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2020 年度 実績報告書

パーソナルインタラクトーム計測技術の開発

研究課題

研究課題/領域番号 18H02428
研究機関東京大学

研究代表者

谷内江 望  東京大学, 先端科学技術研究センター, 客員准教授 (60636801)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
キーワードインタラクトーム / DNAバーコード / 次世代シークエンシング
研究実績の概要

がんなどのヒトの疾患が単一の遺伝子や単純なパスウェイの不全によって説明できることは少なく、そのほとんどは複雑な生体分子ネットワークの不全として考えなくてはならない。近年網羅的なタンパク質間の相互作用(インタラクトーム)計測が可能になり、医学分野においては患者個人のゲノム変異情報をリファレンスヒトインタラクトーム上にマッピングしたデータマイニングによってその予後予測の精度向上などが認められている。また疾患変異が他のゲノム変異に比べて有意にタンパク質間相互作用を阻害することも知られている。したがって、任意のサンプルから効率的にそのパーソナルインタラクトーム情報を計測する技術があれば、より高精度な病態予測が可能となるがこれまでにそのような技術はない。最終年度は前年度までに樹立した任意のサンプルからORFeomeをバーコード化して合成するプロトコルの精緻化を進めたが、コロナ禍における研究活動の停止も影響し、これを用いて実際にバーコード化ライブラリーを作製し、インタラクトームを計測するという実験には至ることができなかった(研究期間終了後の課題となる)。一方で、BFG-Y2H法に加えて、Protein Complementation Assay法を基盤としたBFG-PCA法の開発を進め、これを角膜孔複合体を形成するタンパク質間相互作用、プロテアソーム複合体を形成するタンパク質間相互作用を異なるサンプルについて効率的に計測できることを示した。またこれが、BFG-Y2H法に比べて細胞内に局在する様々な構造をより効率的に捉えることのできることを示した。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2020 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件)

  • [国際共同研究] University of Toronto/Laval University/Mt Sinai Hospital(カナダ)

    • 国名
      カナダ
    • 外国機関名
      University of Toronto/Laval University/Mt Sinai Hospital
  • [雑誌論文] Interrogation of kinase genetic interactions provides a global view of PAK1-mediated signal transduction pathways2020

    • 著者名/発表者名
      Kim Jae-Hong、Seo Yeojin、Jo Myungjin、Jeon Hyejin、Kim Young-Seop、Kim Eun-Jung、Seo Donggun、Lee Won-Ha、Kim Sang Ryong、Yachie Nozomu、Zhong Quan、Vidal Marc、Roth Frederick P.、Suk Kyoungho
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 295 ページ: 16906~16919

    • DOI

      10.1074/jbc.RA120.014831

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] DNA Event Recording Biology2020

    • 著者名/発表者名
      Yachie N
    • 学会等名
      CRISPR and Beyond: Perturbations at Scale to Understand Genomes
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Towards a high-resolution whole-body map of cell lineage and differentiation trajectories in mammalian development2020

    • 著者名/発表者名
      Yachie N
    • 学会等名
      Cascadia 2.0
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2021-12-27  

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