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2022 年度 実績報告書

Microbiome mining: machine learning for discovery of genetic dark matter, metabolic pathways, and ecological processes from metagenomes

研究課題

研究課題/領域番号 18H03367
研究機関国立研究開発法人産業技術総合研究所

研究代表者

延 優 (NOBUMASARU・KONISHI)  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (40805644)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2023-03-31
キーワードBioinformatics / Methanogenesis / Archaea
研究実績の概要

Through phylogenetic analyses, we have identified the origin of genes encoding proteins that mediate one modern ability (degradation of artificial compounds/xenobiotics) and one ancient ability (generation of methane). While we found multiple origins for xenobiotic degradation of the same compounds in extant bacterial families, we found a single origin for methane production prior to the emergence of archaea. The latter discovery involved tracing of catabolic and anabolic genes and enzyme-independent activities of cofactors central to catabolism. We have also traced the evolution of non-methane production related genes in Archaea, showing how certain functions evolved alongside methane production.

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (1件)

すべて 2023

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件)

  • [雑誌論文] The origin and evolution of methanogenesis and<i>Archaea</i>are intertwined2023

    • 著者名/発表者名
      Mei Ran、Kaneko Masanori、Imachi Hiroyuki、Nobu Masaru K
    • 雑誌名

      PNAS Nexus

      巻: 2 ページ: -

    • DOI

      10.1093/pnasnexus/pgad023

    • 査読あり / オープンアクセス

URL: 

公開日: 2023-12-25  

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