| 研究課題/領域番号 |
18K06396
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| 研究機関 | 国立遺伝学研究所 |
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研究代表者 |
井上 潤 国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 特任准教授 (10596779)
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| 研究分担者 |
西野 敦雄 弘前大学, 農学生命科学部, 准教授 (50343116)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| キーワード | 分子系統解析 / 全タンパク質遺伝子解読 / オタマボヤ |
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| 研究実績の概要 |
本研究課題の目的は 2 つある：(1) 全遺伝子系統樹を推定する解析パイプライン (ソフトウェアの集合体) を発展させ，進化速度の均質な遺伝子を選び出す分析法を開発する．(2) 脊索動物内部での、遊泳性尾索動物・オタマボヤ類の系統的位置を推定する．
(1) ゲノム配列のタンパク質遺伝子領域を解析する web tool, ORTHOSCOPE をさらに発展させた。オタマボヤ類の解析を進めるために、ホヤ類を中心に脊索動物のデータベースを充実させた。また、ゲノム配列の非コード領域を解析する web tool、dbCNS を開発した。
(2) 採集した浮遊性ホヤ類の標本 40 個体の RNA 抽出作業を、本格的に開始した。CesA 遺伝子とこれに進化的な起源が近い GH6 遺伝子に注目し、ホヤ類内部の種の系統関係を推定した．
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
2019 年 4 月に、沖縄科学技術大学院大学から国立遺伝学研究所に、所属を変更した。現在所属する研究室では別の研究テーマと並行して本研究課題を行なったため、本研究課題の研究活動を十分に行えなかった。
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| 今後の研究の推進方策 |
(1) 開発した解析パイプラインのスクリプトを公開し，論文としてまとめる。
(2) 沖縄科学技術大学院大学・マリンゲノミックスユニット (前所属) で解読された全タンパク質遺伝子配列を、開発した解析パイプラインで分析する。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
予定していたトランスクリプトーム解読を、次年度に持ち越したため。データ解読と新たな解析コンピューターの購入に次年度使用額を利用する予定である。
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