| 研究課題/領域番号 |
18H02680
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分50010:腫瘍生物学関連
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| 研究機関 | 東京大学 (2019-2021)
京都大学 (2018) |
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研究代表者 |
藤本 明洋 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 教授 (30525853)
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| 研究分担者 |
中川 英刀 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2022-03-31
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| キーワード | 長鎖シークエンサー / 肝癌 / 転写産物の全長 / HBV |
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| 研究成果の概要 |
申請者らは、長鎖シークエンスデータの解析を目的として、全ゲノムシークエンスの解析手法（CAMPHORソフトウエア）、トランスクリプトームの解析手法（SPLICEソフトウエア）を開発した。また、この方法を用いて肝癌11ペア（癌部と非癌部肝臓 計22サンプル）の全ゲノムシークエンス、42ペア（癌部と非癌部肝臓 計84サンプル HBV陽性は16ペア 32サンプル）のトランスクリプトームシークエンスを行った(1,2)。これらの研究により、肝癌の複雑な構造異常、B型肝炎ウイルス（HBV）のゲノムへの組み込み箇所、肝癌で発現変化した転写産物や融合遺伝子を同定した。
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| 自由記述の分野 |
人類遺伝学
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
肝癌は、世界の癌死の第３位に挙げられる予後不良の癌であり、有効な治療法の確立が急務である。これらの疾患の発症機序解明や治療ターゲットの発見のために、多くのゲノム、転写産物の研究が行われてきた。しかし、それらの先行研究は、短鎖（リード長が短い）の次世代シークエンサー（NGS）を用いて行われており、リピートを介した構造異常の検出や、転写産物の全長の解析が不可能であった。本研究は、長鎖シークエンサーを用いた初の肝癌のトランスクリプトーム研究であり、発癌に寄与する遺伝子候補が多数同定された。
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