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2019 年度 実績報告書

高次生命現象を制御する鋳型非依存的RNA合成酵素の構造と機能

研究課題

研究課題/領域番号 18H03980
研究機関東京大学

研究代表者

富田 耕造  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (00345274)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2022-03-31
キーワードRNA / 構造解析 / 機能解析 / 蛋白質
研究実績の概要

該当年度は、乳がんにおいて発現が上昇しており、予後不良との関連も示唆されているヒト由来細胞質tRNAHisの5'モノリン酸をメチル化する、tRNAキャッピング酵素(BCDIN3D)の構造決定に成功し、その構造が7SKの5’トリリン酸のγリン酸をメチル化する酵素(MePCE)と似ていることを見出し、構造比較、生化学解析からBCDIN3Dによる RNAメチル化の反応分子メカニズムを明らかにするとともに、基質tRNAの認識モデル提唱した。また、、ヒト由来U6 snRNA内のmRNA5’スプライスサイト認識に関わるアデノシンA43のメチル化酵素(METTL16)のC末領域に存在するVCRの構造に成功し、その構造がU6 snRNA特異的なウリジル化酵素に見られるKA1と相同性が高いことを見出し、生化学的解析を通してVCRとKA1は機能においてもU6交換可能であることを明らかにした。さらに、一連の生化学的解析よりこのVCRがU6 snRNAに結合することによって、U6 snRNAの構造変化が生じ、結果としてメチル化部位を含むRNA構造が活性型になりMETTL16のN末端側のメチル化反応ドメインがA43を効率よくメチル化できることを明らかにした。これ以外に、RNAをターゲットとする新規毒素の構造決定、またRNAとの複合体の構造決定などにも成功している。また、Lin28依存なlet7前駆体のオリゴウリジル化に関わるTUTのN末端側 (LIM)に接合し、Lin28-let7-TUT4の形成を阻害する環状ペプチドのスクリーニングを開始した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

該当年度は、学術論文としてヒト由来細胞質tRNAHis特異的なキャッピング酵素(BCDIN3D)の構造決定に成功し、その反応分子メカニズムを明らかにするとともに、基質tRNAの認識モデルを発表できた。また、、ヒト由来U6 snRNA内のmRNA5’スプライスサイト認識に関わるアデノシンのメチル化酵素(METTL16)のC末領域の構造に成功し、METTL16によるU6 snRNAのメチル化反応の分子メカニズムを明らかにした。さらに、他の酵素に関してはRNAとの複合体の結晶をえており、その構造決定に成功しているため。

今後の研究の推進方策

今後、さらに現在得られている結晶の構造解析を進めるとおともに、各種蛋白質とRNAの結晶化を進める。

  • 研究成果

    (10件)

すべて 2020 2019

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (3件)

  • [雑誌論文] Substrate specificities of Escherichia coli ItaT that acetylates aminoacyl-tRNAs2020

    • 著者名/発表者名
      Zhang Chuqiao、Yashiro Yuka、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu、Tomita Kozo
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 48 ページ: 7532~7544

    • DOI

      10.1093/nar/gkaa487

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mechanistic insights into m6A modification of U6 snRNA by human METTL162020

    • 著者名/発表者名
      Aoyama Tomohiko、Yamashita Seisuke、Tomita Kozo
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 48 ページ: 5157~5168

    • DOI

      10.1093/nar/gkaa227

    • 査読あり
  • [雑誌論文] In vitro yeast reconstituted translation system reveals function of eIF5A for synthesis of long polypeptide2020

    • 著者名/発表者名
      Abe Taisho、Nagai Riku、Shimazaki Shunta、Kondo Shunta、Nishimura Satoshi、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu、Imataka Hiroaki、Tomita Kozo、Takeuchi-Tomita Nono
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 167 ページ: 451~462

    • DOI

      10.1093/jb/mvaa022

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of human cytoplasmic tRNAHis-specific 5′-monomethylphosphate capping enzyme2020

    • 著者名/発表者名
      Liu Yining、Martinez Anna、Yamashita Seisuke、Tomita Kozo
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 48 ページ: 1572~1582

    • DOI

      10.1093/nar/gkz1216

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Crystal structure of the Lin28-interacting module of human terminal uridylyltransferase that regulates let-7 expression2019

    • 著者名/発表者名
      Yamashita Seisuke、Nagaike Takashi、Tomita Kozo
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 10 ページ: 1~11

    • DOI

      10.1038/s41467-019-09966-5

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Crystal Structure of the Enterohemorrhagic Escherichia coli AtaT-AtaR Toxin-Antitoxin Complex2019

    • 著者名/発表者名
      Yashiro Yuka、Yamashita Seisuke、Tomita Kozo
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 27 ページ: 476~484.e3

    • DOI

      10.1016/j.str.2018.11.005

    • 査読あり
  • [雑誌論文] アミノアシル転移RNAを標的とするトキシンの活性制御メカニズム2019

    • 著者名/発表者名
      八代 悠歌、富田 耕造
    • 雑誌名

      生化学

      巻: 91 ページ: 810~814

    • DOI

      10.14952/SEIKAGAKU.2019.910810

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Crystal structure of the Lin28-interacting module of human terminal uridylyltransferase that regulates let-7 expression2019

    • 著者名/発表者名
      山下征輔、富田 耕造
    • 学会等名
      日本RNA学会年会
  • [学会発表] METTL16 の脊椎動物保存領域はU6 snRNA のm6A 修飾を促進する 第21回 日本RNA学会年2019

    • 著者名/発表者名
      青山智彦、山下征輔、富田 耕造
    • 学会等名
      日本RNA学会年会
  • [学会発表] Crystal Structure of the Enterohemorrhagic Escherichia coli AtaT-AtaR ToxinAntitoxin Complex2019

    • 著者名/発表者名
      八代悠歌、富田 耕造
    • 学会等名
      日本RNA学会年会

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公開日: 2021-01-27  

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