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2018 年度 実施状況報告書

液滴の変形能を利用した微生物スクリーニングによるバイオマス分解酵素遺伝子の取得

研究課題

研究課題/領域番号 18K05330
研究機関東京大学

研究代表者

飯塚 怜  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 助教 (90541954)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
キーワード液滴 / マイクロ流体デバイス / 酵素
研究実績の概要

本研究は,Water-in-oil型(W/O型)型液滴の変形能に基づくバイオマス分解微生物のスクリーニング法を確立するとともに,それを利用して環境中より難分解性バイオマスを分解する酵素の遺伝子を取得することを目指したものである.平成30年度は,W/O型液滴の変形能に基づくソーティングによるバイオマス分解微生物スクリーニングのフィージビリティスタディを行った.
W/O型液滴の変形能に基づくソーティングは,流路に2本のレールを配したマイクロ流路を用いた.基質となるバイオマスと微生物を封入したW/O型液滴を一方のレールに沿わせて流す.あるところで幅の広いレールが現れると,W/O型液滴に対し流体抗力が働く.この時,変形を受けにくい(バイオマスが分解していない)W/O 型液滴は同じレール上にとどまるのに対し,変形を受けやすい(バイオマスが分解した)W/O型液滴はもう一方のレールに乗り移る.これにより,バイオマス分解微生物のスクリーニングが実現できると考えた.
まず,アガロースを封入したW/O型液滴を用い,その濃度に応じたソーティングが行えるよう,マイクロ流路の構造を最適化した.このマイクロ流路にアガロースとアガロース分解酵素(β-アガラーゼ)を封入したW/O型液滴を流したところ,酵素反応の進行に伴いW/O型液滴の変形能が増大することが確認された.また,アガロース分解菌一細胞が分泌する酵素でもW/O液滴の変形能が増大することが確認された.これにより,W/O型液滴の変形能に基づくソーティングによりバイオマス分解微生物のスクリーニングが行えることが実証された.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

研究計画時に掲げた年次目標を達成することができた.

今後の研究の推進方策

海水などからアガロース分解活性を示す微生物をスクリーニングし,分解酵素遺伝子を取得することを目指す.また,他のバイオマスを分解する微生物のスクリーニングを実現し,その分解酵素遺伝子の取得を目指す.

  • 研究成果

    (20件)

すべて 2019 2018 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件) 学会発表 (17件) (うち国際学会 5件、 招待講演 4件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Construction of integrated gene logic-chip2018

    • 著者名/発表者名
      Takeya Masubuchi, Masayuki Endo, Ryo Iizuka, Ayaka Iguchi, Dong Hyun Yoon, Tetsushi Sekiguchi, Hao Qi, Ryosuke Iinuma, Yuya Miyazono, Shuichi Shoji, Takashi Funatsu, Hiroshi Sugiyama, Yoshie Harada, Takuya Ueda, Hisashi Tadakuma
    • 雑誌名

      Nat. Nanotechnol.

      巻: 13 ページ: 933-940

    • DOI

      10.1038/s41565-018-0202-3

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Emerged nascent SecM chain stabilizes the translation arrest by interacting with the exoerior surface of the ribosome2019

    • 著者名/発表者名
      Mikihisa Muta, Ryo Iizuka, Tatsuya Niwa, Hideki Taguchi, Takashi Funatsu
    • 学会等名
      63rd Annual Meeting of the Biophysical Society (BPS19)
    • 国際学会
  • [学会発表] 望む形質・形態を有する細胞・小器官・分子複合体を単離して解析する2019

    • 著者名/発表者名
      飯塚 怜
    • 学会等名
      形態解析ワークショップ - 多様な顕微鏡を用いて
    • 招待講演
  • [学会発表] Gタンパク質共役型受容体ペプチドアゴニスト創出法のハイスループット化2019

    • 著者名/発表者名
      松枝 杏奈,櫻井 貴志,飯塚 怜,中村 泰之,石井 純,近藤 昭彦,井口 彩香,尹 棟鉉,関口 哲志,庄子 習一,藤村 祐,赤木 仁,石毛 真行,船津 高志
    • 学会等名
      日本薬学会第139年会
  • [学会発表] 油中水滴内の微生物の酵素活性を見える化してその遺伝子を取得する2019

    • 著者名/発表者名
      飯塚 怜,牟田 幹悠,斉藤 開,川久保 渉, 尹 棟鉉, 関口 哲志, 庄子 習一, 伊藤 芽, 秦田 勇二, 船津 高志
    • 学会等名
      日本薬学会第139年会
  • [学会発表] 油中水滴の変形能を利用したバイオマス分解酵素微生物のスクリーニング2018

    • 著者名/発表者名
      飯塚 怜
    • 学会等名
      第11回ナノバイオ若手ネットワーキングシンポジウム
  • [学会発表] Photocontrol of ribosome movement on mRNA using reversible photocrosslinking strategy2018

    • 著者名/発表者名
      Ryo Iizuka, Shunsuke Yamashiro, Takashi Funatsu
    • 学会等名
      International Symposium on Proteins; from the Cradle to the Grave
    • 国際学会
  • [学会発表] Releasing SecM translation arrest and observing resumed translation using optical tweezers2018

    • 著者名/発表者名
      Zhuohao Yang, Ryo Iizuka, Takashi Funatsu
    • 学会等名
      International Symposium on Proteins; from the Cradle to the Grave
    • 国際学会
  • [学会発表] Identification of a +1 frameshift observed during TnaC-mediated ribosome stalling2018

    • 著者名/発表者名
      Tomoki Shinozawa, Ryo Iizuka, Takashi Funatsu
    • 学会等名
      International Symposium on Proteins; from the Cradle to the Grave
    • 国際学会
  • [学会発表] Stabilization mechanism of SecM translation arrest2018

    • 著者名/発表者名
      Mikihisa Muta, Ryo Iizuka, Tatsuya Niwa, Hideki Taguchi, Takashi Funatsu
    • 学会等名
      International Symposium on Proteins; from the Cradle to the Grave
    • 国際学会
  • [学会発表] イメージングを基軸としたタンパク質の機能解析および探索2018

    • 著者名/発表者名
      飯塚 怜
    • 学会等名
      第27回日本バイオイメージング学会学術集会
    • 招待講演
  • [学会発表] Analysis of the frameshift depending on TnaC-mediated ribosome stalling2018

    • 著者名/発表者名
      Tomoki Shinozawa, Ryo Iizka, Takashi Funatsu
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Analysis of the stabilization mechanism of SecM-mediated translation arrest2018

    • 著者名/発表者名
      Mikihisa Muta, Ryo Iizuka, Takashi Funatu
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Single-molecule analysis of actin polymerization using linear zero-mode waveguides2018

    • 著者名/発表者名
      Soichiro Fujii, Ryo Iizuka, Masamichi Yamamoto, Makoto Tsunoda, Takashi Tanii, Takashi Funatsu
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Droplet-based microfluidic screening for obtaining microbes producing macromolecule-degrading enzymes2018

    • 著者名/発表者名
      Ryo Iizuka, Kai Saito, Eiji Shigihara, Wataru Kawakubo, Daiki Tanaka, Dong Hyun Yoon, Tetsushi Sekiguchi, Shuichi Shoji, Mei Ito, Yuji Hatada, Takashi Funatsu
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] High-throughput in vitro selection method for obtaining peptide agonists of G protein-coupled receptors2018

    • 著者名/発表者名
      Anna Matsueda, Takashi Sakurai, Ryo Iizuka, Yasuyuki Nakamura, Jun Ishii, Akihiko Kondo, Ayaka Iguchi, Dong Hyun Yoon, Tetsushi Sekiguchi, Shuichi Shoji, Yuu Fujimura, Jin Akagi, Masayuki Ishige, Takashi Funatsu
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] 微生物の酵素活性を「見える化」して酵素を取得する2018

    • 著者名/発表者名
      飯塚 怜
    • 学会等名
      リバネスStartup Factoryセミナー(小さな生き物による大きな世界貢献 未来を作る微生物応用技術)
    • 招待講演
  • [学会発表] マイクロ・ナノ空間を利用した酵素の探索・反応機構解析2018

    • 著者名/発表者名
      飯塚 怜
    • 学会等名
      酵素工学研究会 第80回講演会
    • 招待講演
  • [図書] 固定化リボソームを用いたタンパク質合成の一分子イメージング (In 細胞・生体分子の固定化と機能発現)2018

    • 著者名/発表者名
      飯塚 怜, 船津 高志
    • 総ページ数
      238-246
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • ISBN
      978-4-7813-1326-9
  • [備考] 東京大学大学院薬学系研究科生体分析化学教室ホームページ

    • URL

      http://www.f.u-tokyo.ac.jp/~funatsu/

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公開日: 2019-12-27  

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