情報工学的なデータベース横断解析法に基づく翻訳アレスト配列の全貌解明

2018 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 18H03330
• 研究機関: 金沢大学
• 研究代表者: 高橋 広夫 金沢大学, 薬学系, 准教授 (30454367)
• 研究分担者: 伊藤 素行 千葉大学, 大学院薬学研究院, 教授 (20377906) ; 尾之内 均 北海道大学, 農学研究院, 准教授 (50322839) ; 佐々木 博己 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 部門長 (60235265) ; 町田 泰則 名古屋大学, 理学研究科, 名誉教授 (80175596)
• 研究期間 (年度): 2018-04-01 – 2022-03-31
• キーワード: バイオインフォマティクス / 翻訳アレスト / 非コード領域 / オミックス / 翻訳制御 / データベース横断解析

研究実績の概要

翻訳アレスト配列をゲノム網羅的に同定するために、コンピュータ解析による配列ビッグデータ横断解析に基づく情報工学的な方法論を確立し、ESUCA法と名付け、論文として発表した(Takahashi et al., BMC Genomics, 2020)。ESUCA法の支援手法として、アレスト配列とタンパク質酵素活性配列のmicro syntenyを活用したクラスタリング手法を開発して、ESUCA法の出力結果をクラスタリングして、アレスト配列候補配列を類似性の高いホモロジーグループ(HG)に分類することが出来た。ESUCA法を5つの植物ゲノム(シロイヌナズナ、イネ、ポプラ、ブドウ、トマト)に応用することで、新規のアレスト配列候補配列を抽出し、100近くの新規HGを発見した。植物に関する11個のアレスト配列候補配列をルシフェラーゼによる実験的に検証することで、少なくとも5個アレスト配列を発見しこの成果を論文として発表することが出来た(Takahashi et al., BMC Genomics, 2020)。4つ動物ゲノム(ヒト、ショウジョウバエ、ゼブラフィッシュ、ニワトリ)に応用することで、1000個近くのアレスト候補配列を抽出した (Takahashi et al., bioRxiv, 2020)。ヒトゲノム上の翻訳アレスト配列候補配列は、web上に公開されたRibo-Seqデータに基づき、可能性が高い候補を選んで実験を行ったところ、7個のアレスト配列候補配列を同定できた。この研究についても、論文を準備中である。

現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初は、膨大な候補データが出力され、詳細な検討が困難になったため、遅れが生じたが、様々な工夫をすることで、解決出来た。現在では、予想以上に、良好な結果が得られている。

今後の研究の推進方策

これまで、進化保存的なAUG型uORFに注目したが、non-AUG型uORFに着目して、より多くの翻訳アレスト配列を見つけることを試みている。

研究成果

• [雑誌論文] Comprehensive genome-wide identification of angiosperm upstream ORFs with peptide sequences conserved in various taxonomic ranges using a novel pipeline, ESUCA (2020)
  • 著者名/発表者名: Takahashi H., Hayashi N., Hiragori Y., Sasaki S., Motomura T., Yamashita Y., Naito S., Takahashi A., Fuse K., Satou K., Endo T., Kojima S., and Onouchi H.
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: 21 ページ: 260
  • DOI: 10.1186/s12864-020-6662-5
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Excess sterols disrupt plant cellular activity by inducing stress-responsive gene expression (2020)
  • 著者名/発表者名: Shimada T. L., Yamaguchi K., Shigenobu S., Takahashi H., Murase M., Fukuyoshi S., Hara-Nishimura I.
  • 雑誌名: J. Plant Res.
  • DOI: 10.1007/s10265-020-01181-4
  • 査読あり
• [雑誌論文] Efficacy of glutathione inhibitors for the treatment of ARID1A-deficient diffuse-type gastric cancers (2020)
  • 著者名/発表者名: Sasaki M., Chiwaki F., Kuroda T., Komatsu M., Matsusaki K., Kohno T., Sasaki H., Ogiwara H.
  • 雑誌名: Biochemical and Biophysical Research Communications 巻: 522 ページ: 342-347
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2019.11.078
  • 査読あり
• [雑誌論文] CD24 and CK4 are upregulated by SIM2, and are predictive biomarkers for chemoradiotherapy and surgery in esophageal cancer (2020)
  • 著者名/発表者名: Takashima K., Fujii S., Komatsuzaki R., Komatsu M., Takahashi M., Kojima T., Daiko H., Minashi K., Chiwaki F., Muto M., Sasaki H., Yano T.
  • 雑誌名: International Journal of Oncology 巻: 56 ページ: 835-847
  • DOI: 10.3892/ijo.2020.4963
  • 査読あり
• [雑誌論文] The formation of perinucleolar bodies is important for normal leaf development and requires the zinc-finger DNA - binding motif in Arabidopsis ASYMMETRIC LEAVES2 (2020)
  • 著者名/発表者名: Luo L., Ando S., Sakamoto Y., Suzuki T., Takahashi H., Ishibashi N., Kojima S., Kurihara D., Higashiyama T., Yamamoto K., Matsunaga S., Machida C., Sasabe M., Machida Y.
  • 雑誌名: The Plant Journal 巻: 101 ページ: 1118-1134
  • DOI: 10.1111/tpj.14579
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Reverse genetics-based biochemical studies of the ribosomal exit tunnel constriction region in eukaryotic ribosome stalling : spatial allocation of the regulatory nascent peptide at the constriction (2020)
  • 著者名/発表者名: Takamatsu S, Ohashi Y, Onoue N, Tajima Y, Imamichi T, Yonezawa S, Morimoto K, Onouchi H, Yamashita Y, and Naito S
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 48 ページ: 1985-1999
  • DOI: 10.1093/nar/gkz1190
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Draft Genome Sequence of Aspergillus terreus High-Itaconic-Acid-Productivity Strain IFO6365 (2020)
  • 著者名/発表者名: Takahashi H., Minami T., Okabe M., Park E.Y., Fujimoto T., Takahashi A., Murase M., Fukuyoshi S., Satou K., and Kanamasa S.
  • 雑誌名: Microbiol. Resour. Announc. 巻: － ページ: －
  • DOI: 10.1128/MRA.00080-20
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Actin Filament Disruption Alters Phragmoplast Microtubule Dynamics during the Initial Phase of Plant Cytokinesis (2020)
  • 著者名/発表者名: Maeda K., Sasabe M., Hanamata S., Machida Y., Hasezawa S., Higaki T.
  • 雑誌名: Plant and Cell Physiology 巻: 61 ページ: 445-456
  • DOI: 10.1093/pcp/pcaa003
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Patient-derived xenograft models of non-small cell lung cancer for evaluating targeted drugsensitivity and resistance (2019)
  • 著者名/発表者名: Kita K., Fukuda K., Takahashi H., Tanimoto A., Nishiyama A., Arai S., Takeuchi S., Yamashita K., Ohtsubo K., Otani S., Yanagimura N., Suzuki C., Ikeda H., Tamura M., Matsumoto I., Yano S.
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: 110 ページ: 3215-3224
  • DOI: 10.1111/cas.14171
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Draft Genome Sequence of Saccharomyces cerevisiae Strain Pf-1, Isolated from Prunus mume (2019)
  • 著者名/発表者名: Kanamasa Shin、Yamaguchi Daiki、Machida Chiyoko、Fujimoto Tsukasa、Takahashi Anna、Murase Masataka、Fukuyoshi Shuichi、Oda Akifumi、Satou Kenji、Takahashi Hiro
  • 雑誌名: Microbiology Resource Announcements 巻: 8 ページ: e01169-19
  • DOI: 10.1128/MRA.01169-19
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Draft Genome Sequence of Aspergillus terreus High-Itaconic-Acid-Productivity Mutant TN-484 (2019)
  • 著者名/発表者名: Kanamasa Shin、Minami Tomoyuki、Okabe Mitsuyasu、Park Enoch Y.、Fujimoto Tsukasa、Takahashi Anna、Murase Masataka、Fukuyoshi Shuichi、Oda Akifumi、Satou Kenji、Takahashi Hiro
  • 雑誌名: Microbiology Resource Announcements 巻: 8 ページ: e01170-19
  • DOI: 10.1128/MRA.01170-19
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] SIMON : Simple methods for analyzing DNA methylation by targeted bisulfite next-generation sequencing (2019)
  • 著者名/発表者名: Vial-Pradel S., Hasegawa Y., Nakagawa A., Miyaki S., Machida Y., Kojima S., Machida C., Takahashi H.
  • 雑誌名: Plant Biotechnology 巻: 36 ページ: 213-222
  • DOI: 10.5511/plantbiotechnology.19.0822a
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Targeting the Vulnerability of Glutathione Metabolism in ARIDlA-Deficient Cancers (2019)
  • 著者名/発表者名: Ogiwara H., Takahashi K., Sasaki M., Kuroda T., Watanabe R., Yoshida H., Maruyama A., Makinoshima H., Chiwaki F., Sasaki H., Kato T., Okamoto A., Kohno T.
  • 雑誌名: Cancer Cell 巻: 35 ページ: 177-190.e8
  • DOI: 10.1016/j.ccell.2018.12.009
  • 査読あり
• [雑誌論文] Upregulation of IGF2R evades lysosomal dysfunction-induced apoptosis of cervical cancer cells via transport of cathepsins (2019)
  • 著者名/発表者名: Takeda T., Komatsu M., Chiwaki F., Komatsuzaki R., Nakamura K., Tsuji K., Kobayashi Y., Tominaga E., Ono M., Banno K., Aoki D., Sasaki H.
  • 雑誌名: Cell Death & Disease 巻: 10 ページ: 876
  • DOI: 10.1038/s41419-019-2117-9
  • 査読あり
• [雑誌論文] バイオインフォマティクスによる配列データベース横断解析に基づく機能上流ORFの推定 (2019)
  • 著者名/発表者名: 高橋広夫・伊藤素行・尾之内均
  • 雑誌名: 生物工学会誌 巻: 97 ページ: 496-499
• [雑誌論文] A newly developed feeder and oxygen measurement system reveals the effects of aging and obesity on the metabolic rate of zebrafish (2019)
  • 著者名/発表者名: Yang P., Yamaki M., Kuwabara S., Kajiwara R., Itoh M.
  • 雑誌名: Exp. Gerontol. 巻: 127 ページ: 110720
  • DOI: 10.1016/j.exger.2019.110720
  • 査読あり
• [雑誌論文] Arabidopsis zinc-finger-like protein ASYMMETRIC LEAVES2 (AS2) and two nucleolar proteins maintain gene body DNA methylation in the leaf polarity gene ETTIN (ARF3) (2018)
  • 著者名/発表者名: Vial-Pradel S., Keta S., Nomoto M., Luo L., Takahashi H., Suzuki M., Yokoyama Y., Sasabe M., Kojima S., Tada Y., Machida Y., and Machida C.
  • 雑誌名: Plant Cell Physiol. 巻: 59 ページ: 1385-1397
  • DOI: 10.1093/pcp/pcy031
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Draft Genome Sequence of Yeast Saccharomyces cerevisiae Strain Hm-1 Isolated from Cotton Rosemallow (2018)
  • 著者名/発表者名: Takahashi H., Sakagawa E., Sakakibara I., Machida C., Miyaki S., Takahashi A., Onai S., Fukuyoshi S., Ohta A., Satou K., and Kanamasa S.
  • 雑誌名: Microbiol. Resour. Announc. 巻: 7 ページ: e01184-18
  • DOI: 10.1128/MRA.01184-18
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Draft Genome Sequence of the Trebouxiophyceae sp. Strain KSI-1 Isolated from an Island Hot Spring (2018)
  • 著者名/発表者名: Takahashi H., Tanaka S., Hayashi S., Miyaki S., Takahashi A., Onai S., Fukuyoshi S., and Miyasaka H.
  • 雑誌名: Microbiol. Resour. Announc. 巻: 7 ページ: e01185-18
  • DOI: 10.1128/MRA.01185-18
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Notch signaling regulates the expression of glycolysis-related genes in a context-dependent manner during embryonic development. (2018)
  • 著者名/発表者名: Kuwabara S., Yamaki M., Yu H., Itoh M.
  • 雑誌名: Biochem. Biophys. Res. Commun. 巻: 503 ページ: 803-808
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2018.06.079
  • 査読あり
• [雑誌論文] Expression levels of UL16 binding protein 1 and natural killer group 2 member D affect overall survival in patients with gastric cancer following gastrectomy (2018)
  • 著者名/発表者名: Kamei R., Yoshimura K., Yoshino S., Inoue M., Asao T., Fuse M., Wada S., Kuramasu A., Furuya-Kondo T., Oga A., Iizuka N., Suzuki N., Maeda N., Watanabe Y., Matsukuma S., Iida M., Takeda S., Ueno T., Yamamoto N., Fukagawa T., Katai H., Sasaki H., Hazama S., Oka M., Nagano H.
  • 雑誌名: Oncol. Lett. 巻: 15 ページ: 747-754
  • DOI: 10.3892/ol.2017.7354
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Multiple roles of single-minded 2 in esophageal squamous cell carcinoma and its clinical implications (2018)
  • 著者名/発表者名: Tamaoki M, Komatsuzaki R, Komatsu M, Minashi K, Aoyagi K, Nishimura T, Chiwaki F, Hiroki T, Daiko H, Morishita K, Sakai Y, Seno H, Chiba T, Muto M, Yoshida T, Sasaki H
  • 雑誌名: Cancer Sci. 巻: 109 ページ: 1121-1134
  • DOI: 10.1111/cas.13531
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Chromatin immunoprecipitation and DNA sequencing identified a LIMS1/ILK pathway regulated by LMO1 in neuroblastoma (2018)
  • 著者名/発表者名: Saeki N., Saito A., Sugaya Y., Amemiya M., Ono H., Komatsuzaki R., Yanagihara K., Sasaki H.
  • 雑誌名: Cancer Genomics Proteomics 巻: 15 ページ: 165-174
  • DOI: 10.21873/cgp.20074
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] PTCH1 pathway network model in diffuse-type gastric cancer and epithelial-mesenchymal transition (2018)
  • 著者名/発表者名: Tanabe S., Aoyagi K., Yokozaki H., Sasaki H.
  • 雑誌名: J. Stem Cell Res. Med. 巻: 3 ページ: 1-15
  • DOI: 10.15761/JSCRM.1000128
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Molecular network pathway of ERBB in diffuse-type gastric cancer, mesenchymal stem cells and epithelial-mesenchymal transition (2018)
  • 著者名/発表者名: Tanabe S., Aoyagi K., Yokozaki H., Sasaki H.
  • 雑誌名: Journal of Clinical Epigenetics 巻: 4 ページ: 13
  • DOI: 10.21767/2472-1158.100098
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Indirect Down-regulation of Tumor-suppressive let-7 Family MicroRNAs by LMO1 in Neuroblastoma (2018)
  • 著者名/発表者名: Saeki N., Saito A., Sugaya Y., Amemiya M., Sasaki H.
  • 雑誌名: Cancer Genomics Proteomics 巻: 15 ページ: 413-420
  • DOI: 10.21873/cgp.20100
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Molecular pathway network of EFNA1 in cancer and mesenchymal stem cells (2018)
  • 著者名/発表者名: Tanabe S., Aoyagi K., Yokozak K., Sasaki H.
  • 雑誌名: AIMS Cell and Tissue Engineering 巻: 2 ページ: 58-77
  • DOI: 10.3934/celltissue.2018.2.58
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A genetic link between epigenetic repressor AS1-AS2 and DNA replication factors in establishment of adaxial?abaxial leaf polarity of <i>Arabidopsis</i> (2018)
  • 著者名/発表者名: Luong TQ., Keta S., Asai T., Kojima S., Nakagawa A., Micol JL., Xia S., Machida Y., Machida C.
  • 雑誌名: Plant Biotechnology 巻: 35 ページ: 39-49
  • DOI: 10.5511/plantbiotechnology.18.0129b
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Editorial: Novel Aspects of Nucleolar Functions in Plant Growth and Development (2018)
  • 著者名/発表者名: Sugiyama M., Machida Y.
  • 雑誌名: Frontiers in Plant Science 巻: 9 ページ: :814
  • DOI: 10.3389/fpls.2018.00814
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] ゲノムのジャンク領域における機能領域予測とその実験的検証 (2020)
  • 著者名/発表者名: 本村汰一朗・宮木至道・林憲哉・尾之内均・伊藤素行・高橋広夫
  • 学会等名: 第48回東海ファジィ研究会
• [学会発表] 植物間で保存された翻訳調節に関与する非AUG型uORFのゲノムワイド探索 (2020)
  • 著者名/発表者名: 平郡雄太・高橋広夫・林憲哉・佐々木駿・山下由衣・内藤哲・尾之内均
  • 学会等名: 第61回日本植物生理学会年会
• [学会発表] 過剰なステロール蓄積が植物の生理機能に与える影響 (2020)
  • 著者名/発表者名: 島田貴士・重信秀治・山口勝司・高橋広夫・福吉修一・上田貴志・西村いくこ
  • 学会等名: 第61回日本植物生理学会年会
• [学会発表] シロイヌナズナのAS2が関わる葉の向背軸分化とAS2の標的遺伝子のDNAメチル化における核小体タンパク質の役割の解明 (2020)
  • 著者名/発表者名: 町田千代子・日比野哲紀・三谷恭平・水谷優斗・ヴィアルプラデルシモン・高橋広夫・小島晶子・町田泰則
  • 学会等名: 第61回日本植物生理学会年会
• [学会発表] 上流ORFの新生ペプチドを含む翻訳複合体が細胞内のマグネシウム濃度を感知して翻訳を制御する (2020)
  • 著者名/発表者名: 林憲哉・佐々木駿・平郡雄太・Feng Zhihang・藤原徹・渡部敏裕・町田幸大・今高寛晃・高橋広夫・山下由衣・内藤哲・尾之内均
  • 学会等名: 第61回日本植物生理学会年会
• [学会発表] 神経発生期と脳疾患におけるNotchシグナル機能と制御 (2020)
  • 著者名/発表者名: 伊藤素行
  • 学会等名: 日本薬学会第140年会
• [学会発表] 遺伝性難病CADASILにおける変異NOTCH3凝集メカニズムの解析 (2020)
  • 著者名/発表者名: 鈴木翔大・松本岳海・日浦智史・伊藤素行
  • 学会等名: 日本薬学会第140年会
• [学会発表] 加齢に伴うigf2bp3とIGFシグナル経路分子の発現相関の解析 (2020)
  • 著者名/発表者名: 今井萌乃・李穎怡・伊藤素行
  • 学会等名: 日本薬学会第140年会
• [学会発表] グリオーマにおけるNotchシグナルのHK2発現調節機構の解明 (2020)
  • 著者名/発表者名: 桑原周平・八巻実里・兪慧晴・伊藤素行
  • 学会等名: 日本薬学会第140年会
• [学会発表] Roles of Nucleolar Proteins and Zinc-Finger Protein ASYMMETRIC LEAVES2 in establishment of leaf adaxial-abaxial polarity in Arabidopsis thaliana (2019)
  • 著者名/発表者名: Machida C., Vial-Pradel S., Nomoto M., Takahashi H., Kojima S., Tada Y and Machida Y.
  • 学会等名: Plant Organ Growth Symposium
  • 国際学会
• [学会発表] Epigenetic role of zinc-finger protein AS2 and nucleolar proteins in the specification of the adaxial cell fate of leaves in Arabidopsis thaliana (2019)
  • 著者名/発表者名: Machida C., Ando S., Sakamoto Y., Matsunaga S., Kurihara D., Higashiyama T., Takahashi H., Kojima S., Machida Y.
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] 翻訳制御上流ORFのバイオインフォマティクスによる推定と実験的検証 (2019)
  • 著者名/発表者名: 宮木至道・林憲哉・尾之内均・伊藤素行・高橋広夫
  • 学会等名: 日本遺伝学会第91回大会
• [学会発表] 葉にオイルボディを過剰蓄積するシロイヌナズナ変異体lipid rich 1の解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 山口萌・重信秀治・山口勝司・高橋広夫・福吉修一・島田貴士
  • 学会等名: 第32回植物脂質シンポジウム
• [学会発表] 植物ステロール過剰蓄積が及ぼす植物体への影響 (2019)
  • 著者名/発表者名: 島田貴士・重信秀治・山口勝司・高橋広夫・福吉修一・上田貴志・西村いくこ
  • 学会等名: 第32回植物脂質シンポジウム
• [学会発表] 植物間で保存された翻訳調節に関与する非AUG型uORFのゲノムワイド探索 (2019)
  • 著者名/発表者名: 平郡雄太・高橋広夫・林憲哉・佐々木駿・山下由衣・内藤哲・尾之内均
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] NCBNにおけるがん研究とゲノム医療のためのバイオリソース (2019)
  • 著者名/発表者名: 吉田輝彦・濱田哲暢・佐々木博己・間野博行
  • 学会等名: 第78回日本癌学会学術総会
• [学会発表] 胃がん及び幹細胞における上皮間葉転換関連ネットワークパスウェイ (2019)
  • 著者名/発表者名: 田邊思帆里・カーデルサビーナ・小野竜一・青柳一彦・広瀬明彦・横崎宏・佐々木博己
  • 学会等名: 第78回日本癌学会学術総会
• [学会発表] 上流ORFの新生ペプチドを含む翻訳複合体が細胞内のマグネシウム濃度を感知して翻訳を制御する (2019)
  • 著者名/発表者名: 林憲哉・佐々木駿・平郡雄太・Feng Zhihang・藤原徹・高橋広夫・山下由衣・内藤哲・尾之内均
  • 学会等名: 第60回日本植物生理学会年会
• [学会発表] シロイヌナズナのAS2を介した葉の発生に関わるサイトカイニン合成酵素遺伝子の解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 小島晶子・西本珠美・香田加那・石橋菜々子・小嶋美紀子・高橋広夫・榊原均・町田泰則・町田千代子
  • 学会等名: 第60回日本植物生理学会年会
• [学会発表] 選択的スプライシングと上流ORFによる翻訳制御を介した植物の核小体ストレス応答機構 (2019)
  • 著者名/発表者名: 佐々木駿・工藤凛・笹原大暉・高橋広夫・渡部俊・大林祝・杉山宗隆・内藤哲・尾之内均
  • 学会等名: 第60回日本植物生理学会年会
• [学会発表] シロイヌナズナのzinc-finger-like protein AS2が関わる葉の向背軸分化とDNA メチル化における核小体タンパク質の役割の解明 (2019)
  • 著者名/発表者名: 鈴木雅貴・ヴィアルプラデルシモン・高橋広夫・杉山宗隆・氣多澄江・小島晶子・町田泰則・町田千代子
  • 学会等名: 第60回日本植物生理学会年会
• [学会発表] Development of bioinformatics methods and their applications: from plant to medical sciences (2019)
  • 著者名/発表者名: Takahashi H., Machida C., Muto M., Kojima S., Itoh M., Onouchi H., and Sasaki H.
  • 学会等名: International Conference for Leading and Young Medical Scientists - IC-LYMS 2019 -
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] カゼインキナーゼ2の阻害は、インスリン様増殖因子2 受容体の調整不全を介してライソソーム機能不全を導く (2019)
  • 著者名/発表者名: 竹田貴・小松将之・千脇史子・小松崎理絵・小林佑介・冨永英一郎・阪埜浩司・青木大輔・佐々木博己
  • 学会等名: 第78回日本癌学会学術総会
• [学会発表] A new live staining probe, FITC-BPC3: for zebrafish fibrous tissues (2019)
  • 著者名/発表者名: Wang Z., Kurihara T., Nakajima S., Mizoguchi T., Nemoto T. and Itoh M.
  • 学会等名: 第25回小型魚類研究会
• [学会発表] 糖尿病誘導ゼブラフィッシュにおける鱗を利用した骨病態の評価 (2019)
  • 著者名/発表者名: 兪慧晴・佐藤巧都・Siripat Chaishit・田中佑樹・小椋康光・伊藤素行
  • 学会等名: 第５回創薬ゼブラフィッシュメダカ研究会
• [学会発表] ゼブラフィッシュ成魚を用いた脳梗塞モデルの確立と脳機能回復過程の解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 大北真由・溝口貴正・伊藤素行
  • 学会等名: 第５回創薬ゼブラフィッシュメダカ研究会
• [学会発表] A new live staining probe, FITC-BPC3: for zebrafish fibrous tissues (2019)
  • 著者名/発表者名: Wang Z., Kurihara T., Nakajima S., Mizoguchi T., Nemoto T. and Itoh M.
  • 学会等名: 第５回創薬ゼブラフィッシュメダカ研究会
• [学会発表] Zebrafish behavior pattern recognition using three-dimensional tracking and machine learning (2018)
  • 著者名/発表者名: Yang P., Kajiwara R., Takahashi H., Itoh M.
  • 学会等名: The 24th Japanese medaka and zebrafish meet
• [学会発表] Arabidopsis zinc-finger-like protein ASYMMETRIC LEAVES2 (AS2) bound exon 1 of ETTIN (ARF3) and maintain gene body DNA methylation in ETTIN together with nucleolar proteins (2018)
  • 著者名/発表者名: Vial-Pradel S., Nomoto M., Takahashi H., Ando S., Suzuki M., Kojima S., Tada Y., Machida Y., Machida C.
  • 学会等名: 日本植物学会第82回大会
• [学会発表] がんオミックスデータに基づく治療前診断・治療標的探索 (2018)
  • 著者名/発表者名: 高橋広夫・武藤学・佐々木博己
  • 学会等名: 化学工学会 第50回秋季大会
• [学会発表] シロイヌナズナの葉の極性確立においてAS1-AS2とTOP1αはETTIN (ARF3)を介してCDKインヒビターを抑制する (2018)
  • 著者名/発表者名: 町田千代子・中川彩美・高橋広夫・ビアループラデル シモン・山川 美里・小島晶子・町田泰則
  • 学会等名: 第41回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Arabidopsis zinc-finger-like protein ASYMMETRIC LEAVES2 (AS2) bound exon 1 of ETTIN (ARF3) and maintain gene body DNA methylation in ETTIN together with nucleolar proteins (2018)
  • 著者名/発表者名: Vial Pradel S., Nomoto M., Takahashi H., Ando S., Suzuki M., Kojima S., Tada Y., Machida Y., Machida C.
  • 学会等名: 第41回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Arabidopsis zinc-finger-like protein ASYMMETRIC LEAVES2 (AS2) binds exon 1 of ETTIN(ARF3) and maintains gene body DNA methylation in ETTIN together with nucleolar proteins. (2018)
  • 著者名/発表者名: Vial-Pradel S., Nomoto M., Takahashi H., Ando S., Suzuki M., Kojima S., Tada Y., Machida Y., Machida C.
  • 学会等名: EMBO Workshop "New shores in land plant"
  • 国際学会
• [学会発表] Bioinformatic identification method of evolutional ranges for functional small peptides on genomes (2018)
  • 著者名/発表者名: Takahashi H., Hayashi N., Takahashi A., Onouchi H.
  • 学会等名: The 2nd edition of Biotech France 2018 International Conference and Exhibition -Biotech France 2018-
  • 国際学会
• [学会発表] Bioinformatic identification of evolutionary ranges for functional small peptides in genomes (2018)
  • 著者名/発表者名: Takahashi H., Hayashi N., and Onouchi H.
  • 学会等名: International Symposium on "Proteins; from the Cradle to the Grave"
  • 国際学会
• [学会発表] 多層オミックス情報のある腹膜再発がん患者腹水から樹立された124種のPDC（Patient-derived cell line）とその高い有用性 (2018)
  • 著者名/発表者名: 佐々木博己
  • 学会等名: 【新しい治療法の開発を目指す患者由来がんモデル】講演会
  • 招待講演
• [学会発表] Combination of network pathway and epithelial-mesenchymal transition-related gene expression in gastric cancer and mesenchymal stem cells (2018)
  • 著者名/発表者名: Tanabe S., Aoyagi K., Yokozaki H., Sasaki H.
  • 学会等名: The 18th World Congress of Basic and Clinical Pharmacology (WCP2018)
  • 国際学会
• [学会発表] Network pathways of PTCH1, ERBB3, CTNNB1 and EFNA1 in gastric cancer and mesenchymal stem cells (2018)
  • 著者名/発表者名: Tanabe S., Aoyagi K., Yokozaki H., Sasaki H.
  • 学会等名: 5th Tissue Engineering and Regenerative Medicine International Society World Congress - 2018 Kyoto
  • 国際学会
• [学会発表] Knockdown of SIM2 enhances radio-resistance and tumor growth by inducing HIF1A in cervical squamous cell carcinoma (2018)
  • 著者名/発表者名: Chiwaki F., Kobayashi Y., Banno K., Iijima M., Takeda T., Tominaga E., Sasaki H., Aoki D.
  • 学会等名: 17th International Gynecologic Cancer Society Meeting (IGCS)
  • 国際学会
• [学会発表] オーロラキナーゼの遮断はがん遺伝子中毒を新たに誘導することでEGFR阻害剤への感受性を亢進させる (2018)
  • 著者名/発表者名: 小松将之・中村加奈子・千脇史子・竹田貴・小松崎理絵・阪埜浩司・青木大輔・佐々木博己
  • 学会等名: 第77回日本癌学会学術総会
• [学会発表] 食道扁平上皮がんにおけるパルボシクリブとエルロチニブの併用療法の非臨床試験 (2018)
  • 著者名/発表者名: 小松崎理絵・小松将之・千脇史子・三谷幸代・河野隆志・市川仁・佐々木博己
  • 学会等名: 第77回日本癌学会学術総会
• [学会発表] 患者腹水中がん細胞の徹底的な特性評価 (2018)
  • 著者名/発表者名: 千脇史子・坂本裕美・小松将之・松下弘道・小松崎理絵・市川仁・濱口哲弥・朴成和・平岡伸介・松崎圭祐・落合淳志・吉田輝彦・佐々木博己
  • 学会等名: 第77回日本癌学会学術総会
• [学会発表] IGF2Rは、子宮頸癌の予後不良なバイオマーカーであり、癌細胞の生存に寄与する (2018)
  • 著者名/発表者名: 竹田貴・小松将之・千脇史子・小松崎理絵・小林佑介・富永英一郎・阪埜浩司・青木大輔・佐々木博己
  • 学会等名: 第77回日本癌学会学術総会
• [学会発表] 肺腺がん由来PDX/CDXモデルにおけるがん－間質相互作用による発現遺伝子の変化 (2018)
  • 著者名/発表者名: 石ケ守里加子・高橋真美・河野隆志・佐々木博己・今井俊夫
  • 学会等名: 第77回日本癌学会学術総会
• [学会発表] 神経芽腫において、がん促進転写調節因子LMO1はがん抑制的let-7ファミリーmicroRNAの発現を抑制している (2018)
  • 著者名/発表者名: 佐伯宣久・斎藤聡・菅谷勇樹・雨宮光宏・佐々木博己
  • 学会等名: 第41回日本分子生物学会
• [学会発表] Notch signaling regulates expression of glycolytic genes during development (2018)
  • 著者名/発表者名: Yamaki M., Kuwabara S., Yu H., Itoh M.
  • 学会等名: Joint Annual Meeting of 70th JSCB and 51st JSDB
• [学会発表] Precise regulation of neuron-specific Notch signal is required for neuronal differentiation and locomotive behavior (2018)
  • 著者名/発表者名: Fukagawa S., Mizoguchi T., Iihama M., Fukada M., Song X., Itoh M.
  • 学会等名: Joint Annual Meeting of 70th JSCB and 51st JSDB
• [学会発表] Identification of neuropeptides regulating memory formation (2018)
  • 著者名/発表者名: Sizhe R., Nakashima H., Itoh M., Tonoki A.
  • 学会等名: The 11th Workshop for Molecular Analysis of Higher Brain Function
  • 国際学会
• [学会発表] Transient Notch signal activation is required for V2a/V2b interneuron cell fate choice, and normal V2b differentiation and morphology (2018)
  • 著者名/発表者名: Mizoguchi T., Iihama M., Fukagawa S., Song X., Nakaura M., Fukada M., Itoh M.
  • 学会等名: The 24th Japanese medaka and zebrafish meeting
• [学会発表] Glycolysis-related gene expression is context dependently regulated by Notch signaling during zebrafish neural development (2018)
  • 著者名/発表者名: Kuwabara S., Yamaki M., Yu H., Itoh M.
  • 学会等名: The 24th Japanese medaka and zebrafish meeting
• [学会発表] Zebrafish behavior pattern recognition using three-dimensional tracking and machine learning (2018)
  • 著者名/発表者名: Yang P., Kajiwara R., Takahashi H., Itoh M.
  • 学会等名: The 24th Japanese medaka and zebrafish meeting
• [学会発表] Notchリガンドビーズを用いたNotchリガンド/受容体EGF様リピートと糖鎖修飾の機能解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 大丸修平・劉楽笛・伊藤素行
  • 学会等名: 第17回 次世代を担う若手ファーマ・バイオフォーラム
• [学会発表] 過食と恒明条件飼育によるゼブラフィッシュの糖尿病様病態の誘導 (2018)
  • 著者名/発表者名: 梶原理希・楊鵬・桑原周平・伊藤素行
  • 学会等名: 第17回 次世代を担う若手ファーマ・バイオフォーラム
• [学会発表] NO-sGC pathway potentially contributes to age-related memory impairment in Drosophila (2018)
  • 著者名/発表者名: Nagai S., Yu Z., Takahashi H., Itoh M., Tonoki A.
  • 学会等名: The 13th Japanese *Drosophila* Research Conference
• [学会発表] ゼブラフィッシュ胚背側化誘導化合物のBMPシグナル抑制メカニズム解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 近藤優衣・矢藤まり・三上翔平・大倉航・溝口貴正・野田翔太・天野剛志・廣明秀一・伊藤素行
  • 学会等名: 第62回日本薬学会関東支部大会
• [学会発表] 自動給餌装置と明暗コントロールによるゼブラフィッシュの空腹時高血糖の誘導 (2018)
  • 著者名/発表者名: 梶原理希・楊鵬・桑原周平・伊藤素行
  • 学会等名: 第4回ゼブラフィッシュ・メダカ創薬研究会
• [学会発表] DeltaA dependent Notch signal is required for effective escape behavior in zebrafish (2018)
  • 著者名/発表者名: Mizoguchi T., Ji S., Chin M., Itoh M.
  • 学会等名: 第41回日本分子生物学会年会
• [備考] 高橋広夫研究室
  • URL: https://www.takahashi-lab.com/