プロテオゲノミクスによる悪性骨軟部腫瘍の新たなバイオマーカーの探索とその応用

2020 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 18H02933
• 研究機関: 国立研究開発法人国立がん研究センター
• 研究代表者: 川井 章 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 科長 (90252965)
• 研究分担者: 近藤 格 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 分野長 (30284061) ; 市川 仁 国立研究開発法人国立がん研究センター, 先端医療開発センター, ユニット長 (30201924) ; 吉田 朗彦 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医員 (80574780) ; 野口 玲 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 特任研究員 (30779682) ; 吉松 有紀 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 特任研究員 (60808632)
• 研究期間 (年度): 2018-04-01 – 2021-03-31
• キーワード: プロテオゲノミクス / 肉腫 / バイオマーカー / 患者由来がんモデル / 細胞株

研究実績の概要

本研究では、肉腫のゲノム・プロテオームの背景を理解することで、転移・再発・治療抵抗性といった臨床的に重要な事象の分子背景を解明しようとしている。本研究の最終的な目的は、鑑別診断や治療効果予測のためのバイオマーカーの開発を通じて、肉腫の治療成績を向上させることにある。国立がん研究センター中央病院を受診した肉腫症例のうち、典型的な組織像と特徴的な遺伝子異常によって確定診断されている症例を対象とし、腫瘍組織を使用した研究を行った。令和元年にゲノムデータと質量分析のデータを得て、国立がん研究センターで開発されたソフトウェアを用いて、プロテオゲノミクスのデータを作成した。令和２年度は、組織型が異なる肉腫、転移再発や治療抵抗性について異なる病像を示す症例などを対象として、差分解析を行った。比較解析は、質的な比較に加えて定量的な比較も行った。インフォマティクスの解析にはバイオコンダクターなど既存の手法を使用し、クラスター解析や主成分分析によってデータを可視化することで、群間比較によるタンパク質の差分解析に加えて、発現差がもたらすサンプルのグループ化にも注目した。また、抗がん剤の標的となるリン酸化酵素の活性を網羅的に調べるプロテオーム解析を実施した。酵素の発現量と活性は必ずしも比例しないことから、活性そのものを調べることで、従来の解析では同定することができなかった事象を捉えることができるかどうかを検討した。また、肉腫の悪性度に相関すると考えられるバイオマーカー候補となるタンパク質の機能解析を目的として、患者由来がんモデル（ゼノグラフトや細胞株）の樹立を試みた。限られた症例数しか網羅的解析の対象とすることができないという希少がん研究の難しい点を、モデル系を用いた機能解析によって補完することを試みる。複数の肉腫組織型について樹立に成功した。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [雑誌論文] Elective Cancer Surgery in COVID-19?Free Surgical Pathways During the SARS-CoV-2 Pandemic: An International, Multicenter, Comparative Cohort Study (2021)
  • 著者名/発表者名: James C Glasbey、Dmitri Nepogodiev、Joana F F Simoes Omar Omar、COVIDSurg Collaborative. et.al
  • 雑誌名: Journal of Clinical Oncology 巻: 39 ページ: 66～78
  • DOI: 10.1200/jco.20.01933
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Yokukansan for Treatment of Preoperative Anxiety and Prevention of Postoperative Delirium in Cancer Patients Undergoing Highly Invasive Surgery. J-SUPPORT 1605 (ProD Study): A Randomized, Double-Blind, Placebo-Controlled Trial (2021)
  • 著者名/発表者名: Wada Saho、Sadahiro Ryoichi、Matsuoka Yutaka J.、Uchitomi Yosuke、Yamaguchi Takuhiro、Sato Tetsufumi、Shimada Kazuaki、Yoshimoto Seiichi、Daiko Hiroyuki、Kanemitsu Yukihide、Kawai Akira、Kato Tomoyasu、Fujimoto Hiroyuki、Shimizu Ken
  • 雑誌名: Journal of Pain and Symptom Management 巻: 61 ページ: 71～80
  • DOI: 10.1016/j.jpainsymman.2020.07.009
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Multimodal treatment including standard chemotherapy with vincristine, doxorubicin, cyclophosphamide, ifosfamide, and etoposide for the Ewing sarcoma family of tumors in Japan: Results of the Japan Ewing Sarcoma Study 04 (2020)
  • 著者名/発表者名: Chin Motoaki、Yokoyama Ryohei、Sumi Minako、Okita Hajime、Kawai Akira、Hosono Ako、Koga Yuhki、Sano Hideki、Watanabe Hiroyoshi、Ozaki Toshifumi、Mugishima Hideo、Japan Ewing Sarcoma Study Group (JESS)
  • 雑誌名: Pediatric Blood & Cancer 巻: 67 ページ: e28194
  • DOI: 10.1002/pbc.28194
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Diagnosis and management of tropomyosin receptor kinase (TRK) fusion sarcomas: expert recommendations from the World Sarcoma Network (2020)
  • 著者名/発表者名: Demetri G.D、Antonescu C.R、Bjerkehagen B、Bove J.V.M.G、Dei Tos A.P、Desai J、Fletcher J.A、Gelderblom H、George S、Gronchi A、Haas R.L、Hindi N、Hohenberger P、Kawai A.et.al
  • 雑誌名: Annals of Oncology 巻: 31 ページ: 1506～1517
  • DOI: 10.1016/j.annonc.2020.08.2232
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Time lapse analysis of tumor response in patients with soft tissue sarcoma treated with trabectedin: A pooled analysis of two phase II clinical trials (2020)
  • 著者名/発表者名: Endo Makoto、Takahashi Shunji、Araki Nobuhito、Sugiura Hideshi、Ueda Takafumi、Yonemoto Tsukasa、Takahashi Mitsuru、Morioka Hideo、Hiraga Hiroaki、Hiruma Toru、Kunisada Toshiyuki、Matsumine Akihiko、Goda Kazato、Kawai Akira
  • 雑誌名: Cancer Medicine 巻: 9 ページ: 3656～3667
  • DOI: 10.1002/cam4.2991
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Publisher Correction: Integrated exome and RNA sequencing of dedifferentiated liposarcoma (2020)
  • 著者名/発表者名: Hirata Makoto、Asano Naofumi、Katayama Kotoe、Yoshida Akihiko、Kondo Tadashi、Kawai Akira.et.al
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 11 ページ: 1024
  • DOI: 10.1038/s41467-020-14680-8
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Symptomatic Venous Thromboembolism in Patients with Malignant Bone and Soft Tissue Tumors: A Prospective Multicenter Cohort Study (2020)
  • 著者名/発表者名: Iwata Shintaro、Japanese Musculoskeletal Oncology Group (JMOG)、Kawai Akira、Ueda Takafumi、Ishii Takeshi
  • 雑誌名: Annals of Surgical Oncology 巻: - ページ: -
  • DOI: 10.1245/s10434-020-09308-6
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Osteosarcoma in patients over 50 years of age: Multi-institutional retrospective analysis of 104 patients (2020)
  • 著者名/発表者名: Nagano Akihito、Matsumoto Seiichi、Kawai Akira.et.al
  • 雑誌名: Journal of Orthopaedic Science 巻: 25 ページ: 319～323
  • DOI: 10.1016/j.jos.2019.04.008
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Risk factors of local recurrence after surgery in extraabdominal desmoid‐type fibromatosis: A multicenter study in Japan (2020)
  • 著者名/発表者名: Nishida Yoshihiro、Hamada Shunsuke、Kawai Akira、Kunisada Toshiyuki、Ogose Akira、Matsumoto Yoshihiro、Ae Keisuke、Toguchida Junya、Ozaki Toshifumi、Hirakawa Akihiro、Motoi Toru、Sakai Tomohisa、Kobayashi Eisuke、Gokita Tabu、Okamoto Takeshi、Matsunobu Tomoya、Shimizu Koki、Koike Hiroshi
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: 111 ページ: 2935～2942
  • DOI: 10.1111/cas.14528
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] MASTER KEY Project: Powering Clinical Development for Rare Cancers Through a Platform Trial (2020)
  • 著者名/発表者名: Okuma Hitomi S.、Yonemori Kan、Narita Shoko N.、Sukigara Tamie、Hirakawa Akihiro、Shimizu Toshio、Shibata Taro、Kawai Akira、Yamamoto Noboru、Nakamura Kenichi、Nishida Toshiro、Fujiwara Yasuhiro
  • 雑誌名: Clinical Pharmacology & Therapeutics 巻: 108 ページ: 596～605
  • DOI: 10.1002/cpt.1817
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Establishment and characterization of patient-derived cancer models of malignant peripheral nerve sheath tumors (2020)
  • 著者名/発表者名: Oyama Rieko、Kito Fusako、Takahashi Mami、Hattori Emi、Noguchi Rei、Takai Yoko、Sakumoto Marimu、Qiao Zhiwei、Toki Shunichi、Sugawara Masato、Tanzawa Yoshikazu、Kobayashi Eisuke、Nakatani Fumihiko、Iwata Shintaro、Yoshida Akihiko、Kawai Akira、Kondo Tadashi
  • 雑誌名: Cancer Cell International 巻: 20 ページ: 58
  • DOI: 10.1186/s12935-020-1128-z
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Feasibility of Targeting Traf2-and-Nck-Interacting Kinase in Synovial Sarcoma (2020)
  • 著者名/発表者名: Sekita Tetsuya、Yamada Tesshi、Kobayashi Eisuke、Yoshida Akihiko、Hirozane Toru、Kawai Akira、Uno Yuko、Moriyama Hideki、Sawa Masaaki、Nagakawa Yuichi、Tsuchida Akihiko、Matsumoto Morio、Nakamura Masaya、Nakayama Robert、Masuda Mari
  • 雑誌名: Cancers 巻: 12 ページ: 1258～1258
  • DOI: 10.3390/cancers12051258
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Effectiveness of doxorubicin-based and liposomal doxorubicin chemotherapies for patients with extra-abdominal desmoid-type fibromatosis: a systematic review (2020)
  • 著者名/発表者名: Shimizu Koki、Kawashima Hiroyuki、Kawai Akira、Yoshida Masahiro、Nishida Yoshihiro
  • 雑誌名: Japanese Journal of Clinical Oncology 巻: 50 ページ: 1274～1281
  • DOI: 10.1093/jjco/hyaa125
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Prognostic factors of metastatic myxoid liposarcoma (2020)
  • 著者名/発表者名: Shinoda Yusuke、Kobayashi Eisuke、Kobayashi Hiroshi、Mori Tomoaki、Asano Naofumi、Nakayama Robert、Morioka Hideo、Iwata Shintaro、Yonemoto Tsukasa、Ishii Takeshi、Hiruma Tohru、Kawai Akira、Kawano Hirotaka
  • 雑誌名: BMC Cancer 巻: 20 ページ: 883
  • DOI: 10.1186/s12885-020-07384-1
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Establishment and characterization of a novel alveolar rhabdomyosarcoma cell line, NCC-aRMS1-C1 (2020)
  • 著者名/発表者名: Sin Yooksil、Yoshimatsu Yuki、Noguchi Rei、Tsuchiya Ryuto、Sei Akane、Ono Takuya、Toki Shunichi、Kobayashi Eisuke、Arakawa Ayumu、Sugiyama Masanaka、Yoshida Akihiko、Kawai Akira、Kondo Tadashi
  • 雑誌名: Human Cell 巻: 33 ページ: 1311～1320
  • DOI: 10.1007/s13577-020-00403-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effect of Doxorubicin Plus Olaratumab vs Doxorubicin Plus Placebo on Survival in Patients With Advanced Soft Tissue Sarcomas (2020)
  • 著者名/発表者名: Tap WD、Wagner AJ、Schöffski P、Kawai Akira, et al
  • 雑誌名: JAMA 巻: 323 ページ: 1266～1266
  • DOI: 10.1001/jama.2020.1707
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Expanding the clinicopathologic and molecular spectrum of BCOR ‐associated sarcomas in adults (2020)
  • 著者名/発表者名: Yoshida Akihiko、Arai Yasuhito、Hama Natsuko、Chikuta Hiroshi、Bando Yoshimi、Nakano Seiichi、Kobayashi Eisuke、Shibahara Junji、Fukuhara Hiroshi、Komiyama Motokiyo、Watanabe Shun‐ichi、Tamura Kenji、Kawai Akira、Shibata Tatsuhiro
  • 雑誌名: Histopathology 巻: 76 ページ: 509～520
  • DOI: 10.1111/his.14023
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] NKX3-1 Is a Useful Immunohistochemical Marker of EWSR1-NFATC2 Sarcoma and Mesenchymal Chondrosarcoma (2020)
  • 著者名/発表者名: Yoshida Ken-ichi、Machado Isidro、Motoi Toru、Parafioriti Antonina、Lacambra Maribel、Ichikawa Hitoshi、Kawai Akira、Antonescu Cristina R.、Yoshida Akihiko
  • 雑誌名: American Journal of Surgical Pathology 巻: 44 ページ: 719～728
  • DOI: 10.1097/pas.0000000000001441
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Establishment and characterization of NCC-CDS2-C1: a novel patient-derived cell line of CIC-DUX4 sarcoma (2020)
  • 著者名/発表者名: Yoshimatsu Yuki、Noguchi Rei、Tsuchiya Ryuto、Kito Fusako、Sei Akane、Sugaya Jun、Nakagawa Makoto、Yoshida Akihiko、Iwata Shintaro、Kawai Akira、Kondo Tadashi
  • 雑誌名: Human Cell 巻: 33 ページ: 427～436
  • DOI: 10.1007/s13577-019-00312-x
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Establishment and characterization of NCC-DFSP3-C1: a novel patient-derived dermatofibrosarcoma protuberans cell line (2020)
  • 著者名/発表者名: Yoshimatsu Yuki、Noguchi Rei、Tsuchiya Ryuto、Sei Akane、Nakagawa Makoto、Yoshida Akihiko、Kawai Akira、Kondo Tadashi
  • 雑誌名: Human Cell 巻: 33 ページ: 894～903
  • DOI: 10.1007/s13577-020-00365-3
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Establishment and characterization of NCC-ASPS1-C1: a novel patient-derived cell line of alveolar soft-part sarcoma (2020)
  • 著者名/発表者名: Yoshimatsu Yuki、Noguchi Rei、Tsuchiya Ryuto、Sei Akane、Sugaya Jun、Fukushima Suguru、Yoshida Akihiko、Kawai Akira、Kondo Tadashi
  • 雑誌名: Human Cell 巻: 33 ページ: 1302～1310
  • DOI: 10.1007/s13577-020-00382-2
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Establishment and characterization of NCC-ssRMS1-C1: a novel patient-derived spindle-cell/sclerosing rhabdomyosarcoma cell line (2020)
  • 著者名/発表者名: Yoshimatsu Yuki、Noguchi Rei、Tsuchiya Ryuto、Sei Akane、Sugaya Jun、Iwata Shintaro、Sugiyama Masanaka、Yoshida Akihiko、Kawai Akira、Kondo Tadashi
  • 雑誌名: Human Cell 巻: 33 ページ: 886～893
  • DOI: 10.1007/s13577-020-00359-1
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Establishment and characterization of NCC-SS3-C1: a novel patient-derived cell line of synovial sarcoma (2020)
  • 著者名/発表者名: Yoshimatsu Yuki、Noguchi Rei、Tsuchiya Ryuto、Sei Akane、Sugaya Jun、Iwata Shintaro、Yoshida Akihiko、Kawai Akira、Kondo Tadashi
  • 雑誌名: Human Cell 巻: 33 ページ: 877～885
  • DOI: 10.1007/s13577-020-00354-6
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Establishment and characterization of NCC-DDLPS1-C1: a novel patient-derived cell line of dedifferentiated liposarcoma (2020)
  • 著者名/発表者名: Tsuchiya Ryuto、Yoshimatsu Yuki、Noguchi Rei、Sei Akane、Takeshita Fumitaka、Sugaya Jun、Fukushima Suguru、Yoshida Akihiko、Ohtori Seiji、Kawai Akira、Kondo Tadashi
  • 雑誌名: Human Cell 巻: 34 ページ: 260～270
  • DOI: 10.1007/s13577-020-00436-5
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] 希少がん研究の推進に向けた患者由来「希少がん」モデルの網羅的な樹立 (2020)
  • 著者名/発表者名: 野口玲、吉松有紀、吉田朗彦、川井章、近藤格
  • 学会等名: 第38回日本ヒト細胞学会学術集会
• [学会発表] 粘液型脂肪肉腫の抗腫瘍効果を有する薬剤および薬剤標的の同定：患者由来がん細胞と網羅的チロシンキナーゼ活性アッセイを用いて (2020)
  • 著者名/発表者名: 野口玲、吉松有紀、清茜、平林かおる、星暢夫、尾澤巌、菊田一貴、近藤格
  • 学会等名: 第38回日本ヒト細胞学会学術集会
• [学会発表] 胞巣状軟部肉腫に抗腫瘍効果を示す抗がん剤の探索 (2020)
  • 著者名/発表者名: 吉松有紀、 野口玲、土屋琉人、清茜、吉田朗彦、川井章、近藤格
  • 学会等名: 第38回日本ヒト細胞学会学術集会
• [学会発表] プロテオゲノミクスによる悪性末梢神経鞘腫の新規予後予測バイオマーカーの探索 (2020)
  • 著者名/発表者名: 土屋流人、野口玲、吉松有紀、申育實、小野拓也、清茜、川井章、小迫英尊、近藤格
  • 学会等名: 第18回関東骨軟部腫瘍の基礎を語る会
• [学会発表] Drug screening and kinase activity profiling for novel treatment in myxoid liposarcoma (2020)
  • 著者名/発表者名: 野口玲、吉松有紀、星暢夫、尾澤巌、菊田一貴、近藤格
  • 学会等名: 第79回日本癌学会学術総会
• [学会発表] International Cancer Proteogenomics Consortium (ICPC)の活動の紹介 (2020)
  • 著者名/発表者名: 土屋流人、野口玲、吉松有紀、申育實、清茜、岩田慎太郎、大鳥精司、川井章、近藤格
  • 学会等名: 第53回日本整形外科学会 骨・軟部腫瘍学術集会
• [学会発表] PATIENT-DERIVED SARCOMA MODELS TOWARDS NOVEL BIOLOGY AND TREATMENT. (2020)
  • 著者名/発表者名: Kondo T, Noguchi R, Yoshimatsu Y, Tsuchiya R, Ono T, Sin Y, Sei A,Takayashi M, Sugaya J, Yoshida A, Hirabayashi K, Ozawa I, Kosako H,Ichikawa H, Kikuta K, Kawai A.
  • 学会等名: Connective Tissue Oncology Society: CTOS2020
  • 国際学会
• [学会発表] Sarcoma proteogenomic using multi-layer omics profiles and patient-derived cancer. (2020)
  • 著者名/発表者名: Kondo T, Noguchi R, Yoshimatsu Y, Sin Y, Tsuchiya R, Ono T, Sei A, Kosako H, Kikuta K, Kawai A.
  • 学会等名: 19th Human Proteome Organization World Congres
  • 国際学会
• [学会発表] OncoProGx: Proteogenomics tool to generate theoretical sample-specific proteome database (2020)
  • 著者名/発表者名: Noguchi R, Yoshimatsu Y, Tsuchiya R, Ono T, Sei A, Kosako H, Kondo T.
  • 学会等名: 19th Human Proteome Organization World Congress
  • 国際学会
• [学会発表] Functional proteogenomics using patient-derived cancer model for sarcoma research. (2020)
  • 著者名/発表者名: Yoshimatsu Y, Noguchi R, Tsuchiya R, Sei A,Yoshida A, Kawai A, Kondo T.
  • 学会等名: 19th Human Proteome Organization World Congress
  • 国際学会
• [学会発表] Kinetic feature on NCC-aRMS1-C1, a novel alveolar rhabdomyosarcoma cell line, offers new treatment strategy to ARMS. (2020)
  • 著者名/発表者名: Sin Y, Yoshimatsu Y, Noguchi R, Tsuchiya R, Sei A, Ono T, Toki S, Kobayashi E, Arakawa A, Sugiyama M, Yoshida A, Kawai A, Kondo T.
  • 学会等名: 19th Human Proteome Organization World Congress
  • 国際学会
• [学会発表] Proteogenomics for novel prognostic biomarkers in malignant peripheral nerve sheath tumor (2020)
  • 著者名/発表者名: Tsuchiya R, Noguchi R, Yoshimatsu Y, Sin Y, Ono T, Sei A, Kosako H, Kawai A,Kondo T.
  • 学会等名: 19th Human Proteome Organization World Congress
  • 国際学会