| 研究課題/領域番号 |
18K05681
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| 研究機関 | 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 |
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研究代表者 |
安河内 祐二 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 生物機能利用研究部門, 調整監・技術支援センター長等 (50355723)
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| 研究分担者 |
佐原 健 岩手大学, 農学部, 教授 (30241368)
石川 幸男 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任研究員 (60125987)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| キーワード | 嗅覚受容体 / アワノメイガ / 食性 / アンプリコンシーケンシング / FISH |
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| 研究実績の概要 |
平成30年度は、アワノメイガの53個の嗅覚受容体遺伝子(Orco及びフェロモン受容体サブファミリーを除く)の遺伝子特異的なプライマーを用いたアンプリコンシーケンシング結果を分析して、食性の違いと相関する遺伝子多型の検索を行うともに、ヨーロッパアワノメイガとアズキノメイガ間のBF1集団24個体を用いた連鎖解析を行った。連鎖解析の結果と他のチョウとのシンテニーから、染色体上の嗅覚受容体遺伝子の位置決定に必要なBAC・フォスミドクローンを選定して、プローブとするDNAを調製して、FISH解析を行った。
令和元年度は、上記実験でデータの取得率が低い、アンプリコンの中央部分の塩基配列が未確定等の問題があった遺伝子について、アンプリコンを短縮して増幅効率を向上させる等のプライマーの改良を行ったほか、前回データが未取得の遺伝子については遺伝子ごとに1次PCR反応を行う等の改良を行った。さらに、BF1集団やデータ取得率の低い個体を解析対象から外し、新規に採集した個体等を加えた計96個体のアンプリコンシーケンシング解析をMiseqシーケンサーにより行った。得られた配列を個体ごとにde novo assembly を行ない、コンテイグ配列を作成し、前回と共通の個体については、前回解析で得られたデータの拡充を図った。
令和2年度は、上記実験により得られた53個の嗅覚受容体遺伝子の多型について、種特異的、または食性特異的なものがないかを系統樹を作成して分析した。あわせてFISH解析については、データ不良のBAC・フォスミドクローンについて、別のクローンを選択する、プローブとして使用するDNAを調製しなおす等の改良を行い、より完全なデータを取得した。さらに新たに公開された他のチョウ目昆虫のゲノムデータにおける嗅覚受容体遺伝子クラスターの分析を行い、アワノメイガ属における特異性をより明確化した。
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