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2020 年度 実施状況報告書

カンピロバクターの環境動態解明とシームレスな食中毒制御スキームの開発

研究課題

研究課題/領域番号 18K05535
研究機関京都大学

研究代表者

山崎 渉  京都大学, 東南アジア地域研究研究所, 教授 (70393262)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2022-03-31
キーワードカンピロバクター / 野鳥 / 蛍光LAMP法 / リアルタイムPCR法 / 核酸抽出
研究実績の概要

カンピロバクター・ジェジュニおよびカンピロバクター・コリ(以下、「カンピロバクター・ジェジュニ/コリ」という)の自然環境における生態・動態を把握するために、京都市(鴨川沿岸および中洲)・宮崎市(大淀川沿岸)・茨城県(霞ケ浦沿岸)において、野鳥(主にカモ)の新鮮糞便144サンプルを収集した。リン酸緩衝食塩水により10%に調整した糞便液の遠心上清から、自動核酸抽出機を用いて、DNAを抽出した。抽出DNAに対して、遺伝子検出法(蛍光LAMP法とリアルタイムPCR法)によって、カンピロバクター・ジェジュニ/コリの保菌率を調査した。予想に反して、すべてのサンプルが陰性を示した。

研究代表者らの先行調査では、肉養鶏(ブロイラー)のクロアカ(糞便)を対象とした、蛍光LAMP法によるカンピロバクター・ジェジュニ/コリの陽性率は33%だった(Sabike and Yamazaki, 2019, J Food Prot, 82 (2), 189-193)。それゆえ、肉用鶏と比較して、野鳥(主にカモ)におけるカンピロバクター・ジェジュニ/コリの保菌率は極めて低いか、保菌しているとしても、その保菌量は高感度な遺伝子検出法の検出感度を下回り、少量である可能性が示唆された。

遺伝子検出に対する阻害物質(糞便・クロアカ内に存在すると推測される)のより簡易な除去法の開発には、いまだ成功していない。開発を検討する工程で、糞便・クロアカよりも阻害物質が少ないサンプル(ヒト唾液とウシ血液)を対象とする、新しい簡易核酸抽出法を想起した。本法の開発に成功したので、唾液からの新型コロナウイルスRNA、血液からのウシ白血病プロウイルスDNAの簡易な抽出と遺伝子検出がそれぞれ可能になった(いずれも査読付論文として詳細を公表済)。ヒト・動物感染症の両方の診断能力を向上させ得る重要な知見が得られた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

野鳥の糞便を収集して、カンピロバクター・ジェジュニ/コリの保菌率を調査したところ、予想に反して、すべてのサンプルが陰性を示し、検査法の再検討が必要となった。その一方で、ヒト唾液とウシ血液からの新しい簡易核酸抽出法の開発に成功した(高感度な遺伝子検出法と組み合わせることが可能)。特に野外での使用を想定した、ヒト・動物感染症の両方の診断能力を向上させ得る知見が得られた。

今後の研究の推進方策

カンピロバクター・ジェジュニ/コリの検査法を再検討し、問題解決を図る。

次年度使用額が生じた理由

物品費や旅費の使用が当初予定よりも下回ったため。
消耗品の購入や研究推進のための人件費等に充当し、効率的に研究を進める。

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2021 2020 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Development of a point-of-care test to detect SARS-CoV-2 from saliva which combines a simple RNA extraction method with colorimetric reverse transcription loop-mediated isothermal amplification detection2021

    • 著者名/発表者名
      Yamazaki W., Matsumura Y., Thongchankaew-Seo Uraiwan., Yamazaki Y., Nagao M.
    • 雑誌名

      Journal of Clinical Virology

      巻: 136 ページ: 104760~104760

    • DOI

      10.1016/j.jcv.2021.104760

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Development and evaluation of a point‐of‐care test with a combination of EZ‐Fast DNA extraction and real‐time PCR and LAMP detection: evaluation using blood samples containing the bovine leukaemia DNA2020

    • 著者名/発表者名
      Yamazaki Y., Thongchankaew‐Seo U., Nagao K., Mekata H., Yamazaki W.
    • 雑誌名

      Letters in Applied Microbiology

      巻: 71 ページ: 560~566

    • DOI

      10.1111/lam.13376

    • 査読あり
  • [学会発表] A point-of-care test to detect SARS-CoV-2 from saliva2021

    • 著者名/発表者名
      Yamazaki W.
    • 学会等名
      1st knowledge sharing activity: PSU-Harvard-Kyoto Collaborative Linkages for Microbial Genome Resources
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Explaining the Social background of the emergence of COVID-19 and the development of point-of-care (POCT) test for its early diagnosis2020

    • 著者名/発表者名
      Yamazaki W.
    • 学会等名
      CSEAS Colloquium
    • 招待講演
  • [図書] パブリックヘルスの今日・明日2021

    • 著者名/発表者名
      京都大学 大学院医学研究科 社会健康医学系専攻
    • 総ページ数
      228
    • 出版者
      インターメディカ
    • ISBN
      9784899964377
  • [備考] 京都大学 東南アジア地域研究研究所

    • URL

      https://kyoto.cseas.kyoto-u.ac.jp/

URL: 

公開日: 2021-12-27  

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