| 研究課題/領域番号 |
18K03820
|
|---|
| 研究機関 | 筑波大学 |
|---|
研究代表者 |
石谷 佳之 筑波大学, 計算科学研究センター, 研究員 (60772043)
|
|---|
| 研究分担者 |
氏家 由利香 高知大学, 教育研究部自然科学系理工学部門, 准教授 (20573041)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2021-03-31
|
| キーワード | 放散虫 / 有孔虫 / 大規模遺伝子データ / 分岐年代推定 |
|---|
| 研究実績の概要 |
人類を含め地球上の生物の進化の根幹となる真核生物の誕生と初期進化は、これまで化石記録や生物が寄与したと考えられる環境要素(例:酸素濃度)の変化などから調べられてきた。しかし、数十億年以上前と予測される真核生物の初期進化については、得られる情報量が制限される。そこで本研究では、全生物がもつ遺伝子情報に基づく分岐年代推定法に着目した。真核生物の初生的な祖先は「単細胞」であると考えられているだけでなく、単細胞真核生物は複数の系統的に主要なグループを構成している。その中で、緻密な化石記録を示す放散虫と有孔虫は、共通祖先がさらに時代を遡ることが示唆されている。しかし、放散虫と有孔虫の遺伝子データが顕著に不足しているため、本研究では両生物群の大規模遺伝子データを獲得し、精確な分岐年代推定から「いつ」真核生物が誕生、多様化し、「どのような」環境要因(酸素濃度、温度、地殻量)が関係していたかを検証する。
大規模遺伝子データにより解析精度がどの程度向上するか、また数多ある解析手法の中でどの手法が大規模遺伝子データに適しているかの検証のために、真核生物スーパーグループのひとつ、SARグループでテスト解析を行うことにした。その結果、適切な手法を用いることで、従来の解析より１オーダー程度、精度が向上した。現在、本成果の論文投稿準備を進めている。
現在、真核生物全体の遺伝子データの獲得が終了しており、解析をおこなっている。こちらの方も解析終了し次第、論文投稿準備を進める。
|
| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
理由
1.放散虫・有孔虫の大規模遺伝子データの取得が終了。
2.放散虫・有孔虫を含む分類群であるSARスーパーグループの大規模遺伝子データセットの作成が完了し、分岐年代推定を行った。その結果を現在、論文執筆中である。
3.真核生物全体の大規模遺伝子データの取得が終了、解析を始めている。
|
| 今後の研究の推進方策 |
1.放散虫・有孔虫を含む分類群であるSARスーパーグループの大規模遺伝子による分岐年代推定の結果を論文執筆したので、共著者と意見交換し、国際誌に投稿する。
2.真核生物全体の大規模遺伝子データセットについて解析を行っている。
3.真核生物全体の分岐年代推定の結果も解析終了し次第、論文準備する。
|
| 次年度使用額が生じた理由 |
未使用額が生じた理由
2019年度に論文投稿する予定だったが、データ解析を色々試行錯誤した結果、間に合わなかった。
次年度の用途
論文投稿用に使用予定。
|
