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2018 年度 実績報告書

植物オルガネラのRNA編集複合体を再構築する

研究課題

研究課題/領域番号 18H02462
研究機関京都大学

研究代表者

竹中 瑞樹  京都大学, 理学研究科, 准教授 (10796163)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2022-03-31
キーワードRNA編集 / 植物ミトコンドリア / 葉緑体 / 転写後調節
研究実績の概要

陸上植物オルガネラのRNA編集は、RNA上の特定のC(シチジン)がU(ウリジン)に変換されるものである。これまでPPRやMORFタンパク質などRNA編集機構に関与するいくつかの因子が単離されてきたが、それぞれがどのように相互作用しRNA編集複合体を形作るのかは明らかになっていない。本研究では、各RNA編集因子の複合体内での機能を解析し、活性をもつRNA編集タンパク質複合体の再構築を目的とする。本年度の成果は以下の通りである。
1)MORFタンパク質と相互作用するタンパク質を免疫沈降により同定し、その遺伝子破壊株の解析をおこなった。いくつかの候補タンパク質はホモ変異体が致死であったため、その遺伝子を胚発生初期特異的プロモーターの下流へクローニングし、シロイヌナズナ変異体へ形質転換した。またPPR型の新たな編集因子であるMEF37とOTP90を同定した。本成果をPlantsに発表した。
2)タンパク質相互作用に影響を与えると予想されるアミノ酸を変異させたMORF1をクローニングし、シロイヌナズナT-DNA変異体へ導入した。また酵母ツーハイブリッド法、免疫沈降法により、いくつかの変異がMORF1の2量体、またはPPR-MORF1相互作用の形成に重要であることを明らかにした。
3)ゼニゴケのオルガネラ内でRNA編集複合体を再構築するため、シロイヌナズナで複合体を形成していると考えられるDYW2、MORF3.SLO2をゼニゴケに順次遺伝子導入したが、RNA編集は再現されなかった。このことは顕花植物のRNA複合体が予想されてきたよりも複雑であることを示唆している。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

顕花植物のRNA編集複合体の鍵となるMORFタンパク質と相互作用するタンパク質を同定し、遺伝学的にその機能を特定する計画はほぼ順調にすすんでいる。またMORF1のタンパク質相互作用に関与するアミノ酸を同定した。ゼニゴケを用いたRNA編集複合体の再構築に向けて、形質転換をすすめている。以上の理由により、概ね研究計画は順調にすすんでいると判断した。

今後の研究の推進方策

1)MORFタンパク質と相互作用するタンパク質がRNA編集にどのように関わっているのかを変異体解析により明らかにする。
2)MORF1だけでなく様々なMORFタンパク質とPPRタンパク質の相互作用を酵母ツーハイブリッド法、免疫沈降により解析する。
3)最近ヒメツリガネゴケのPPRタンパク質を単独で用いて大腸菌内でのRNA編集を再現する系が報告された。しかしヒメツリガネゴケはPPRタンパク質以外のMORFタンパク質などを持たない。より複雑な顕花植物のRNA編集複合体を再構築するためゼニゴケだけでなく、大腸菌の系、またはin vitro系の構築を目指す。

  • 研究成果

    (26件)

すべて 2020 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (6件) 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 4件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 4件、 招待講演 4件) 図書 (2件) 備考 (3件)

  • [国際共同研究] Helmholtz-Zentrum/Ulm University/Bonn University(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      Helmholtz-Zentrum/Ulm University/Bonn University
  • [国際共同研究] CONICET - University of Mar del Plata(アルゼンチン)

    • 国名
      アルゼンチン
    • 外国機関名
      CONICET - University of Mar del Plata
  • [国際共同研究] Institute of Plant Science Paris-Saclay(フランス)

    • 国名
      フランス
    • 外国機関名
      Institute of Plant Science Paris-Saclay
  • [国際共同研究] University of Nebraska-Lincoln(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      University of Nebraska-Lincoln
  • [国際共同研究] The Hebrew University of Jerusalem(イスラエル)

    • 国名
      イスラエル
    • 外国機関名
      The Hebrew University of Jerusalem
  • [国際共同研究]

    • 他の国数
      1
  • [雑誌論文] Mitochondrial Pentatricopeptide Repeat Protein, EMB2794, Plays a Pivotal Role in NADH Dehydrogenase Subunit nad2 mRNA Maturation in Arabidopsis thaliana2020

    • 著者名/発表者名
      Marchetti Fernanda、Cainzos Maximiliano、Shevtsov Sof?a、C?rdoba Juan Pablo、Sultan Laure Dora、Brennicke Axel、Takenaka Mizuki、Pagnussat Gabriela、Ostersetzer-Biran Oren、Zabaleta Eduardo
    • 雑誌名

      Plant and Cell Physiology

      巻: 61 ページ: 1080~1094

    • DOI

      10.1093/pcp/pcaa028

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] The Analysis of the Editing Defects in the dyw2 Mutant Provides New Clues for the Prediction of RNA Targets of Arabidopsis E+-Class PPR Proteins2020

    • 著者名/発表者名
      Malbert Bastien、Burger Matthias、Lopez-Obando Mauricio、Baudry Kevin、Launay-Avon Alexandra、Haertel Barbara、Verbitskiy Daniil、Joerg Anja、Berthome Richard、Lurin Claire、Takenaka Mizuki、Delannoy Etienne
    • 雑誌名

      Plants

      巻: 9 ページ: 280~280

    • DOI

      10.3390/plants9020280

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Plant organellar RNA editing: what 30?years of research has revealed2020

    • 著者名/発表者名
      Small Ian D.、Schallenberg‐Ruedinger Mareike、Takenaka Mizuki、Mireau Hakim、Ostersetzer‐Biran Oren
    • 雑誌名

      The Plant Journal

      巻: 101 ページ: 1040~1056

    • DOI

      https://doi.org/10.1111/tpj.14578

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] RNA editing mutants as surrogates for mitochondrial SNP mutants2019

    • 著者名/発表者名
      Takenaka Mizuki、Joerg Anja、Burger Matthias、Haag Sascha
    • 雑誌名

      Plant Physiology and Biochemistry

      巻: 135 ページ: 310~321

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.plaphy.2018.12.014

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] On the C-terminal DYW domain of PPR type RNA editing factors in plant organelles2020

    • 著者名/発表者名
      Mizuki Takenaka, Brody Frink, Ayako Maeda, Sachi Takenaka, Matthias Burger, Gert Weber
    • 学会等名
      第61回日本植物生理学会
  • [学会発表] RNA編集因子のDYWドメインはRNA配列の認識に関与するのか2020

    • 著者名/発表者名
      前田彩子、竹中佐知、竹中瑞樹
    • 学会等名
      第61回日本植物生理学会
  • [学会発表] Multiple RNA editing factors form active protein complexes in plant organelles2019

    • 著者名/発表者名
      Mizuki Takenaka, Matthias Burger, Sascha Haag, Anja Zehrmann, Gert Weber
    • 学会等名
      第21回日本RNA学会年会
  • [学会発表] Molecular machinery of C to U RNA editing in plant mitochondria and chloroplasts2019

    • 著者名/発表者名
      Mizuki Takenaka
    • 学会等名
      第92回日本生化学会
    • 招待講演
  • [学会発表] 植物オルガネラRNA editing複合体のフロンティア2019

    • 著者名/発表者名
      竹中瑞樹
    • 学会等名
      第136回日本植物育種学会
    • 招待講演
  • [学会発表] C-to-U RNA editing in chloroplasts and plant mitochondria requires PPR proteins and several co-factors2019

    • 著者名/発表者名
      Mizuki Takenaka, Matthias Burger, Sascha Haag, Anja Zehrmann, Brody Frink, Ayako Maeda, Sachi Takenaka, Gert Weber
    • 学会等名
      1st Japan-US Binational Seminer
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 植物オルガネラのRNA編集を担う酵素とその複合体2019

    • 著者名/発表者名
      竹中瑞樹
    • 学会等名
      植物RNA研究ネットワークシンポジウム
  • [学会発表] Dimerization is required for function of MORF proteins in the RNA editing complex in plant organelles.2019

    • 著者名/発表者名
      Mizuki Takenaka
    • 学会等名
      Gordon Research Conference: RNA editing, Lucca, Italy
    • 国際学会
  • [学会発表] Reassembly of complex plant RNA editosomes in mitochondria of Marchantia polymorpha.2019

    • 著者名/発表者名
      Mizuki Takenaka
    • 学会等名
      11th International congress of plant mitochondria, Ein Gedi, Israel
    • 国際学会
  • [学会発表] RNA editing factors in chloroplasts2018

    • 著者名/発表者名
      Mizuki Takenaka
    • 学会等名
      International Symposium on Photosynthesis and Chloroplast Biogenesis, Kurashiki
  • [学会発表] Function of MORF proteins in RNA editosomes of plant organelles.2018

    • 著者名/発表者名
      Mizuki Takenaka
    • 学会等名
      The 1st Asia-Oceania International Congress on Photosynthesis, Beijing, China
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] Requirement of Various Protein Combinations for Each C-to-U RNA Editosome in Plant Organelles. RNA Metabolism in Mitochondria. Nucleic Acids and Molecular Biology, vol 342018

    • 著者名/発表者名
      Mizuki Takenaka, Anja Joerg, Matthias Burger, Sascha Haag
    • 総ページ数
      -
    • 出版者
      Springer
  • [図書] The Yeast Three-Hybrid System for Protein Interactions2018

    • 著者名/発表者名
      Franziska Glass, Mizuki Takenaa
    • 総ページ数
      -
    • 出版者
      Humana Press, New York, NY
  • [備考] Mizuki Takenaka's lab

    • URL

      https://sites.google.com/site/mizukitakenakassite/home

  • [備考] 京都大学理学研究科 竹中 瑞樹

    • URL

      http://www.sci.kyoto-u.ac.jp/ja/research/researcher/mizukitakenaka-bi.html

  • [備考] 京都大学理学研究科 植物分子遺伝学

    • URL

      https://sites.google.com/view/shikanailab/

URL: 

公開日: 2021-01-27  

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