| 研究課題/領域番号 |
18K05619
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| 研究機関 | 広島大学 |
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研究代表者 |
中野 道治 広島大学, 統合生命科学研究科(理), 特任助教 (40705159)
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| 研究分担者 |
草場 信 広島大学, 統合生命科学研究科(理), 教授 (20370653)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| キーワード | キクタニギク / 自家和合性 / ポジショナルクローニング / RNA-seq解析 |
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| 研究実績の概要 |
キクタニギクAEV2系統の有する自家和合性変異はキク属の遺伝学研究を可能にする重要な遺伝子資源であり、そのメカニズム解明は、キク属の自家不和合性システムの理解、栽培ギクの新たな育種手法の開発へとつながる。本課題では、キクタニギクモデル系統、全ゲノム情報等を活用し、AEV2が有する自家和合性変異の解明を目指す。ポジショナルクローニングを中心として候補遺伝子同定に迫り、併せて発現解析や相補性検定を行って機能解析を行うことで分子機構の解明を目指している。
2019年度にはモデル系統Gojo-0の論文を発表したが、その中でこの自家和合性遺伝子座の存在に言及しCsc1と命名した。他プロジェクトで進められているモデル系統Gojo-0の全ゲノム配列の決定が進み、Pseudo-chromosomeレベルの配列が得られたことから、Csc1に連鎖するSSRマーカーの情報を元に解析を進め、300Mbからなる単一Scaffold上にCsc1遺伝子座を位置付けることができた。原因遺伝子座の候補領域は確定した領域として75Mbpの範囲であるが、新たに育成した戻し交雑集団およびF2集団を用いて領域の絞り込みを進めており、現在育成中の個体の表現型観察により原因遺伝子座候補領域を数Mb程度の範囲に絞り込める予定である。
ポジショナルクローニング解析の一方で自家和合性／不和合性の発現に関連する遺伝子を同定するため、戻し交雑集団の自家和合性、不和合性個体の葯及び柱頭から得られたtotal RNAを用いてRNA-seq解析を行った。解析の結果、十分なリード数、クオリティーで配列情報を得ることができた。今後、最新のゲノム情報を用いて解析を進め、サンプル間で発現差異を示す遺伝子の同定、Csc1候補領域のゲノム配列との対応を調べることでCsc1原因遺伝子の同定と関連機構の解明に役立てる。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
当初の計画通りに解析が進行しているため。
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| 今後の研究の推進方策 |
本年度が最終年度となるため、RNA-seq解析、ポジショナルクローニングの結果を元に原因遺伝子候補の同定と候補遺伝子の形質転換を行う。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
2019年度に行ったリシークエンス解析、RNA-seq解析が当初予定よりも安価であったため、次年度使用額が発生した。2020年度は、次年度使用額を活用してGBS解析、リシークエンス解析、RNA-seq解析を当初予定よりも拡大して行うことでより良い成果へとつなげる。
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