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日本人男性345名のY染色体の全塩基配列決定を行い系統解析を行った。その結果、本土日本人男性では35.4％の頻度で観察されるが、他の東アジア人には観察されないクレードを発見した。遺伝子系図解析によって過去の人口変動を推定したところ、縄文時代晩期から弥生時代にかけて人口が急激に減少したことが示された。
47都道府県の全ゲノムSNPアリル頻度データを用いて解析を行い、都道府県間の遺伝的差異は、縄文人に由来するゲノム成分の程度と地理的位置関係によって説明できることを見出した。興味深い発見の一つは、近畿地方及び四国地方の人々が遺伝的に中国・漢民族に近いことであった。
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