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2019 年度 実施状況報告書

プロトンポンプ機構解明に向けた呼吸鎖末端酵素の構造機能解析

研究課題

研究課題/領域番号 18K06162
研究機関兵庫県立大学

研究代表者

村本 和優  兵庫県立大学, 生命理学研究科, 准教授 (50305679)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
キーワード生体エネルギー / 生物物理 / 呼吸鎖 / 膜蛋白質 / 酵素
研究実績の概要

電子伝達(酸化還元反応)と共役したプロトンポンプのエネルギー変換機構に必須な構造要因を解明することを目的として、電子伝達系末端酵素ファミリーに属する、ミトコンドリアのプロトンポンプ性酸素還元酵素(シトクロム酸化酵素)と細菌の非プロトンポンプ性一酸化窒素還元酵素の構造機能解析を進めた。
シトクロム酸化酵素の解析:単量体酵素の酸化型と還元型の構造を、それぞれ1.85Å分解能と1.95Å分解能で決定し、単量体構造が活性型であることを明らかにした。本成果を論文発表した。酵素反応中間体であるF型の1.8Å分解能での構造解析から、酸素還元反応機構の一端を明らかにした。本成果を論文発表した。1.3Å分解能での構造解析から、カルジオリピンを含む脂質構造および界面活性剤構造を決定するとともに、本酵素の2量体化機構に関する知見を得た。酵素反応中間体であるO型の構造解析によって、酸素還元反応機構の解明を進めた。シトクロムc結合型構造の解析を進めた。ATP、ADP、AMP-PNP処理を行った結晶の構造解析を進めた。
一酸化窒素還元酵素の解析:野生型酵素の3.15Å分解能でのX結晶解析により、阻害剤(亜鉛)が結合した単量体構造を決定した。BRIL変異体の3.06Å分解能での低温電子顕微鏡解析により、活性型の2量体構造を決定した。本成果を論文発表した。電子伝達阻害剤(HQNO)処理した野生型および2種類の変異体(V499A変異体およびBRIL変異体)の結晶解析を進めた。HQNOに加えて亜鉛を含む条件では、最高3.8Å分解能の回折斑点が観測された。亜鉛を含まない条件では最高4.0Å分解能の回折斑点が観測された。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

シトクロム酸化酵素の構造解析(活性型単量体構造、F型中間体構造)の成果が論文発表された。シトクロム酸化酵素の構造解析(脂質および界面活性剤構造、O型中間体構造)が進捗した。一酸化窒素還元酵素の構造解析(亜鉛結合型単量体構造および活性型2量体構造)の成果が論文発表された。

今後の研究の推進方策

シトクロム酸化酵素の構造解析(脂質および界面活性剤構造、シトクロムc結合型構造、O型反応中間体構造等)を引き続き進める。一酸化窒素還元酵素の結晶構造解析および電子顕微鏡解析を引き続き進める。

  • 研究成果

    (9件)

すべて 2020 2019 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] X-ray structures of catalytic intermediates of cytochrome c oxidase provide insights into its O2-activation and unidirectional proton-pump mechanisms2020

    • 著者名/発表者名
      Shimada Atsuhiro、Etoh Yuki、Kitoh-Fujisawa Rika、Sasaki Ai、Shinzawa-Itoh Kyoko、Hiromoto Takeshi、Yamashita Eiki、Muramoto Kazumasa、Tsukihara Tomitake、Yoshikawa Shinya
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1074/jbc.RA119.009596

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The active form of quinol-dependent nitric oxide reductase from Neisseria meningitidis is a dimer2020

    • 著者名/発表者名
      Jamali M. Arif M.、Gopalasingam Chai C.、Johnson Rachel M.、Tosha Takehiko、Muramoto Kazumasa、Muench Stephen P.、Antonyuk Svetlana V.、Shiro Yoshitsugu、Hasnain Samar S.
    • 雑誌名

      IUCrJ

      巻: 7 ページ: -

    • DOI

      10.1107/S2052252520003656

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Monomeric structure of an active form of bovine cytochrome c oxidase2019

    • 著者名/発表者名
      Shinzawa-Itoh Kyoko、Sugimura Takashi、Misaki Tomonori、Tadehara Yoshiki、Yamamoto Shogo、Hanada Makoto、Yano Naomine、Nakagawa Tetsuya、Uene Shigefumi、Yamada Takara、Aoyama Hiroshi、Yamashita Eiki、Tsukihara Tomitake、Yoshikawa Shinya、Muramoto Kazumasa
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 116 ページ: 19945~19951

    • DOI

      10.1073/pnas.1907183116

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] ウシ心筋シトクロム酸化酵素の活性型単量体構造2019

    • 著者名/発表者名
      伊藤・新澤恭子、杉村高志、御前智則、蓼原吉輝、山本省吾、矢野直峰、花田真、中川徹也、上根史滋、山田聖、青山浩、山下栄樹、月原冨武、吉川信也、村本和優
    • 学会等名
      日本生体エネルギー研究会第44回討論会
  • [学会発表] Crystallographic and cryoEM structures of quinol-dependent Nitric Oxide Reductases from Neisseria meninigtidis.2019

    • 著者名/発表者名
      M. Arif M. Jamali, C.C. Gopalasingam, R.M. Johnson, S.P. Muench, S.V. Antonyuk, S.S. Hasnain, T. Tosha, K. Muramoto and Y. Shiro.
    • 学会等名
      International Symposium on Diffraction Structure Biology
    • 国際学会
  • [学会発表] Monomeric structure of an active form of respiratory oxygen reductase from bovine mitochondria2019

    • 著者名/発表者名
      伊藤・新澤恭子、杉村高志、御前智則、蓼原吉輝、山本省吾、矢野直峰、花田真、中川徹也、上根史滋、山田聖、青山浩、山下栄樹、月原冨武、吉川信也、村本和優
    • 学会等名
      日本生物物理学会第57回年会
  • [学会発表] ウシチトクロム酸化酵素の活性型モノマー構造2019

    • 著者名/発表者名
      伊藤・新澤恭子、杉村高志、御前智則、蓼原吉輝、山本省吾、矢野直峰、花田真、中川徹也、上根史滋、山田聖、青山浩、山下栄樹、月原冨武、吉川信也、村本和優
    • 学会等名
      第92回日本生化学会大会
  • [学会発表] チトクロム酸化酵素反応中間体の構造解析による、酸素還元と共役したプロトンポンプ機構の解明2019

    • 著者名/発表者名
      島田敦広、村本和優、伊藤・新澤恭子、月原冨武、吉川信也
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会
  • [備考]

    • URL

      https://www.sci.u-hyogo.ac.jp/

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公開日: 2021-01-27  

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