応中での構造変化を示唆した。
(3)光駆動型ナトリウムイオンポンプ機能を持つロドプシンKR2のArg109のNMR信号について、アルカリ金属イオン依存性の再現性を確認し、Na+との特異的な相互作用を明らかにした。
(4)23Naや33S多核NMR測定を実施し、バルクのイオン種とは区別して蛋白質結合状態のイオンを検出する実験を試みた。識別にはさらなる信号ノイズ(S/N)比の向上が必要である。
(5)測定中にサンプルに対してマイクロ波を照射することができるIn-situマイクロ波照射NMRを用いて、エタノール/ヘキサン混合物での極性分子の特異的な水素結合変化を示した。今後、水環境中でのタンパク質やペプチド分子に適用が期待できる成果となった。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (10件)

すべて 2021 2020

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 5件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 2件、 招待講演 3件)

  • [雑誌論文] Structural determination of the sheath of Sphaerotilus montanus using thiopeptidoglycan lyase which cleaves the 1,4 linkage between α-D-GalN and β-D-GlcA2021

    • 著者名/発表者名
      1. D. Kasiwabara, K. Kondo, R. Usami, D. Kan, I. Kawamura, Y. Kawasaki, M. Sato, T. Nittami, I. Suzuki, M. Katahira, M. Takeda
    • 雑誌名

      International Journal of Biological Macromolecules

      巻: 183 ページ: 992-1001

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Multidimensional Vibrational Circular Dichroism Apparatus Equipped with Quantum Cascade Laser and Its Use for Investigating Some Peptide Systems Containing d-Amino Acids2021

    • 著者名/発表者名
      Sato Hisako, Shimizu Masaru, Watanabe Keisuke, Yoshida Jun, Kawamura Izuru, Koshoubu Jun
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: 93 ページ: 2742~2748

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.0c02990

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Thermal and Nonthermal Microwave Effects of Ethanol and Hexane-Mixed Solution as Revealed by In Situ Microwave Irradiation Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy and Molecular Dynamics Simulation2020

    • 著者名/発表者名
      Tasei Yugo, Mijiddorj Batsaikhan, Fujito Teruaki, Kawamura Izuru, Ueda Kazuyoshi, Naito Akira
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 124 ページ: 9615~9624

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.0c06383

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural Characterization of a Cyclodextrin/<i>l</i>-menthol Inclusion Complex in the Solid-state by Solid-state NMR and Vibrational Circular Dichroism2020

    • 著者名/発表者名
      SAKAI Takahiro, AKAGI Yumiko, SUZUKI Hisashi, IRIE Mitsuki, NAKAMURA Tetsuya, SATO Hisako, KAWAMURA Izuru
    • 雑誌名

      Analytical Sciences

      巻: 36 ページ: 1337~1343

    • DOI

      10.2116/analsci.20P120

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stereochemical Effects on the Self-Assembly of Pyrenylalanine-Phenylalanine Dipeptide2020

    • 著者名/発表者名
      Mijiddorj Batsaikhan, Shirakata Hiroki, Nakagawa Tetsuya, Ueda Kazuyoshi, Yokoyama Yasushi, Kawamura Izuru
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 93 ページ: 969~977

    • DOI

      10.1246/bcsj.20190376

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 食品物理学Food Biophysicsのススメ2020

    • 著者名/発表者名
      川村出
    • 雑誌名

      ハセガワレター

      巻: 39 ページ: 2-11

  • [雑誌論文] コーヒー粕を原料としたセルロースナノファイバーとコンポジットフィルム2020

    • 著者名/発表者名
      金井典子, 川村出
    • 雑誌名

      コンバーテック

      巻: 569 ページ: 116-119

  • [学会発表] Solid-state NMR of seven-transmembrane proteins2020

    • 著者名/発表者名
      Izuru Kawamura
    • 学会等名
      9th (biennial) Western Sydney University & Inaugural Asian Symposium on NMR, MRI & Diffusion symposium
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Solid-state vibrational circular dichroism of tripeptides2020

    • 著者名/発表者名
      Izuru Kawamura & Hisako Sato
    • 学会等名
      Molecular Chirality 2020
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Interaction of amphibian-derived cationic antimicrobial peptides with model membrane2020

    • 著者名/発表者名
      川村 出
    • 学会等名
      The 58th Annual Meeting of Biophysical Society in Japan
    • 招待講演

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公開日: 2021-12-27  

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