| 研究課題/領域番号 |
18J00444
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
按田 瑞恵 東京大学, 理学系研究科, 特別研究員(PD) (60759455)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-25 – 2021-03-31
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| キーワード | プラスミド / 染色体 / バクテリア / ゲノム / rRNA |
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| 研究実績の概要 |
バクテリアのrRNAオペロンは、ゲノムで最大のレプリコンである主染色体に存在することが常識とされてきた。近年我々は、そうした従来の常識に従わないバクテリア、すなわち、rRNAオペロンを主染色体に持たずに高コピープラスミド上にのみ持つバクテリアとして、プロテオバクテリア門Aureimonas ureilyticaを発見した。本研究は、rRNAオペロンの主染色体上からの欠失が（１）どの程度一般的な現象なのか、（２）どのようなメカニズムで起こったのか明らかにすることを目的としている。今年度は（１）に向けて、ドラフトゲノムを含むゲノムデータベースから、rRNAオペロンの存在するプラスミド配列を調べるバイオインフォマティクス解析を行うことで、rRNAオペロンが主染色体に存在しないゲノムの発見を目指した。この結果、スピロヘータ門とバクテロイデス門から候補を1種ずつ得ることができた。候補株と近縁株を培養しPacBio RSIIでゲノムシークエンスを行ったところ、候補株とバクテロイデス門の近縁株において、8-31 kbのプラスミドだけに1-3コピーのrRNAオペロンが存在することを明らかにした。25 kbを超えるプラスミドには分配装置をコードするparAB遺伝子が存在し、遺伝子組成や分配機構が予想以上に多様であったが、プラスミド型複製開始タンパク質は同一のファミリーに属することを見出した。本研究の成果は、バクテリアのゲノム構成に関する基礎知識の刷新に繋がるものであり、国内の学会において発表し、現在原著論文を準備している。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
1: 当初の計画以上に進展している
理由
今年度に掲げていた目標を達成しただけでなく、第２・３年度目に掲げた目標に対しても貢献する成果を得たため。
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| 今後の研究の推進方策 |
rRNAオペロンが存在するプラスミドのコピー数を定量する。近縁株との比較ゲノム解析を行い、rRNAオペロンをプラスミドだけで維持するバクテリアに共通して増減している遺伝子を探索する。
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